此次太宗東征，雖然給了高麗極為沉重的打擊，但自身損失並不大，甚至可以說是頗有斬獲，可是畢竟沒有達到平其國、收複故土的戰略目標，以這個標準來看，這次的東征是失敗了。可是太宗畢竟不是煬帝，煬帝是稀裏糊塗地打仗、莫名其妙地失敗，所以隻能是一次又一次的失敗；太宗皇帝則大為不同，身為一代名將，曆史上最能打的皇帝之一，回去之後便想出了一整套對付高麗的辦法。首先便是將被俘虜的高麗人全部釋放，讓他們平安返回故鄉，以此爭取高麗國內的民心。再就是針對高麗堅壁清野的堡壘要塞戰術，不斷派小股偏師對高麗進行騷擾。之前已經提過，高麗人的生活生產全都是在城外，隻是一接到警報才進入城中防禦，而不間斷的不以攻城略地為目的的騷擾將極大地破壞高麗國內的農業生產，慢慢消耗高麗的國力。這些措施招招都打在高麗的軟肋上，使得之後高麗國內烽煙四起，經濟遭到很大破壞。
於是在此後，唐軍的騷擾部隊四處出擊。
貞觀二十一年（647）五月，李世□部渡過遼水後，經南蘇（今遼寧新賓）、木底（今遼寧新賓）等數城，高麗守軍皆背城拒戰，李世□擊破其兵、焚其羅郭而還。同年七月，牛進達等所率水軍從鴨綠水口登陸，進入高麗國內，經百餘戰，每戰皆捷，先後攻拔石城（位於鴨綠江南）等數城。進至積利城（位於今朝鮮平壤西）下時，高麗守軍萬餘出戰，被牛勁達副將李海岸率部擊退，斬首兩千級。不久，亦從海路回國。
貞觀二十一年九月十五日，唐太宗欽令宋州（治今河南商丘）刺史王波利等發江南十二州工匠製造戰船數百艘，準備對高麗再次實施騷擾。貞觀二十二年（648）正月二十五日，唐太宗又詔令右武衛大將軍薛萬徹、右衛將軍裴行方為青丘道正、副行軍大總管，率水軍三萬及樓船戰艦，自萊州泛海出擊高麗。
同年四月，薛萬徹等率水軍由萊州出海，經大榭島（今山東南、北長山島）、龜島（今山東陀磯島）和烏湖島，折而東北行，仍由鴨綠水入海口登陸，進破泊灼城（今遼寧丹東東北），俘獲甚眾。四月十四日，唐烏湖島鎮古神感率部浮海進擊，在易山（似在今朝鮮平壤東北之馬山裏）與高麗五千守軍遭遇，唐軍大勝。當晚，高麗萬餘水軍夜襲古神感所率船隊，卻被古神感設下埋伏，將其擊敗，之後勝利班師。
在不間斷的騷擾下，高麗實在吃不住勁，高麗王高藏隻得派其子、莫離支高任武入唐謝罪。可是這種口惠而實不至的“謝罪”是沒有用的，太宗不為所動，在堅持騷擾的同時，於貞觀二十二年（648）七月，遣右領左右府長史強偉在劍南道伐木製造船艦，最大的舟船其長可達一百尺，其寬約五十尺。另遣使沿江而下，把舟船從巫峽運至江、揚二州，然後從海路齊集萊州。同年八月，又詔越州（治今浙江紹興）都督府及婆（州治今浙江金華）、洪（州治今江西南昌）等州造海船及雙舫一千一百艘，並遣陝州（治今河南三門峽西）刺史孫伏伽招募勇士，萊州刺史李道裕運輸糧餉及攻城器械，貯於烏湖島，準備乘高麗舉國困弊之際，於來年發兵三十餘萬，再征高麗。