有了李靖的幫忙許紹是輕鬆了，可是李淵卻不樂意了。李靖待在硤州走不了恰恰合了李淵的意，於是就暗中叫硤州都督許紹把李靖給幹掉，罪名則是李靖“遲留不進”。許紹是李淵的老同學，二人關係非比尋常，就算李淵不是皇帝，他發一句話，一般人殺了也就殺了，但是李靖對許紹而言太重要了。因此許紹不但沒聽李淵的命令，反而幫著李靖求情，李靖的命也就再一次被保了下來。
就在李靖在硤州作戰的時候，駐紮在夔州（四川奉節），負責討伐南方的唐軍總司令趙郡王李孝恭也因為唐軍整體戰況屈居劣勢而處於困境當中。一個叫冉肇則的四川少數民族首領率兵不但攻陷了通州，並且繼續進攻李孝恭的大本營夔州，唐軍不是對手，屢次戰敗，坐困愁城。而李靖恰恰在此時帶了八百人奉命趕往夔州（筆者認為可能是許紹讓李靖與李孝恭進行聯絡，因為沿途蠻賊肆虐，因此讓李靖帶了八百人防身）。李靖到達夔州以後發現冉肇則正在圍攻夔州，唐軍被打得幾乎出不了城。這要換了別人也許就原路退回找援兵去了，可對於李靖來說，這簡直是老天送到手上的功勞，他立刻率八百唐軍突襲冉肇則的營地。此時冉肇則正以夔州的唐軍為主要對手，根本沒有想到區區八百人的一支小部隊竟然敢如此大膽地進攻。猝不及防之下被李靖一舉擊敗，隻得撤退。李靖又算準了冉肇則的退路，率軍急行，搶在冉肇則之前在他的退路上險要設伏，陣斬冉肇則，俘獲敵軍五千人。這一連串組合拳讓敵人目不暇接，還沒反應過來便被打倒在地，實在是彰顯了李靖用兵的大師風範。這一仗是李靖在史書中有詳細記載的第一仗。經過此戰，李靖用兵的某些特質已經初見端倪，首先就是在對形勢詳細分析之下的行險，用李靖的話就是用奇兵進行閃電戰，這種行險看似冒險實則安全，往往給敵人造成出其不意地致命打擊。其次便是一招得手便窮追猛打，不論是直接追擊還是埋伏，總要將敵人完全打倒才收手。而這一仗終於讓李淵認識到了李靖的巨大價值，他一邊對自己的臣子吹噓道：“我聽說用人使功不如使過，現在李靖果然就是這樣。”一邊下詔給李靖說：“你好好幹，不要怕沒有富貴。”還特別寫了一封私人信函，裏麵說：“既往不咎，以前的事情我早就忘記了。”其實哪裏是早就忘記了，簡直是無時無刻銘記在心頭才對。
李靖這八百破五千的事情做出來，立馬成了香餑餑，被南方戰事搞得焦頭爛額的李孝恭此時手上正缺大將，見到手下居然還有李靖這等人才，那還不抓緊不放？立刻挖了許紹的牆角。而李淵見到李靖還真是有大才的人，也就順水推舟，任命了李靖為李孝恭的行軍長史（類似總參謀長），幫助李孝恭平定南方。而李靖經此一回也知道再藏拙那真是自尋死路了，再加上李孝恭手下也沒啥名將，李靖也能自由發揮自己的實力，因此兩人配合得非常默契。
武德四年（621）夏，李世民在洛陽決戰中取勝，王世充、竇建德被消滅，唐朝得以全力對付蕭銑。此時唐朝控製了長江上遊，蕭銑的勢力在長江中遊，要發動進攻，自然從四川順江而下最為方便。李靖恰於此時向李淵獻上了十條攻打蕭銑的計策，李淵一見大喜，順勢任命李孝恭為進攻蕭銑的總指揮，在夔州打造軍艦，練習水戰，準備全麵進攻，而實際上整個軍事行動的實際策劃者和指揮者都是李靖。
到了八月，唐軍的人員器械糧草戰船都已就緒，李靖統帥十二總管，自夔州順流東下；以廬江王瑗為荊郢道行軍元帥，出襄州道，黔州刺史田世康出辰州道，黃州總管周法明出夏口道，對蕭銑開始了正式討伐。唐軍整裝待發時恰逢長江江水暴漲，三峽行舟實在太危險，唐軍眾將都擔心水勢險惡，建議等水退後再出擊。可是李靖卻力排眾議，說：“兵貴神速，我們此時集結大軍，蕭銑尚未知曉，如果趁著江水上漲突然順流到達蕭銑的城下，打他一個措手不及，必然能擒獲蕭銑。這麼好的一個機會絕不能錯過！”最終李孝恭采納了李靖的意見，親率兩千艘戰船冒險出擊。
可能是唐軍的戰船修得堅固，或者是水手的經驗老到，長江的洪水並沒有給唐軍造成多少損失，沒有出現船覆人亡的悲劇。因為是順流而下，洪水反而極大地加快了唐軍的行軍速度，完美地達到了突襲的效果。而蕭銑也正如李靖所說的那樣認為江水暴漲，根本沒有防備。因此唐軍一舉攻克了蕭銑都城江陵的門戶荊門、宜都二鎮。
唐軍這一下給蕭銑的心理震撼是巨大的，此時蕭銑的軍隊大多正散在全國各地屯田，突然遭到攻擊之下，手邊甚至沒有可用之兵，其狼狽可想而知。唯一值得安慰的是蕭銑手下大將文士弘領精兵數萬駐紮在清口，看到形勢危機立刻率軍增援，九月與唐軍會戰於夷陵。李靖見文士弘來勢洶洶，便向李孝恭進言，說文士弘驍勇，手下士卒健銳，又是拯救危亡而來，士氣正盛，唐軍不易與其爭鋒。應該將船停泊於南岸，避而不戰，消磨他們的銳氣，然後可以一戰而定。可是李孝恭畢竟年輕氣盛，聽不得這番長他人誌氣、滅自己威風的話。又怕蕭銑的救兵從各地趕到，因此不聽勸阻堅持出戰。一打之下果然如李靖所料，文士弘部奮勇拚殺，唐軍大敗，李孝恭率部撤向南岸。此時因為意見相左而被留下來守營的李靖早就預料到了這種情況，先做好了萬全的準備。趁唐軍失敗之後敵軍大肆爭奪戰利品，陣形散亂的時候立即發兵反攻，一下子打垮了文士弘部，此戰繳獲舟艦四百餘艘，斬首及溺死近萬人。此時李靖又率輕兵五千為先鋒，殺至江陵城下，連破蕭銑手下驍將楊君茂、鄭文秀，俘甲卒四千餘人，並勒兵圍攻江陵。