潘行政長與馬肇嵩商議成立了一個核心學習小組，有司令部軍需處長穀誌遠，稅局陳解虛，報社馬殊，以及馬肇嵩等人參加。墨玉騎兵連連長譚慶榮、於闐策勒稅局副局長黃永清、葉城皮山稅局副局長薛漢鼎，三人來和田彙報工作，也就便參加學習。實際上，這個學習組的成員囊括了中共在和田的全部黨員。在潘柏南倡導下，在和田行政長公署內興辦了公務員學習班，潘行政長親兼班長。馬肇嵩任副班長，管課程安排、會務通知、教師預約等教務。
潘行政長考慮到，偌大的和田連個大點的俱樂部都沒有，便倡議用逆產資金修建了一所大型土木結構但式樣十分新穎的俱樂部，可容納1000餘人。從此，和田破天荒地看上了蘇聯電影、維吾爾語歌舞以及話劇、京劇等等。和田警備司令部修建了中型俱樂部，各縣維文會也陸續在各縣修起了小型俱樂部。真是都塔爾琴餘音未了，京胡又咿呀響起，維吾爾歌舞舞姿猶在，生旦淨末醜又粉墨登場。弦管謳啞，樂音幽幽，讓人們在其中享受欣慰和樂趣。
1939年2月至12月，馬肇嵩先後任督學兼速成班教導主任，督學兼代局長。當時是兼職兼薪，但他從未領過兼薪。他為暑期講習會講課可以領取鍾點費，當維文會將他的一份鍾點費送來時，他全部捐給了孤兒院，由維文會代為購買筆、墨、練習本等文具，分贈孤兒供學習用。他靠著不尋常的努力，把自己徹底融進了當地的文教事業。
中國共產黨在和田的工作人員，對外是絕對隱蔽黨員身份的，但是廣大民眾從切身體會中，深感他們迥然與一般公務人員不同。潘行政長常輕騎簡從到各方麵底層視察工作、了解民情、並學習維吾爾語。群眾認為這樣的司令兼行政長是不曾見過的，曆來“道台”出巡，總是乘肥衣輕，賓從如雲，前呼後擁、威風逼人。共產黨人所表現出的優良作風深得民眾好評，也影響了其他公務人員。
當然，共產黨員在和田的工作也總是伴著迷霧漫漫、沙塵滾滾，他們經常受到特工人員的監視。1939年4月，潘行政長就曾告訴過馬肇嵩，區公安局局長馬像乾接到省公安管理處處長李英奇密令，“遴派妥探偵察馬銳的言行上報”。馬局長與潘關係很好，故都告訴了潘，潘讓他注意。1939年冬，潘柏南把他們召集到報社馬殊處，出示了黨代表陳潭秋的一封指示信。這封信一反曆來都經盛世才之手轉送的慣例，而由蘇聯顧問到和田視察軍隊時秘密帶來。信中詳盡分析了當時新疆的形勢，並對盛世才偽裝進步搞政治投機的伎倆多有闡述。信中特別提醒說：“你們如果大刀闊斧地幹，將會動彈不得。”指示他們要任勞任怨繼續堅持統一戰線，同時充分估計到環境的複雜性，務多注意方式方法。
秋去春來，寒暑擦身。正當馬肇嵩被工作的熱情所籠罩，緊張地籌辦冬學之時，1940年2月，他奉命調往迪化。區維文會烏守爾會長、牙合甫江副會長、買買提阿吉等一批長老聞訊後，真誠表示要會同其他各文化會暨文教界，向潘行政長請求挽留他繼續在和田工作。他隻能違心說服他們，說明命令來自省上，潘行政長料也不便另作主張，他們才作罷。回憶這一年來，酸、甜、苦、辣都曾經過，但馬肇嵩的心一直是激動的，因為他把自己的一份青春和才智變成文化教育的希望留在了和田。他深切體會到父老鄉親的深情，不知不覺中已開始深愛這片土地了。
在此之前，先後被調走的有，區公安局局長馬像乾，邊務處主任周文閣，騎兵三十八團團長蔡誌達等。崔昭泰局長以後奉命調省即無音訊，事後獲悉，他被盛世才害於獄中。在此之後，各文化會會長及進步人士也被調離，一些人去向不明。
這時，區公安局來了個局長劉清堂，區教育局來了個副局長張慶舜。他們一到，就把和田弄得烏煙瘴氣，原來他們都是與盛世才有直接聯係的特工人員。張慶舜來了才幾天，便向盛寫了密信，誣告馬肇嵩在和田“奪取群眾、拉攏群眾”。這封信也抄至省教育廳，落到孟一鳴廳長手裏。他回迪化，孟廳長都告訴了他並讓他寫了一份報告呈盛世才親閱以澄清真相，報告送出前他請黨代表陳潭秋審閱了。
盛世才還夥同張慶舜捏造了一個所謂“和田案”。張慶舜是卑庸邪惡之徒，按盛意旨掘泥揚沙，虛構所謂“中共人員成立了中共和田支部”，並吸收他入黨擔任宣傳幹事，捏造駭人聽聞的所謂“中共人員企圖密謀刺殺盛督辦”的彌天大謊，又以犯人身份出庭與潘柏南對質。盛世才為了掩蓋其虛構的本質，還用刑訊逼供的辦法迫使韓俊傑、奚樞庚來呼應張慶舜的狂吠與亂咬，韓、奚曾為和田的公務人員。對質後，張慶舜即恢複了自由與工作，而中共在和田工作過的人員則長期陷身於縲絏之中。
太陽受傷的時候總是在傍晚，紅色的血流滿了整個大漠黃沙。