盛世才的權力磁場緊緊地統攝著新疆。黃火青在阿克蘇的活動範圍被限製在城區附近，想外出巡視，去外縣跑跑，都辦不到。有一次他和蘇新貿易公司經理講好了，坐公司的汽車去看看調任庫車縣縣長的林基路，還沒走上幾十裏，當地警備司令孫慶齡就拿著盛世才的電報叫他回專署，問他為何出門不請示督辦公署，擅離職守。孫慶齡原是吐、鄯、托警備司令，對他一向冷淡，他也從不找孫。後來黃火青離開阿克蘇回延安，孫兼任了阿克蘇行政長。
按規定行政長有匹好馬和一輛馬車。黃火青很想做點調查工作，但走不出去。林基路任區教育局長時，他便以反帝會阿克蘇分會為基礎，和林基路一起抓抓文化教育、宣傳工作，充實和擴大公立的漢族及少數民族學校，還開設教員訓練班，特別注意培訓少數民族青年，解決師資缺乏問題。他常去阿克蘇報編輯長陳清源那裏坐坐，陳有收報機，可以收聽外國的新聞廣播，當時新疆還沒有廣播電台。林基路是第一批由延安來的幹部，陳清源是第二批由延安來的幹部。程九柯和陳清源同批來新疆，在溫宿任稅務局副局長，也常來黃火青這裏談談。因為走不出去，平時黃火青有空就和學生們、工作人員一起打打乒乓球、台球等。行署有個果樹園，種了些蘋果等。他讓人修了條路，叫學校學生們遊園時隨便摘果子吃，但不能帶走，最後剩下的給工作人員分。行署有點官地，每年收莊稼後，農民向行署交一部分糧，黃火青讓人分給工作人員，包括大師傅和警衛隊共四五十人，也算是給大家辦的一點福利。他家吃糧是自己買。
黃火青住房後院裏有個小水池，夏日池邊綠草叢叢，冬日池中一片冰心，春天買三四十隻小鴨放養，秋後殺了醃起來吃，還用12元錢買了隻小鹿養在園裏。當地風俗，六、七月間果子熟了，有錢人家要請地方長官“浪”園子，喝茶，吃烤羊肉串。這對主人來說是很體麵的事。有個大阿訇伊布拉伊，100多歲了，在地方上很有威望，過生日時請行政長。黃火青去他家“浪”園子。果樹亭亭如蓋，園中蔭涼爽人。
在阿克蘇時，黃火青意外地收到一封家信，是寄到延安後轉到重慶八路軍辦事處，又由辦事處轉到迪化，最後才送到阿克蘇。這是他離家十多年第一次收到家書，信內附了老母親的一張照片。大哥的信充滿感情，說多少年來隻收到過他從福建寄出的一張明信片，雖“寥寥數語”，但得到很大安慰。大哥還說多年來天天看報，隨時留心他的消息，等等。黃火青看著老母親的照片，思母之心的迫切與深情眷顧，使他平靜已久的心，又成了秋後的茅草地，淒涼荒蕪，又雜亂無章。
1940年夏，盛世才突然給黃火青來了個電報，說他母親病重，要他回家探望，為照顧母子之情，準予離職等語。他心裏明白，可能是中央調他回延安。
他去蘇新貿易公司辭行，他們聽說他回去沒有車，就派了一輛載重汽車送他一家三口去迪化。第一天住在庫車，受到林基路夫婦的熱情招待。第二天到迪化，見了陳潭秋。陳告訴他，周恩來由蘇聯返回延安路過迪化時，對盛世才講了中央要調他回延安。據陳潭秋說，中央準備派他到湖北擔任新四軍五師政委，接替陳少敏的工作。
他乘飛機出發，盛世才到機場送行。飛機飛經涼州和蘭州之間的烏鞘嶺時有雲霧不能通過，臨時在涼州降落。飛機場有國民黨特務監視，他找機會把刻有“黃民孚”三字的圖章扔進一口井裏。因為盛世才給他的護照上寫的是“八路軍少校參謀黃和青”，不是黃民孚。他們到蘭州後買票坐汽車去西安。國民黨特務也跟著上了汽車，想要搭腔，試探是否從新疆來。車開到華家嶺住了一夜，次晚宿平涼。早晨上汽車後，他看見有個戴眼鏡的人挾著皮包進了汽車站，向屋裏走去，樣子有點像張國燾模樣。他趕緊把臉掉過去，心裏有點緊張，沒開車前的那幾分鍾真難熬。
黃火青一家三口經西安到了延安，住在中央組織部，正好在陳雲隔壁的窯洞。陳雲擔任中央組織部長，告訴他，要等到交通方便時才能去新四軍五師。一兩天後，陳雲通知，毛澤東要見他。
他是在楊家嶺見到毛澤東的。毛澤東在窯洞門口迎著他，第一句話就說：“我們知道，你黃火青是不反中央的！”毛對他說，新四軍五師現在去不了，是不是到學校裏學習學習。
“我已經快40歲了，怕學不進去！”
“我比你大8歲，還在學習呢！”毛澤東笑笑說。
毛澤東問了問新疆以及盛世才的情況，各少數民族人口多少和盛世才軍隊的數量。他告訴毛，盛世才部隊包括後勤人員號稱3萬，其中戰鬥兵員不過萬把人。
黃火青告辭的時候，毛澤東特別關照他一句話，有兩個人一定要去看望一下，就是王明和高崗。他體會毛的意思是顧全大局，從團結出發。王明住在楊家嶺，他去了一趟；高崗新搬住處較遠，和高崗又素不相識，就沒有去。朱總司令、周恩來和任弼時他都一一去看望過。