早在人類社會還沒有形成以前，馬就已經在地球上存在了。正如人類的起源有一個進化發展階段一樣，馬也有一個進化和發展的過程。
古生物學研究成果表明，馬起源於北美洲。地質學將6700萬年前到現在稱為地質年代的新生代，新生代又分為七個世，依次為古新世、始新世、漸新世、中新世、上新世、更新世、全新世。根據現有的化石材料分析，馬的遠祖――始新馬，早在地質年代新生代的始新世就已經存在了，距今約5000萬年。始新馬的大小同現在的狐狸差不多，短頸，無鬃，背部隆起似駝，身高一尺左右，足有五趾，主要生活在原始森林中，其外形、體態特征都與現代馬相去甚遠。隨著地球氣候的不斷變冷和森林的退化，始新馬為適應環境不斷進化發展，至漸新世，體態發生了一些變化，身高有所增加，腳趾變為四趾，能適應森林和草原兩種生活環境。漸新馬又進化為中新馬，這時的馬身高已有兩尺多，足有三趾，所以又叫三趾馬。中新世，北美地區森林逐漸消失，變成一望無際的大草原，三趾馬就是生活在北美草原並且從這裏走向世界。世界上許多地方都發現有三趾馬的化石。三趾馬又進化為上新馬，上新馬四肢發達，身軀高大，背部平直，頸部變長，足有兩趾，對草原生活更加適應。在距今約200萬年前，上新馬進化為草原野馬。草原野馬腳趾為一個大單一足趾，其身高、體態已基本接近現代馬。草原野馬的活動範圍更廣，足跡遍布北美、歐洲、亞洲。家馬就是由草原野馬馴化而來的。這是有關馬的起源與進化的一般認識，也是國外學者所普遍認同的觀點。
關於馬的起源與進化，國外學者主要是根據不同地質年代地層中發現的許多化石進行研究而得出的結論，有的還繪製出了馬的進化譜係，以此來表明始祖馬從5000萬年前到原始人類社會時代最終變成馬種的係統發生經過，其研究成果無疑具有較高的學術價值。但國外學者在研究馬的起源與進化問題時很少顧及到中國境內的馬化石情況。一些中國學者試圖證明，中國也是世界馬種的發源地之一，中國馬種的起源並不晚於歐美。謝成俠先生在《中國養馬史》等著作中就持這種觀點。
在中國境內，有許多古老的馬化石發現。中國始新世地層中發現的馬化石，有在山東省發掘出的中華原古馬、在湖南發現的衡陽原古馬等。中新世馬化石在中國境內也多有發現，如內蒙古通古爾的戈壁安琪馬、南京市郊的奧爾良安琪馬，都是出現於中新世的馬種。中華原古馬和衡陽原古馬與歐美發現的始新馬為同一類屬，南京奧爾良安琪馬所以得名，也是因為它與法國巴黎南部奧爾良發掘的馬化石同屬一類。南京奧爾良安琪馬和內蒙古戈壁安琪馬的體格已大如小驢，是接近森林的動物，已進化到相當的程度。這些馬化石均已經過科學的鑒定。