外商在中國開辦的第一家西藥房是1850年英國藥師洛克創辦的上海藥房。據統計，1850—1887年的37年中，外商在上海開設的藥房有12家。
外商在華開設的第一家製藥廠，是1900年英國人施德之在上海開設的德之藥廠。1909年，上海德商科發藥房購地擴建成的科發藥廠，為當時上海規模最大的藥廠。
早期設立的藥房藥廠，設備簡陋，實際上隻能從事初步的藥品製備，但所製藥品在當時頗有影響。如屈臣氏藥房監製的驅蛔蟲藥寶塔糖，行銷極廣，影響深遠，相信出生在20世紀80年代及以前的人對這種糖的印象應該是十分深刻的。
西方傳教士醫生在開辦醫院、建立醫學校的同時也開始翻譯西方醫學著作。很多中國學者也投入到這一編譯工作中。書籍是知識的載體，在中外學者的共同努力下，西醫學知識隨著醫書的出版和流傳在中國得到了更為廣泛的傳播。
1851年，主持廣州金利埠惠愛醫局的英國傳教士醫生合信（1816—1873）出版了中文西醫書籍《全體新論》，這是一部關於西方解剖學和生理學的中文專書，對中國醫學界產生很大影響。此書連同他後來出版的《西醫略論》《內科新說》《博物新編》和《婦嬰新說》，合成《合信醫書五種》。博濟醫學校的嘉約翰從1871年起編譯教材，先後成書34種，包括《西藥略說》《炎症》《熱症》《外科學》等，內容十分全麵。此外，英國傳教士傅蘭雅（1839—1928）在上海江南製造局翻譯館與中國助手趙元益等也合作譯述醫書多種，有《儒門醫學》《內科理法前編》《內科理法後編》《西藥大成》《藥品中西名目表》《濟急法》《保生全命論》等，在近代流傳頗廣。
隨著西醫學在中國的發展，醫院診所醫療業務的繁忙，創立醫學團體學術交流活動也提到議事日程上來，這就不是個人或某一教會能勝任的。因此，伯駕等人在1836年即開始倡議成立一個協會，以協助醫院活動。1838年，傳教士們在廣州舉行了第一次會議，成立了以郭雷樞（1796—1879）為主席的“中國醫務傳道會”，確定了醫生的職責，並討論了圖書館、博物館的設立及其他事項，鼓勵醫護界人士來華，免費為中國人治療，籌措經費等。
到19世紀80年代，由於各國教會及教會各流派在中國大陸到處傳教和建立醫院，且各自為政，缺乏彼此間的溝通，局限於廣州一隅的“中國醫務傳道會”已起不到聯絡、組織各教派、醫院、醫師的作用。鑒於此種原因，在美國傳教醫師布恩（1839—1925）倡議下，一個新的教會醫學聯合會於1886年在上海成立，名為“中國博醫會”，由嘉約翰任主席，並劃區成立分會，如上海分會、東北分會、武漢分會、廣州分會和福建台灣分會等；創辦了《博醫會報》，報道西醫學在華發展情況、世界醫學發展的最新動態，也介紹中國醫學的曆史及中醫療法、方藥、名中醫經驗及其代表著作等，成為西醫在華傳播和交流的媒介，也向外籍醫師、醫學界推薦和介紹了中國醫藥。1905年該刊改為雙月刊，1923年改為月刊，1932年並入《中華醫學雜誌》。博醫會在20世紀初共計譯出醫書60餘種。
但是博醫會長期不準中國醫師入會。在伍連德醫師倡議下，由中國醫師顏福慶、俞鳳賓、伍連德、蕭智吉、古恩康、黃瓊仙等醫師共同發起，於1915年1月在上海成立了“中華醫學會”，顏福慶任會長，學會宗旨為“鞏固醫家交誼、尊重醫德醫權、普及醫學衛生、聯絡華洋醫界”。同年11月出版了中英文並刊的《中華醫學雜誌》。中國西醫師從此有了自己的學術團體和會刊。1932年，中國博醫會並入中華醫學會。1937年成立了包括皮膚病、結核病、公共衛生、兒科、內科、醫史、眼科、婦產科等在內的12個專科委員會。
至1947年，中華醫學會在全國已發展至30多個分會，會員達300餘名。學會主要從事醫學著作的編輯、翻譯、醫學教育的研究、名詞的審定、醫學標準的擬定等學術活動和會員福利等工作。隨著專科委員會的建立，中華係列雜誌形成，如《中華內科雜誌》《中華外科雜誌》《中華婦產科雜誌》《中華醫史雜誌》等。中華係列雜誌至今繼續出版，是我國曆史最長、影響最深遠的醫刊。
建立在近代自然科學基礎上的西方醫學傳入中國及廣泛傳播，為封閉的中國帶來了新的醫學知識和醫療方法。西醫的傳入，打破了幾千年來的傳統醫療局麵，擴大了中醫界的視野，受到人們的普遍重視。近代西醫醫院、西醫藥院校的建立及西醫著作的出版，將西方醫術、醫藥及現代醫院製度、西醫教育製度，乃至護理製度引入中國，為中國培養出大批西醫醫師和護理人員，形成了一支現代中國西醫醫療技術隊伍。他們為中國的醫療衛生保健事業的發展做出了不可磨滅的貢獻。
5.4當中醫遇上西醫——中西醫學的交流與碰撞
西方醫學傳入中國以後，如一顆石子落到了平靜的湖裏，在中國醫學領域掀起了陣陣波瀾。蔑視中醫者有之，反對西醫者亦不少，而一些有識之士開始客觀地看待中國傳統醫學與西方醫學，結合二者之長，走上了中西醫彙通之路。
5.4.1中西醫論戰
在西方醫學這種與東方文明完全不同的知識體係麵前，有的人采取民族虛無主義的態度，一概否定中國的傳統文化，提出“廢止中醫”的言論。
餘雲岫（1879—1954，字岩，浙江鎮海人。）就是此種言論的代表。他早年對中醫甚感興趣，甲午戰爭後，年輕時的餘雲岫目睹中國科學落後、積貧積弱的現狀，帶著報國之誌於1905年到日本求學。留學期間，他以勤奮好學著稱。在日本，餘雲岫看到，明治維新以後，漢醫遭到廢止，西洋醫學得到全麵發展，國民身體素質大大增強，他受到了強烈的刺激。餘雲岫把在日本學到的西洋醫學和早年學到的中醫兩相對比，發現中醫在理論上相形見絀，發出“長習新醫，服膺名理”的感歎，立誌以醫學革命為畢生追求。
1916年，餘雲岫春風得意地從日本回國，開始了他雄心勃勃的“醫學革命”，革命的第一步就是拿中醫開刀。1917年，餘雲岫寫成《靈素商兌》一書，全書約2.5萬字，是一部全麵批判和否定中醫的奠基著作。
在書中，餘雲岫痛批中醫，他認為“不殲《內經》（《黃帝內經》），無以絕其禍根”，中醫學“是占星術和不科學的玄學”，“中醫無明確之實驗，無鞏固之證據……不問真相、是非，合不合也……”總之，中醫被餘雲岫說得一無是處，甚至被詬為“殺人的禍首”。
餘雲岫甚至主張要“堅決消滅中醫”，“如不消滅中醫，不但妨礙民族的繁息、民生的改良”，而且國際地位的“遷善”也無從談起；“舊醫一日不除，民眾思想一日不變，新醫事業一日不向上，衛生行政一日不能進展”。
但他隻是采取一種形而上學的方法對《黃帝內經》的陰陽五行、髒腑經絡等基本理論進行了全麵批判，隻是將當時的西醫理論與中醫理論進行簡單的比照，一切以西醫知識作為衡量正確與否的標準，比照的結果，當然是認為《黃帝內經》“無一字不錯”。餘雲岫自詡精研中醫典籍，旁及文字考據之學，很多人認為他是西醫中第一個懂中醫的人，加上他在醫學界有一定的地位，因此，他的觀點得到不少醫學界人士的支持。但由於他不懂得曆史唯物主義和辯證法，又沒有中醫臨床的實踐體會，觀點偏激，文字刻薄，不是以科學慎重的態度對待學術之爭，引起了中醫界的普遍反感。
還有的人因為排斥西方宗教及侵略，也盲目地排斥西醫，如俞正燮（1775—1840），清代著名的經學家，他的研究範圍很廣泛，涉及天文、地理、水利、詩詞、歌賦、訓話、音韻、書法、醫理等諸多方麵。他曾看過《人身圖說》，並對之發表過議論，他認為《人身圖說》描繪的髒腑圖像與《黃帝內經》等古醫書描繪的迥然有別，便認為中外人體的構造不同，西醫並不適應中國人的情況。文學家姚瑩（1785—1853）則在其著作《康猷紀行》中曾談到天主教源流，說有一些西方傳教士借著行醫為名誘淫婦女，挖取死人的眼睛，手段殘忍，令人發指。
5.4.2中西醫彙通
有一些學者對待中西醫的關係則謹慎得多，他們雖然對西方醫學產生了濃厚的興趣，常與傳教士研討西醫理論，行醫時也兼采西醫方法，但最終還是改良了中醫，使中國傳統醫學重新煥發生機。
明末清初的王宏翰（？—1700）便是第一位接受西方醫學的中國醫學家。據說他受徐光啟影響也成了基督徒，接觸和接受西方醫學學說。1688年，他撰寫完成國內第一部較多介紹西方醫學的著作《醫學原始》（1691刊行），書中大量引用並幾乎全盤接受了西方醫學的“四元行說”“四液說”等觀點。為了說明“四元行”理論的正確性，王宏翰在《醫學原始》中對於五行學說的“金、木”二行進行了批駁，以圖否定五行理論。而在關於人體生理、病理現象等方麵的闡述中，他卻同時又選取“五行”學說來進行闡釋。
清代中期的王清任（1768—1831）也是篤信西方醫學的學者。王清任，字勳臣，直隸玉田（今屬河北）人，邑武庠生，又納粟得千總職。年輕時即精心學醫，並於北京開一藥鋪行醫，醫術精深，頗噪於一時。
在研究的過程中，王清任發現古書中對人體構造的描述與實際情況大多不符，他對此頗有微詞，曾說“著書不明髒腑，豈非癡人說夢；治病不明髒腑，何異盲子夜行”，並且常以未見人體髒腑為憾事。
嘉慶二年（1797年），王清任至河北灤縣稻地鎮行醫時，適逢當地流行“濕疹痢症”，每日死小兒百餘，他冒染病之險，一連10多天，詳細對照研究了30多具屍體內髒。他與古醫書所繪的“髒腑圖”相比較，發現古書中的記載多不相合。
嘉慶四年（1799年）六月，王清任在奉天行醫時，聞聽有一女犯將被判處剮刑（肢體割碎），他為解除對古醫書中說的小兒“五髒六腑，成而未全”的懷疑，趕赴刑場，仔細觀察，發現成人與小兒的髒腑結構大致相同。後又去北京、奉天等地多次觀察屍體，並向恒敬（道光年間領兵官員，見過死人頗多）求教，明確了橫膈膜是人體內髒上下的分界線。
王清任經過幾十年的鑽研，於道光十年（1830年）即他逝世的前一年著成《醫林改錯》一書（兩卷），刊行於世。王清任在《醫林改錯》中訂正了古代解剖學中的許多訛謬。對人的大腦也有新的認識，正確地提出“靈機、記性，不在心，在腦”。如果腦子出了毛病，就會引起耳聾、目暗、鼻塞甚至死亡。
梁啟超評論：“王勳臣……誠中國醫界極大膽革命論者，其人之學術，亦饒有科學的精神。”範行準所著《中國醫學史略》評價王清任：“就他偉大實踐精神而言，已覺難能可貴，絕不遜於修製《本草綱目》的李時珍。”唐宗海《中西彙通醫經精義》雲：“中國《醫林改錯》中，剖視髒腑與西醫所言略同，因采其圖以為印證。”150多年來，《醫林改錯》已多次重版刊印。1949年後全國各地介紹王清任，研究《醫林改錯》的論文、評注已不下50餘篇（冊）。此書還曾被節譯成外文，對世界醫學的發展也有一定影響。西方醫學界稱王清任為中國近代解剖學家。
1840年鴉片戰爭以後，國門洞開，西學漸盛。西醫學術逐漸成為知識分子樂於了解的學問。李鴻章在1890年為《萬國藥方》所做的序中，雖然極力推崇西醫的優點，但也提出應當“合中西之說而會其通，以造於至精極微之境”。這是最早關於“中西醫彙通”的提法。“中西醫彙通學派”思潮隨後逐漸形成，其代表人物有唐宗海、張錫純、惲鐵樵等。
唐宗海（1847—1897），字容川，四川省彭縣（今彭州）人。他力主順乎潮流，成為我國中醫界明確提出“中西醫彙通”口號的第一人。他認為中西醫原理是相通的，中西醫彙通主要是用西醫印證中醫，從而證明中醫並非不科學。即使西醫的生理解剖學有自己的特點，但也超不出《黃帝內經》範圍。他將自己的5種主要著作合稱《中醫彙通醫書五種》，並經官方批準刊印，廣為流傳，使得中西醫彙通的思想在中醫界產生了很大影響。總的來說，他有厚古薄今、重中輕西的傾向，因此，很難客觀地評價中西醫的長處和不足。
張錫純（1860—1933），字壽甫，河北鹽山人，著有《醫學衷中參西錄》。他主張衷中參西，彙通中西醫學。所謂衷中參西，就是試圖以中醫為主體，參考西醫，通過中西醫取長補短，以發展祖國醫學。他從理論到臨床，從生理到病理，從診斷到用藥，全麵進行了嚐試。就以他用藥來說，多喜取西藥之所長，以補充中醫之不足。他認為，西醫用藥多求局部，是重在病之標；中醫用藥多求根源，是重在病之本。治病原就應當兼顧標本，因此在臨證治療中中藥、西藥完全可以配合使用。
他的這種“衷中參西”的思想為中西醫彙通提出了一條新的思路，對後世中西醫研究及近年來中醫現代化的研究都產生了積極的重要影響，並將繼續對今後中醫學的發展產生積極的影響。
對中西醫全麵比較研究的還有惲鐵樵（1878—1935），名樹玨，別號冷風、焦木、黃山，江蘇省武進（今常州市武進區）人。他認為中西醫同等重要，並指出中西文化背景不同，中西醫學的基礎也不同，“西方科學不是學術唯一之途徑，東方醫學自有其立腳點”。他堅信中醫一定能吸取西醫之長，與其彙通與化合。
西洋醫學在中土播散與紮根，中西醫學不可避免地碰麵以後，西醫給中國傳統醫學帶來了前所未有的衝擊，然而，由於傳統醫學的悠久曆史及其文化底蘊的影響，西醫在長時間裏並不像其他學科如天文、地質、生物學那樣擁有超強的優勢，因而遭遇不少排擠和拒斥。中西醫彙通學派出現後，盡管彙通派醫家的探索性研究存在著某些缺陷和偏頗，但畢竟取得了一些成就，提供了經驗和借鑒，對後世中醫學發展的影響不容忽視。中華人民共和國成立後，黨和政府將“中西醫結合”確定為我國發展醫療衛生事業的基本指導方針之一，大力支持開展中西醫結合的基礎理論和臨床研究，並經過幾十年的努力，取得了一係列科研成果。中西醫結合是承接“中西醫彙通”在新的曆史時期探索中西醫關係，是對中西醫關係的進一步深入研究。因此，全麵準確地把握中西醫彙通派醫家的學術思想和經驗將有助於我們今後更好地開展中西醫結合的研究工作。
19世紀在曆史上被譽為“科學世紀”。19世紀自然科學的三大發現，即能量守恒與轉化定律、生物進化論和細胞學說，表明當時的科學界突破了機械唯物主義靜止、片麵地分析和認識事物的局限性，充分地揭示了自然界的辯證關係，開始探索事物的運動、變化的規律。西方醫學經過近300年的知識積累，從依賴經驗的推理和形而上學的思辨轉變為憑借物理、化學實驗研究和對疾病實體的客觀、細致觀察，拋棄了2000多年來占統治地位的體液病理理論，建構起現代醫學體係的框架。西方醫學隨著近代西方國家的侵略擴張，開始大規模地在中國傳播，外國醫生通過在華建立醫院，舉辦教會醫學校，翻譯出版西醫著作，而使西方醫學在中國的影響越來越大。經過近百年的認識和體驗，國人對西方醫學逐漸從排斥到趨於接受。西方醫學同時也使中醫學受到前所未有的衝擊，處境艱難，一些有識之士開始客觀地看待中國傳統醫學與西方醫學，結合二者之長，走上了中西醫彙通之路。這標誌著現代醫學體係在東西方都建立了起來，為20世紀醫學事業在全世界範圍內的繁榮奠定了堅實的基礎。