在注重培養科技人才的同時，李政道也十分關注基礎科學的研究，並極大地促進了中美兩國在高能物理方麵的合作，他曾經建議和協助中國建造北京正負電子對撞擊的研究工作，建議成立自然科學基金會，建立博士後學位製度。在李政道的帶領下，中國先後成立了高等科學技術中心、北京大學、浙江大學等高校，這些學術機構都是以近代物理為中心。
中國第二代領導人鄧小平，他在1985年7月16日會見了李政道，他感謝李政道對中國科學技術的發展提出了這麼多好的建議。
1998年，李政道將他畢生所得積蓄的30萬美元，以他和已經故去了的夫人秦慧君的名義，設立了“中國大學生科研輔助基金”，用於資助中國北京大學、複旦大學、蘭州大學、蘇州大學等高校的教育發展。
李政道心係故土，對中國教育事業的發展竭盡全力，他拿出了一個炎黃子孫應盡有的精神，李政值得中國人永久地稱頌和感激。近年來，李政道轉向研究高溫超導波色子特性、中微子映射矩陣等方麵，雖然年事已高，卻仍活躍在物理研究的第一線，不斷地發表有重要見解的科學論文，取得了重大的成就。
伉儷情深，心係教育
1998年，李政道用自己一生科研所得的三十萬美元積蓄，成立了“君政基金會”，作為發展中國科學教育事業之用。同年一月，李政道從美國趕到北京，邀請中國北京大學、上海大學、蘇州大學、蘭州大學四所高校的校長，到北京參與商議成立“君政基金”的協議，並舉行成立儀式。當時李政道妻子秦慧君已經去世。
中國國家領導人和中國的科學界對“君政基金”的成立十分地重視，當時的副總理溫家寶，著名科學家周光召、宋平、陳至立、朱光亞、錢偉長都出席了成立儀式。在大會上，溫家寶同誌還極大地稱讚李政道夫婦對中國科學、教育事業的偉大奉獻精神，鼓勵各大高校落實好“君政基金”的各種工作，要充分發揮“君政基金”的作用，更加努力地為國家培養人才。此外，溫家寶同誌還在大會上宣讀了當年總理朱鎔基的親筆信，信中對李政道夫婦二十年來，為中國科學教育事業做出的貢獻，給予了高度評價。
李政道聽了朱總理的信後十分地激動，幾番懇求下，將朱總理的這封賀信帶回了美國，放在妻子的靈位前，讓故去的妻子能夠含笑九泉。李政道將妻子秦慧君的靈位和遺像放在自己的床頭，小小的靈案上安放著自己用來紀念愛妻而創作的小幅畫像，為了表達妻子永遠在自己心中，他還鐫刻了“竹君文心”字樣的圖章。李政道做了一首悼念亡妻的悼亡詩：“去歲此日君我笑，今日同時不見君。瞬目已是一周年，生死兩地影茫茫。心想撫，情相連。”這些舉動都充分地體現了李政道對亡妻秦慧君的殷殷深情。李嵐清副總理也送了他一首詩：“昔日伉儷還故裏，炎黃館中論科藝。今朝與公再相晤，痛失秦君不得歸。摯友眾，分哀思。”
李政道便將這兩首詩，懸掛在自己和秦慧君一起居住了幾十年的工作室中。這些年來，看到晚年的李政道整日活在對亡妻的沉湎中，很多海內外的熱心朋友便希望李教授能夠再覓知音，安度晚年。然而李政道卻大有“曾經滄海難為水”的感觸，心裏已經裝不下其他的女人了，對那些想給他找伴的朋友，李政道總是婉言謝絕。
這幾年中，懷著對亡妻的深情，李政道時常關注著“君政基金”的實施情況。他不顧年老力衰，每年都要回國訪問，親自參加每年對“君政基金”實施情況的總結報告會。各校回報的領導說，自從“君政基金”實施以後，各校師生反響強烈，申報基金會的學生超過了基金名額的三到五倍。在這些基金的資助下，學生們積極地參加一些課題的研究實踐，大大增進了學生們對科學的理解和對科學研究的興趣、享受基金畢業的學生，近百分之七十，都選擇了從事科學研究工作。
在聽取各大高校校長的報告同時，李政道還聽取同學們利用基金進修的體驗，並親自作學術報告，大大地激勵了學生們科學研究的積極性。