在這期間，竺可楨積極開展中國的天氣預報業務，擬定《氣候觀測實施規程》，並先後出版了《中國之雨量》、《中國之溫度》、《中國氣候資料》以及《氣象月報》、《氣象季刊》、《氣象年報》等學術性著作。竺可楨和他的助手也編寫了很多工具書，如《全國氣象觀測實施規程》、《測候須知》、《氣象電碼》等。他親自主持編訂的《中國之雨量》、《中國之溫度》，更是兩本內容豐富的資料。
為了中國氣象
能夠獨立自主地完成和發布自己國土上的天氣預報，是每個國家基本的主權之一。但隨著近代中國逐步地淪為殖民地，中國的國家主權被踐踏，駐兵權、關稅權，甚至連基本的天氣預報權利，都操控在帝國主義手中。
北伐戰爭之後，人們受到革命思想的影響，開始意識到不平等條約對中國的危害，國民政府也開始積極采取廢除不平等條約的行動。在國民政府的支持下，竺可楨和全國各方麵共同努力。1930年3月，竺可楨的天氣預報代替了上海法租界內徐家彙顧家宅電台發布的天氣預報，開始了近代中國自主發布天氣預報的曆史。在中國人自主發布天氣預報的同時，國民政府還對法租界的徐家彙觀象台的業務進行了限製。
但是，中國近代氣象事業剛剛起步，裏麵就出現了機構多元化、體製紊亂等各種問題。在混亂的局麵下，竺可楨始終不放棄，在他的努力下，國民政府內政部出麵召開會議，經過與眾多科學家們的協商，終於解決了問題。
在竺可楨的推動下，1930年、1935年和1937年，中央研究院召開了三次全國氣象會議，從氣象對交通、軍事、航空等各個方麵的影響，進行充分的商討，將中國混亂的氣象局麵，納入到統一的規程之中。在努力地促進中國氣象學的統一和氣象研究發展的同時，竺可楨還不忘同帝國主義作鬥爭。
1937年，竺可楨代表中國的氣象專家到香港參加遠東氣象會議。由於中國在近百年中對外戰爭屢戰屢敗，帝國主義對中國人充滿了蔑視。因此，在晚宴時，香港總督竟然有意的將中國代表排在最末的位子。竺可楨對此大為憤怒，認為英國殖民當局的做法是有意損害中國的國格，他不能忍受，當場便帶著另外兩名中國代表離席，表示對英國人的不滿。
動亂中擔任校長
1936年，竺可楨開始擔任中國浙江大學的校長，在此後的十三年中，竺可楨一直都在浙大任教，同浙江大學結下了不解之緣。
在這之前，1935年12月，因為東北的淪陷，愛國學生們發起抗戰示威遊行。學生愛國運動很快波及全國，浙江大學的學子也參與了行動。校長郭任遠是國民黨的黨員，他遵從國民黨政府的指示，竟招來軍警，逮捕了十幾名學生運動中的代表，學生們因此要求撤換校長。眼看著學生愛國運動越鬧越大，蔣介石親自演講也無法平息學生們的抗議，蔣介石在侍從陳布雷的建議下，他任命竺可楨為浙大校長，主要原因是，竺可楨在學生中有頗高的聲譽，最重要的是，蔣介石很重視鄉土觀念，用人條件除了能力外，浙江老鄉也是重要因素。
4月25日，竺可楨在全校大會上發表了第一次講話，他向學生們表明了自己的辦學思想，指出中國教育的發展方向，中國應培養適合在國內發展的人才。他一再強調大學教育的目的，大學不僅僅是為了培養專業性人才，而是要培養學子們堅毅、能夠擔當大任、改變國運的能力。對他口中的教育方式，竺可楨提出四點要求：1、要有以天下安危為己任的精神，犧牲自己，努力為國；2、有清醒和理智的頭腦，對任何意見不盲目服從；3、辨別是非，沒有趨利避害的實力心；4、體格強健，身體條件才是一切的根本。