當時，一種名為“芸苔”的草藥，這在中醫中是常用的治病藥草，但這種藥材究竟有什麼作用？能治哪些病？《神農百草經》中說不清楚，各家醫學典籍也說不清楚。為了弄清芸苔的具體藥效，李時珍親自求教一個種菜的老農。在老農的指點下，李時珍栽種了芸苔，親自觀察了實物後，他得出結論，芸苔頭一年播種，第二年開花結籽，它的種子可以用來榨油。其實，當時所謂的“芸苔”，就是現代人經常用來提油煉油的油菜花。
還有一個趣事，在蘄州產有一種名為“白花蛇”的毒蛇，當地人稱為“蘄蛇”，可做藥物使用，有治療風痹、驚搐、癬癩等作用。為了研究蘄蛇，李時珍從蛇販子手中觀察蘄蛇。當時有內行的人提醒李時珍，蛇販子手中的蘄蛇並不是真正的蘄蛇，隻是從江南山區裏隨意捕來的。為了研究真正的蘄蛇，李時珍親自求教一位捕蛇的人，那人告訴李時珍，蘄蛇牙尖含有劇毒，如果人類被該蛇咬傷，唯一的自救途徑是立即截斷肢體，否則就會毒發而亡。但是，蘄蛇也能為人類治療一些特殊的疾病，因此十分的珍貴。為了討好皇帝，當地官員讓百姓們冒著生命危險，到山上捕蛇，然後進貢給皇宮大內。
蘄州城占地麵積極廣，但真正產有蘄蛇的隻在城北的龍峰山上，李時珍出於敬業求實的精神，他決定要親眼觀察蘄蛇，這樣才肯罷休。於是恭請那位捕蛇人，帶他上了龍峰山。龍峰山地勢險峻，根據蘄蛇喜歡吃石楠藤花葉的特性，兩人尋訪到山上的狻猊洞。石洞周圍怪石嶙峋，險峻處多生灌木，石楠藤纏繞灌木。李時珍冒著生命危險，將生死置之度外，終於見到了蘄蛇，並親眼觀看了捕蛇人捕蛇、煉蛇毒的全過程。後來在編寫《本草綱目》中，便有一段細致描寫白花蛇的記載：“龍頭虎口、黑質白花，脅有二十四個方勝文，腹有念珠斑，口有四長牙，尾上有一佛指甲，長一二分，腸形如連珠。多在石南藤上食其花葉，人以此尋獲。先撒沙土一把，則蟠而不動，以叉取之。用繩懸起，刀破腹以去腸物，則反尾洗滌其腹，蓋護創爾，乃以竹支定，屈曲盤起，紮縛炕幹。”為了區分蘄蛇同外地白花蛇的不同，李時珍又記述說道：“出蘄地者，雖幹枯而眼光不陷，他處者則否矣。”
李時珍一生行程達上萬裏路，他吸取了無數人的意見，參考了達八百餘種書籍，曆時二十七年後，終於在明朝萬曆戊寅年，完成了這部字數達到兩百萬字的輝煌巨著——《本草綱目》。當時，李時珍已經六十一歲。
《本草綱目》全書可分為16部、52卷，收錄各種藥物，共計達到了1518餘種，在前人備述的基礎上，增添藥物374種，合計近兩千餘種，其中關於植物的種類達到1195種。此外，收錄了古代藥學家和民間醫藥學家的藥方單子，達上萬條。書中還附有1100多幅藥物形態圖。這部《本草綱目》可以稱得上醫學界的驚鴻著作，它吸收了曆代醫學寶典的精華之處，盡可能地糾正了前人的敘述錯誤，補充了前人記述上的不足之處。
從醫藥學價值上看，《本草綱目》有很多重要的發現和新的突破，是十六世紀，中國最為係統、最為完整、科學性最為嚴謹的醫學著作。從十七世紀開始，《本草綱目》開始流傳於世界，先後被翻譯成英、法、日、拉丁文等語言，備受世界各國的稱讚，可以說，《本草綱目》是中國醫學、科學發展史上裏程碑式的著作。
1593年，李時珍病逝，享年75歲。他一生著作豐厚，除了享譽世界的《本草綱目》外，還留下《奇經八脈考》、《五髒圖論》等數十種著作，時至今日，這位偉大的醫學家還被世人頌揚。