徐延旭和唐炯承擔這次慘敗的責任當然有些冤，事實上，作為最高統治者的慈禧才應該負主要責任。在危機爆發的開始，慈禧在對法交涉問題上猶豫不決，這使得前方將領也摸不清清廷到底是要戰、還是要和，備戰由此陷於形式化。而在開戰前，慈禧太後將對外交涉的事務交給李鴻章全權處理，對即將爆發的戰爭明顯抱有僥幸心理。
替罪羊雖然找了兩個，但這事還沒這麼快完結。當年三月初八，慈禧在召見軍機大臣分析戰爭失敗原因時，其斥責朝中官員因循守舊、應對不力，矛頭直指主持軍機處的恭親王奕訢，並為改組軍機處製造輿論。
就事論事，身為軍機領班的奕訢，當時的表現也的確不佳。在做了二十多年的軍機領班後，長期的勞累使得奕訢的身體每況愈下，這幾年更是經常生病，動輒請假。戰爭爆發前，奕訢還曾大病一場，病愈後也是精神不振，遠不如前。另外，奕訢深知慈禧太後對權力專斷的貪婪，其銳氣在這二十多年中也日漸消磨。尤其在慈安太後死後，奕訢更是感到孤立無援，凡事能避則避，即使關乎國家命運的大事也大都不置可否，以揣摩慈禧太後的意向為能事。
由此，奕訢在對法交涉中也是模棱兩可，一味應付，但戰爭的失利最終引發了慈禧和大臣們的極大不滿。此時，奕訢似乎也感覺到了什麼，他為了討好慈禧而急忙費心費力地籌劃半年後慈禧的五十壽典，企圖以此來博得慈禧太後的好感。
但這一切都已經晚了。這一次，慈禧決心要利用這個機會對軍機處大換血，並讓奕訢徹底出局。在慈禧的暗示下，清流黨人、翰林院左庶子盛昱上折彈劾恭親王奕訢、軍機大臣李鴻藻和寶鋆等人，要求他們承擔戰爭失敗的責任。對此，慈禧太後暗中欣喜，隨後即將奕訢打發到東陵主持慈安太後的三周年祭典。在此期間，慈禧更是頻頻召見親信寵臣，為政局改換做準備。
三月十三日，慈禧避開軍機大臣而直接召見了禦前大臣、大學士和六部滿漢尚書，隨後發布了一道上諭，將奕訢為首的軍機處大臣一概以“委蛇保榮，辦事不力”的罪名逐出軍機處。其中，奕訢被革去一切職務，令家居養疾；奕訢多年的得力助手寶鋆以原品休致（退休）；李鴻藻和景廉降兩級調用，翁同龢因是帝師，革職留用但退出軍機處。
隨後，慈禧太後又宣布組建新的權力班子，其中以禮親王世鐸、戶部尚書額勒和布、閻敬銘、刑部尚書張之萬、工部左侍郎孫毓汶五人為軍機大臣，貝勒（後為慶親王）奕劻主持總理各國事務衙門。數天後，慈禧太後又再下一諭：“軍機處遇有緊要事件，著會同醇親王奕譞商辦。”如此安排，換句話說就是讓醇親王奕譞代替了兄長奕訢的位置。由於這一年是農曆甲申年，慈禧太後導演的這次重大人事異動，曆史上也稱之為“甲申易樞之變”或“甲申政潮”。
回頭看，慈禧太後的這次行動，下手之迅疾，理由之充分，更換之徹底，著實讓人凜然生畏、歎為觀止。在經過二十多年的垂簾聽政後，慈禧的權術已經修煉得爐火純青，達到了收發自如的境地。不過，權術的成熟並不意味是件好事，特別是沒有了恭親王奕訢的幫襯與牽製後，慈禧太後由此變得更加專製跋扈，這恐怕就不是國家之福了。