從創立到廢除，軍機處前後綿延近兩百年時間，對清代的政治、經濟和軍事等各個方麵，都產生了非常深刻的影響。一個軍情傳遞和處理機構能逐步蛻變為無所不包的政治決策機構，甚至於公然侵奪內閣的權力並取而代之，軍機處堪稱中國古代數千年政治史中一個非常奇特的現象。
隨著曆史的演進，軍機處的職權慢慢得到擴大，但它的情報職能始終存在。精心設計的密折製度，完全是為了方便皇帝了解和處置情報而設。所謂密折，便成為情報的基本載體。起初是軍事情報，後期則是政治、經濟情報，包括社情、民情等各方麵，都無所不包，無所不能。這個原因，粘杆處所負責的收集內務情報的職能也被其侵奪，該機構便慢慢失去了存在的空間。
可以毫不誇張地說，無論是政治還是軍事，情報都是決策的基礎。軍機處雖說不是情報處置的終端，但它卻可以對情報處置起到非常重要的影響。圍繞軍機處所設計的嚴密的密折陳情製度，是軍機處發揮職能作用的重要基礎，清廷也因此能對社會實施嚴密的監控，對各級官員進行強力的掌控。軍機處之所以能夠成為清朝專製和集權的代言人，和它最接近皇帝有關，也與它行使這種嚴密的監控職能有著直接關係。
密折製度設計精巧，但有一個核心問題永遠不變：隻有皇帝才能擁有拆閱和批答密折的權力。除了若幹特殊情況之外，比如由於乾隆衰老而導致和珅專權，軍機處始終沒有這種權力。所以，就一定程度而言，閱覽密折便成為皇權的象征。能夠專擅密折的批答，便代表著皇權的集中統一，不能保持這種權力，則代表著皇權旁落。正是這個原因，即便是慈禧垂簾聽政之時，她也要牢牢地掌握密折的閱覽和批答權力，借此占有皇權。
應該看到，因為有軍機處這樣的輔政機構協助，皇帝能夠快速而又機密地處理各類政務，但陳情密折全都由皇帝來親自閱覽批答，這也對皇帝的體能和腦力提出了挑戰。據說雍正的早逝便受到他自己設計的這種理政模式的拖累。乾隆被迫進行相應的改進，從而為自己適當鬆綁。即便如此，在雍正的這種設計模式之下，皇帝也還是要保持勤政。如果有幾天懈怠，便會造成案積如山。很多人認為清代的皇帝比明代的皇帝勤政，多少也與這種理政模式有關。
軍機處從一個臨時成立的機構，能逐步發展到侵奪內閣的權力，並逐步取而代之，逐漸占據決策中樞的地位，與皇帝的一貫重視和有意扶植有著直接的關係。也就是說，皇帝的個人意誌對軍機處的興廢始終具有最為重要的影響。另外，由於皇帝始終牢牢地抓住閱覽和批答密折這一最為核心的環節，軍機處的權力再大，終究隻是皇帝的秘書機構和輔政機構。除了非常特殊的時期之外，比如乾隆垂老之年，清代皇帝，包括垂簾聽政的慈禧在內，大多都能對軍機處很好地加以控製，使得其權力始終不能逸出皇權的範圍之外。所以說到底，軍機處終究隻不過是皇帝集權的一個助手而已，不能淩駕於皇權之上。
毋庸諱言的是，軍機處在初始階段曾作為貼心秘書，為雍正和乾隆的強勢施政起到了一定的作用，也為乾隆朝一段較長時間的盛世做出了貢獻。這個現象或可說明，當權力被一個有能力的好皇帝所掌握時，也可以發揮出積極的作用，收到一些良好效應。包括對整頓吏治、懲處貪腐等，這種權力都有可能起到相應的助益。清王朝處於內憂外患夾擊之下，尚且能維持僵而不死，集權統治也曾發揮了一定的作用。但是，一旦權力換成為平庸無能的君主所掌握，集權和強權機構不僅不能帶來高效的行政，反倒會造成處處滯脹，嘉慶朝、鹹豐朝，包括晚清的衰敗和滅亡，都是生動的例證。
同樣是乾隆皇帝，早期和晚期，也表現出迥異的麵貌。在早期，軍機處是乾隆推行新政的助手；晚期，軍機處則淪為其實施暴政的工具。以殘酷的文字獄為代表的各種殘酷打壓，更成為乾隆朝標誌性的缺陷而被永久釘在恥辱柱上。惡政時期，軍機處起到了助紂為虐的作用，充當乾隆的幫凶和打手，也同樣會被曆史所牢記。
從南書房到軍機處，清朝前期的皇帝曾嚐試有關集權的種種努力，而軍機處的設計，令這種努力終獲成功。然而，即便是如願通過軍機處實現了集權的目的，卻還是難以避免權臣和弄臣的先後出現。諸如和珅這樣的軍機大臣，還是會在皇帝打盹之時強勢攬權。權臣和弄臣，就此成為軍機處的副產品。到了晚清時期，由於肅順這樣的權臣出現，軍機處也會遭到無視，至少是職權和權力都發生搖擺。至於慈禧隨意置換軍機大臣，更是充分說明軍機處隨時會受到皇權意誌的左右。這種現象說明，在封建集權時代，機構終究還是由人所掌控，尤其掌握了強權之人。即便是軍機處這樣的強權機構，也不能例外。隨著清王朝的日益腐朽，軍機處縱是設計再為機巧，還是會和這個沒落的王朝一起，成為明日黃花，淹沒在曆史的深處。