但近年來，隨著加入WTO和糧棉市場的全麵放開，農發行支農政策所依存的外部環境發生了巨大變化。業務功能單一、職能定位模糊、融資機製不健全、法規建設滯後等製度性缺陷等問題，已明顯製約了農村經濟和金融體係的發展。其具體存在問題分析如下：
1.業務單一、資金來源不足
農業發展銀行資金來源不足、業務單一，難以承擔農村政策性金融的重任。作為政策性銀行，農發行資金應主要來源於財政無償撥款和有償貸款。但由於財政撥付資金有限，且常常不能按時到位，農發行實際上不得不通過向商業銀行發行金融債券和向中央銀行借款來籌集資金，使籌資成本上升，與農發行的優惠貸款形成了巨大的利差缺口。按照國際慣例，這個缺口應由財政補貼，但至今我國政策上沒有這個規定，而是要求農發行實行“獨立核算，自主、保本經營，企業化管理”。這就使農發行舉步維艱，根本無法承擔起農村政策性業務的重任。
2.農村政策性金融製度不完善
當前我國農村政策性金融製度缺陷及存在的問題體現在：一是業務萎縮，支農作用弱化。農發行專司糧棉油收購、儲備、調銷資金的供應和財政支農資金的撥付等工作，使農發行成了單一的農戶產品收購的政策性銀行，難以通過政策性資金投入引導民間資金、社會資金和商業性貸款投向“三農”經濟發展；二是缺乏有效的監管協調機製。目前，我國對農發行的監管，發改委、銀監會、人民銀行、財政部、審計署等部門分別從不同的角度對政策性金融機構進行指導或監管，缺乏相應的協調機製；三是政策性金融立法滯後。1994年農發行成立後，關於政策性銀行的立法卻一直沒有出台，對政策性銀行的經營範圍、運行規則、違規處罰等都沒有明確規定。從而造成在業務經營上“摸著石頭過河”，且監管無法可依，製約了政策性銀行職能發揮和自身發展。
3.農業發展銀行功能缺位
農業政策性銀行是實施對農業保護、逆市場配置資金、增加農業資金投入的重要手段，是財政資金和信貸資金有機結合的支農方式。農業政策性銀行對符合國家發展意圖的農業政策扶持項目的直接或間接的資金投入，誘導更多的商業性、社會性資金投入，形成一種乘數效應，以達到促進農業發展的目的。但是，我國唯一的農業政策性銀行――中國農業發展銀行基本上隻負責糧棉油收購資金的管理工作，僅限於單一的國有糧棉油流通環節的信貸服務，不能涉足農業開發等生產環節和農業科技、農業產業化、農業市場服務以及扶貧等領域。而一些農業政策性金融業務分散在農業銀行、工商銀行、建設銀行、國家開發銀行等眾多金融機構，不利於農業政策性資金的統籌運用，降低了農業政策性金融業務的使用效率和效益。由於農業政策性金融投入分散且不足，資金聚集效應得不到充分發揮，製約了農業生產條件的改善，製約了農業產業化的發展，製約了農民收入的提高和農村經濟的發展。
（四）農業發展銀行的發展思路
農業發展銀行作為發放國家農業貸款、貫徹國家農業政策、解決“三農”問題的重要保障，具有不可替代的作用。農業發展銀行的改革方向也隻能是使其更好地發揮好政策性銀行的作用。具體措施如下：
1.進一步完善農業發展銀行的職能定位
我國農業政策性銀行功能尚不完善，融資渠道單一，經營管理體製陳舊等問題製約了政策性支農功能的充分發揮，與我國“三農”工作形勢、與農業和農村經濟對金融的需求越來越不相適應，深化我國農業政策性金融改革，進一步明確其法律定位勢在必行。因此，在完善農業發展銀行的職能時應堅持以下原則：一是堅持農發行政策性銀行發展方向的原則；二是堅持避免與商業銀行競爭的原則；三是堅持分類指導的原則。根據上述原則和要求，考慮到當前農村經濟和社會發展對農業政策性金融支農需求狀況，農發行的職能定位應是：根據國民經濟發展戰略目標，貫徹國家宏觀調控政策及農業產業和區域發展政策；以國家信用為基礎，籌集支農信貸資金，承擔國家規定的農業政策性金融業務，代理財政支農資金的撥付，支持農村發展和生態環境建設，為建設農村小康社會服務的農業政策性金融機構。
2.加大政策性銀行在縣域內信貸資金的投入
在製約縣域經濟發展的諸多因素裏，信貸資金投入不足是其重要原因，而作為農業政策性金融的農業發展銀行應該在這一領域發揮重要作用。為此，首先農發行應圍繞縣域經濟發展規劃製定工作重心：一是要依據當地縣域經濟發展規劃，抓住農業生產、流通領域那些與農發行業務經營密切相關的目標和問題；二要因地製宜、科學決策、立足地方特色資源優勢，以市場為導向、以農業增效為中心、以農民增收為目標，選準支持發展的項目；三要針對縣域經濟發展不夠活躍，發展不平衡，農業產業化水平低的狀況，加大扶持力度，提高現實生產力，增強縣域經濟發展後勁。其次，依托當地比較優勢，把握農業政策性信貸投向，支持優質國有糧食購銷企業做大做強，支持農業產業化做好做優，支持農業產業基地建設做穩做旺。第三，支持農村經濟要更新觀念，拓展業務經營要因地製宜，調整信貸管理模式要積極穩妥，從而適應深化改革中對政策性金融服務的優化。
3.擴大農業政策性銀行的業務範圍
農發行在調整職能定位的基礎上，應擴大業務範圍，完善服務功能。在農產品流通領域，重點支持國家糧棉等主要農產品儲備體係建設和調控市場，從而增強政府對糧棉市場的宏觀調控能力，確保國家糧棉安全。
在農業生產領域，農業政策性信貸資金圍繞農業結構調整和農業科技開發推廣，對生產領域的重點產業和重點項目進行資金支持；在農村基本建設領域，重點支持農村基礎設施和農業生態環境建設等農村經濟和社會發展的基礎性項目；在區域開發領域，重點支持農業大省和中西部地區開發。中西部地區是我國經濟發展最具潛力的地區，中西部開發是促進區域經濟社會環境協調發展的係統工程，需要大量的資金支持。
三、農村合作性金融
基於縣域金融的區域特色及金融服務對象的特點，對於合作金融的研究主要是針對農村信用社的相關情況進行分析。
（一）合作金融的內涵及其存在的必然性
1.概念界定
合作金融是以國際合作原則為標準，以社員股金為資本金，以社員為基本的服務對象，以既定的金融業務為經營內容的經濟組織。1995年國際合作聯盟（ICA）100周年大會上確定的國際合作原則主要包括七個方麵的內容：自願和開放原則；社員民主管理原則；社員經濟參與貢獻原則；自主自立原則；教育、培訓和信息原則；合作社間的合作原則；關心社區原則。由此可見，合作金融是一種由社員入股、社員民主管理、主要為社員服務的金融組織。
在我國，較普遍使用合作金融的概念是1996年農村信用社與中國農業銀行脫離行政隸屬關係，政府將農村信用社改革方向確定為“按合作製進行規範”之後，隨著農村信用社改革發展，城市信用合作社一部分改建為城市商業銀行，一部分翻牌變更為農村信用社，其餘仍保留“城市信用社”名稱的大多數也已經商業化經營。在現階段，農村合作金融是一個特指農村信用社的行業概念。
2.合作金融存在的必然性
首先，合作金融自身的特點決定了其存在的必然性。堅持合作製的模式是按國際合作社聯盟原則要求農村信用社對所有人平等開放，不以盈利為目的，不對外負債經營以保護社員利益；從經營目標上看，合作製把為社員服務作為主要的經營目標；從管理方式上合作製實行一人一票製，退社自由；從組織體係上看，合作製是自下而上控股，上一級為下一級所有；從分配方式上看合作製的盈餘分配標準是社員與合作社的交易量和貢獻大小，限製股金分紅。在這種製度下能把農村信用社辦成真正的合作金融機構，能使農村信用社擺脫追求效益、追求利潤最大化的目標約束，立足農村、服務農民、滿足農業和農村經濟發展的信貸資金需求，促進農業結構調整和最廣大人民的物質文化生活水平提高，維護金融秩序和社會秩序的穩定。
其次，我國經濟發展現狀適應於合作金融的存在。從理論上講，狹義的合作經濟就是經濟弱小者以互助自救為動機的經濟聯合。我國的農業是弱勢產業，廣大而分散的農戶是弱勢群體，是很難得到以逐利為本性的商業化金融青睞的，他們客觀上需要一種聯合，需要有一種靈活方便的金融服務組織來滿足他們對資金的需求，農村信用社就是為滿足這種需求而產生的一種製度。事實上，就我國大多數農村地區而言，商業化的金融形式並非是最好的運作形式，金融業完全商業化運作的基本前提是市場化程度比較高，市場機製在資源配置中居於基礎地位，經濟個體之間的聯係十分密切，信息共享機製較為完備。在這樣的前提下金融企業方能完全以利潤最大化為目標從事各項金融服務。然而，我國農村整體上還不具備這樣的前提條件，假如把完全商業化的金融服務形式引入農村，那麼，由於銀行資本逐利的本性，困難群體將很難得到充分的金融服務，從而在某種程度上會製約農村經濟的發展。在我國這樣一個農業人口大國，農業、農村、農民問題，一直是我們經濟發展中的第一大問題。結合我國農村的基本經濟狀況和目前農村金融市場的格局，農村分散而經濟實力弱小的農民對自願的聯合實現資金互助是一種必然選擇，因此合作金融製度的存在是符合我國國情和實際的。
（二）國外農村合作金融實踐
經過100多年的發展，農村合作金融無論在發達的西方資本主義國家，還是在發展中國家都得到了長足的發展。不同的國家根據自身經濟發展特點采用不同的合作金融模式，並取得了良好的效應。
1.國外合作金融模式
（1）德國的單元金字塔模式
德國是合作金融的發源地，其組織形式特征表現為合作銀行的單元金字塔體製模式。該模式最基層是雷發巽銀行（信用合作社），為數眾多，資本金全部來自於農戶、小農場主、銀行雇員、自由職業者以及社會援助。第二層是區域性的合作社聯盟（即合作銀行）。地區合作銀行向基層信用社提供資金支付和結算服務與短期再融資服務，並可借入外部資金，開展證券投資業務和國際銀行業務。第三層也即最高層次，為中央合作銀行，它的大部分資本金由地區合作銀行提供，此外，政府為了表示對合作銀行的支持，也參加有一定的股份。在運用上，除了向地區合作銀行提供全國性的支付和結算服務以及短期再融資外，還可以從事多種金融業務。在管理製度上，它與雷發巽銀行及合作銀行有所不同，股東大會是最高權力機構，其組織與一般股份公司無本質區別，理事會的組成包括各方麵的人員，且中央合作銀行主要負責人的任命要經政府同意。
德國合作銀行體係完整，層次分明，既保持了相互獨立又發揮聯合優勢，充分體現了其管理機製的民主化和科學化。
（2）法國的半官半民模式
法國農業信貸互助銀行是典型的半官半民的互助合作銀行體製，是法國最大的銀行。農村合作金融由三個不同層次構成：第一層是地方農業信貸互助銀行，也稱為農業信貸合作社，是基層民間組織；第二層是省農業信貸互助銀行，由若幹個地方農業信貸互助銀行組成；第三層是法國農業信貸互助銀行總行，它是全國性的合作金融機構。各省級和地方農業信貸互助銀行的資本金是社員自願投入的，總行的資本金則由政府財政撥款。省和地區農業信貸互助銀行的經營管理嚴格按信用合作的原則進行，總行則是最高管理機關，不經營一般的信貸業務，主要負責審查各省級農業信貸互助銀行的有關賬表，監督其業務活動，同時向其辦理結算，提供資金支持，並對個別虧損地區給予低息貸款或一定的補貼。
（3）美國的多元複合模式
合作金融在美國農村金融體係中居主導地位，主要由聯邦土地銀行、聯邦中間信貸銀行和合作社銀行等幾個金融機構組成。這個農業信用體係在創立初期是一個半官式和半合作式的聯合體係，上層是設在華盛頓的農業信用管理局，為政府機關，局長和副局長都由總統任命，直接對總統負責；下層是許多農業合作社，全是農民自動與互助的合作社；中層是12個農業信用區，每一區有一個農業信用分局及其所管的三個銀行，這些分局內都設有農業信用委員會和一個總經理，其成員一部分由政府指派，另一部分由農民的合作社推選。在具體的貸款業務上，聯邦土地銀行專門向農場主提供長期抵押貸款，聯邦中間信貸銀行則向為農民服務的金融機構提供資金。
受美國高度發達的經濟和金融的影響，美國的農村信用合作社與歐洲信用合作相比，信用合作組織出現明顯變異，股份製思想比較突出。
（4）日本的合作金融模式
日本的合作金融是日本農林漁業協同組合係統（農協係統）所辦理的信用事業，其資金來源主要是從農村中吸收來的存款，服務對象原則上也限定在本係統內作為會員的農戶和農林漁業團體，所以是一種相互扶助性質的金融機構。農協係統由三層次組成，包括基層的協同組合，都道府縣的協同組合聯合會、中央的農林中央金庫和全國信聯協會三個層次，並且基層和中間一層又各有農、林、漁業三種不同的協同組合和聯合會。這三級金融機構雖有上下級關係，但他們在經濟上各自獨立核算，獨立管理。另外，還有全國信聯協會，它由各都道府縣協同組合聯合會和農林中央金庫共同參加組成，是各地協同組合聯合會的中央聯絡機關，並且通過對農協係統活動的調查研究，為會員提供情報、協調關係和改進農林漁業的金融工作。
2.經驗總結
縱觀國外合作金融的發展曆史和經驗，結合合作金融組織的發展趨勢，有下列幾個方麵的經驗值得我們思考和借鑒。
從組織架構上看，各國基本上都采用中央、地區、基層三級機構體係，且多采取多級法人製度。各級農村合作金融組織都具有自主的經營權和獨立的法人資格，每級法人都由成員自下而上參股，形成一個較為獨立的體係，從而建立了自下而上的合作金融組織體係，並在體係內部形成相互合作的關係，得以保證合作金融的長期健康發展，也增強了合作金融的生命力。
從管理及運行體製上看，各國合作金融在保證各級合作金融組織自主經營的前提下，上級機構對下級機構在資金融通、資金清算、信息交流、人才培訓等方麵給予支持，同時對下級機構的經營活動進行必要的審計、稽核等監管活動，從而有利於其規避風險、穩健經營。
從政府的作用上看，各國政府在實踐中越來越認識到農村合作金融的地位和作用，采取了加強立法保障、設置專門管理機構甚至直接參股等形式給予財稅方麵的支持，從而保證合作金融體係的有效運行。
（三）農村信用社發展現狀及存在的問題
農村信用合作社是農民自己的互助組織、自我服務組織和農民的利益共同體，遍布城鄉各地，主要側重於對社區的農戶、社員及其農民企業的生產經營性貸款和臨時性生活貸款。隨著國有商業銀行上收貸款權和撤並分支機構，以“三農”和中小企業、個體民營企業為服務對象的農村信用社已成為縣域金融的主要金融機構，成為農村金融的主力軍和聯係農村千家萬戶的金融紐帶，在支持“三農”中具有不可替代的作用。截至2003年，全國農村信用社有機構34909個，其中農村信用社32397個，縣級聯社2441個，市聯社65個，省級聯社6個。職工62.8萬人。2005年6月末，農村信用社存款餘額3.06萬億元人民幣，比2002年末增加10765億元，增長54%；各項貸款餘額2.2萬億元人民幣，比2002年末增加8022億元，增長58%。隨著農村信用社增資擴股和清收不良貸款工作全麵展開，農村信用社資本實力明顯增強，抗禦風險能力迅速提高。在農村地區，農村信用社已成為農村金融服務的主力軍。
縣域地區，農村信用社在促進成員的經濟發展和社會進步、促進城鄉中小企業發展、促進城鄉貧困居民走向富裕和城鄉不發達地區走向現代化過程中，為縣域經濟持續發展和縣域金融秩序穩定做出積極的貢獻。但隨著縣域經濟的發展和金融體製改革的深化，農村信用社的發展過程中暴露出諸多問題，具體包括以下幾個方麵：
1.農村信用社難以支撐“三農”經濟
農村信用社是目前縣域內支農的主要金融機構，由於商業銀行從縣域經濟逐步退出，把農村信用社推到了支農的前沿。但土生土長的農信社具有先天缺陷，如經濟規模小，不良資產占比高，資金籌集難等，導致其資金實力不強，法人治理結構不完善。農信社的經營運作難以適應農村經濟規模化、產業化發展的需要，支農乏力。這使農村信用社在與其他金融機構的競爭中處於明顯劣勢，加大了農村信用社資金供需矛盾，農民貸款難問題很難從根本上得到解決。在商業銀行收縮網點業務，政策性銀行功能缺位的情況，難以獨木支撐“三農”經濟發展。
2.農戶小額信貸和農戶聯保信貸不相適應
隨著農業和縣域經濟發展出現的新變化，農戶對信用社的服務提出新的要求，使得農戶小額信用貸款和聯保貸款出現不適應，並逐步地顯現出一些深層次的矛盾和問題。主要表現在：農戶小額信用貸款需求擴大與信用社資金供給有限的矛盾、支農政策性與信貸資金效益性的矛盾、農業高風險與質量評價標準不統一的矛盾、貸款期限較短與生產周期較長的矛盾、約束機製與激勵機製不配套的矛盾、農戶信用等級評定多方參與與程序規範化的矛盾；農戶聯保貸款中製度設計操作難、聯而不保、額度設計不合理、適用麵較窄等問題。這些矛盾和問題如得不到解決，將直接影響到信用社信貸支農作用的發揮。
3.縣域資金“農轉非”現象嚴重
縣域資金“農轉非”現象嚴重主要表現為：一是農村信用社資金大量上存聯社，造成農村資金流失。縣域基層農村信用社需上存聯社，存放中央銀行準備金，同時聯社還要按要求上存省信合辦，這樣將主要存款來自農村的資金逐漸轉移至非農業領域。由於經濟相對發達地區資金需求量大，處於欠發達地區的農信社，其資金大量調劑給經濟發達地區，從而擄走了大量農村資金。二是隨著合作基金會的關閉，農民的資金隻有存在信用社，而農村信用社的信貸資金趨利性明顯，偏離了支農主渠道，向一些利潤較高的行業和產業轉移。
（四）農村信用社的改革思路
1.強化農村信用社的支農力度
農信社如何在支持“三農”與追求自身經營收益之間實現利益均衡是其可持續發展的關鍵。具體可從以下幾方麵努力：一是加快產品創新和服務開拓步伐，為新農村建設提供優質金融服務。農信社應繼續發揮信貸導向作用，支持生態農業發展；拓展農村新社區的金融服務，支持農村城鎮化建設；進一步完善農村金融服務功能，為農戶提供更加全麵的金融服務。二是全麵提升農戶小額信用貸款品牌，試辦大額農業信貸，為農村發展新產業提供長效金融服務。三是加快發展農村教育、創業類信貸，為培養新農民提供新型金融服務。農信社可以發展助學貸款業務，支持農村貧困學生就學，開辦教育類貸款，提高農民的技能和素質。拓展創業類貸款，增強農民的自主創業能力。四是應將信貸政策與新村鎮規劃相結合，拓寬信貸服務領域，為農村新村鎮建設提供金融支持。五是進一步完善各種合作經濟組織，形成各類信用共同體，為培育農村新組織提供金融服務。