（一）《監獄法》是不完全的刑罰執行法
《監獄法》的立法規格較低。《監獄法》是由全國人大常務委員會通過的一部規範死緩、無期徒刑、有期徒刑執行的法律，而《刑法》《刑事訴訟法》則是由全國人大通過的國家的基本法律。《監獄法》隻是不完全的刑事執行法。《監獄法》作為不完整的刑罰執行法，監獄作為不完整的刑罰執行機關，由於其法律地位的局限，無法實現與徒刑在我國刑罰體係中的地位相對應的作用。在現實中，《監獄法》的部門法色彩很明顯，《監獄法》幾乎成了“監獄的法”與“管監獄的法”，隻有監獄才把《監獄法》當成法律，隻有監獄才執行《監獄法》。這種情況與建立法治國家以及刑罰執行活動在國家司法活動中的地位是不相稱的。
（二）監獄刑罰執行中的法律衝突
1.關於暫予監外執行的規定。《監獄法》規定暫予監外執行的對象為被判處無期徒刑、有期徒刑的罪犯，符合監外執行條件的可暫予監外執行，而《刑事訴訟法》將暫予監外執行的對象限定為拘役與有期徒刑罪犯，排除了無期徒刑罪犯。
2.關於對認為不當的減刑、假釋裁定的處理。《監獄法》規定：“人民檢察院認為人民法院減刑、假釋的裁定不當，應當依據刑事訴訟法規定的期限提出抗訴。”又《刑事訴訟法》規定不服裁定的抗訴期限為5日。這與《刑事訴訟法》第220條相矛盾，其規定“人民檢察院認為人民法院減刑，假釋的裁定不當，應當在接到裁定書副本後20日以內，向人民法院提出書麵糾正意見”。
3.關於死緩犯最低實際服刑時間的規定。依據《刑法》死緩犯最低實際服刑時間為12年，而司法解釋為14年。基本法與司法解釋兩者相矛盾。
以上隻是舉了幾個例子來說明現行刑罰執行法律體係內部的衝突，現實中處理這些衝突時，各機關分別以“特別法”、“上位法”、“新法”優先的理由處理具體問題，各地情況不盡相同。這些衝突直接影響到刑罰執行的統一性與效能。
（三）《監獄法》的原則性規定缺乏配套法規
《監獄法》隻是對監獄在刑罰執行過程中的一些重大問題做出了一些原則性的規定，缺乏與之相配套的法律法規，實際操作的依據代之以大量的政策性文件，這種政策也因地域、時間而存在差異。這種情況侵犯了國家刑罰執行的嚴肅性與統一性。試舉幾例：1.關於罪犯收監。《監獄法》第17條有關罪犯患有嚴重疾病的範圍、程度缺乏明確的標準。另外，本條中的“社會危險性”界限比較模糊。2.關於罪犯申訴。《監獄法》第21條規定：“對罪犯的申訴，檢察院或者法院應當及時處理。”但並沒有就“及時處理”做出相應的時間和程序性規定。另外，《監獄法》第24條規定，監獄根據罪犯的申訴，認為判決中可能有錯誤的，應當提請人民檢察院或者人民法院處理。但是，監獄並不掌握罪犯犯罪的案卷，對他們的犯罪情況僅憑申訴很難判定判決是否有誤。3.關於罪犯獎懲。《監獄法》第58條對罪犯破壞監管秩序的行為做出了懲罰性的規定。本條所規定的罪犯破壞監管秩序的8項行為，有不少實際上已超出了一般的違紀違法的性質。例如毆打人民警察的行為不僅具有暴力妨礙國家工作人員執行公務的性質，而且具有故意傷害他人的性質，對此，僅給予禁閉處罰似乎不妥。再如，罪犯的獄內盜竊，由於獄內環境所限，不可能構成較大數額，但性質相當惡劣。而以社會定罪標準衡量，因數額較小隻能給予行政處罰，似乎不當。另一方麵，對罪犯行政處罰缺乏程序方麵的規定。因此有學者建議，監獄在具體適用《監獄法》第58條時，可適用我國《行政處罰法》第5章的相關規定。這也是不得已之舉。
三、擴大假釋適用，促進刑罰執行社會化
我國刑罰執行體係存在的再一方麵比較突出的問題就是行刑社會化程度低。“懲罰與改造相結合，以改造人為宗旨。”懲罰是刑罰的自然屬性，否則就不稱其為刑罰，但懲罰本身並不是刑罰適用的目的。刑罰的目的有報應主義與預防主義說。在我國，刑罰的目的是預防犯罪應當說已形成共識。刑罰執行應以改造人，也即罪犯的再社會化為其更本原性的目的。