（三）關於綜合執法體製問題
目前，試點城市都設立了城市管理綜合執法機構承擔綜合執法職能。其機構名稱、性質、體製諸多方麵存在較大差異，具體表現：一是機構名稱不規範；二是機構設置體係各異，有獨立設置，有合署辦公；三是機構性質不統一；四是管理體製混亂，第一種是實行市區兩級執法，以區為主的執法體製。區設立綜合執法機構，為區政府組成部門，區執法機構受市執法局和區政府雙重領導，以區政府為主。第二種是實行市區兩級執法，以市為主的執法體製。區設立綜合執法機構，受市執法局和區政府雙重領導，以市執法局為主。第三種基本上與第二種類似，不同處就是明確區執法機構是市執法局派出機構。第四種實行市、區、街道三級執法體製。在街道設立綜合執法機構，使執法重心進一步下移。
（四）關於綜合執法部門與業務主管部門關係問題
綜合執法的一項重要內容就是將製訂政策、審查審批等職能與監督檢查、實施處罰等職能相對分開，改變政府部門既管審批又管監督的體製。將監督處罰職能與技術檢驗職能相對分開，改變行政執法機構既管查處又管檢驗的體製。其主要目的是規範行政行為和權力運作方式，解決“裁判員與裁判委員會分開”問題。由於政府職能轉變不到位，配套製度沒有及時跟進，在實踐中造成綜合執法部門與業務主管部門產生諸多矛盾。一是工作銜接不到位。業務主管部門沒有了監督檢查權，加之與綜合執法部門信息共享渠道不暢，所做的一些行政許可事項往往與實際情況脫節。二是多頭審批與綜合執法有矛盾。城市管理本是一個有機整體，規劃、建築、市容、環保等方麵的審批事項亦應有機協調。執法綜合後，審批沒有相應綜合，管理工作效率沒有從根本上提高。三是綜合執法部門的業務指導關係不順。綜合執法機構直接隸屬於政府，與業務主管部門是平級關係。城市管理大部分法律、法規、規章都是由業務主管部門擬定的，行業主管部門在執法上更有經驗，這種經驗從體製上無法對綜合執法部門產生作用。四是檢驗、檢測機構與綜合執法機構配合不順。檢驗、檢測機構目前大多仍隸屬於各業務主管部門，由於體製上原因與綜合執法部門業務銜接不順。五是綜合執法缺乏有效監督。由於綜合執法監督沒有業務上級，整個監督效能大大打了折扣。
出現上述問題的根本原因是我們對行政執法的本質認識不到位，對城市綜合執法機構性質、功能、定位認識還不清，在處理綜合執法與業務管理關係方麵思路不開闊，致使實踐中出現了許多問題。行政執法是行政管理的重要組成部分，它天然具有行政管理工作所具有的靈活、高效、自由裁量等方麵特點。行政執法體製是行政管理體製的衍生物，行政執法體製應適應行政管理體製。但同時非常重要的是行政執法工作還具有自身特殊的規律，它與“法”緊密聯係，客觀上要求具有規範性、統一性和相對穩定性。筆者認為，開展城市綜合執法工作，必須遵循執法工作基本原則，必須走規範化專業化的路子。同時應積極改革行政管理體製，為此項改革創造良好外部環境。