TRIPS協議第41條第2條規定：“知識產權的執法程序應公平合理。它們不得過於複雜或花費過高、或包含不合理的時效或無保障的拖延。”這與我國專利等知識產權案件訴訟程序複雜和審判周期過長之間的矛盾衝突，客觀上必然要求簡化我國現有知識產權審判程序，以適應TRIPS的規定。
（二）不同的審判程序可能造成同一案件的不同結果
根據專利法的規定，專利管理部門隻能對是否構成侵權作出決定，不能對侵權賠償的數額進行處理，專利權人要得到侵權賠償，必須向人民法院提起民事訴訟。根據最高人民法院的規定，人民法院受理的侵犯專利權的糾紛案件，已經經過專利管理部門作出侵權或者不侵權認定的，人民法院應當就當事人的訴訟請求進行全麵審查（重新進行審查），也就是說，人民法院經過重新全麵審查後，可能作出與專利管理部門截然相反的裁判。同一專利侵權糾紛案件，因適用的訴訟程序不同而發生對案件的審理結果不一致的現象，嚴重影響了知識產權保護水平，嚴重損害了司法的統一和法律的尊嚴。
三、設立知識產權法院的構想
由於知識產權侵權與確權中的獨有特點（部分重要的知識產權，如專利權、商標權，是“經行政批準方才產生的民事權利”），而且知識產權案件技術性、專業性過強，多數知識產權保護較有效的國家，如法國、德國、英國、美國等主要兩大法係國家，均是由特定的民事審判法院（或法庭）全麵受理及裁判與知識產權侵權、確權乃至合同等糾紛相關的一切民事、行政及刑事案件，而不是分散在民、刑、行政等各種不同的審判機構中。
因此，為了徹底解決司法“不統一”的問題，筆者認為可以考慮在北京和上海等地法院試點經驗的基礎上，由專業法庭和專業法官統一審理相關知識產權的民事、行政和刑事案件，成立專門的知識產權法院，以達到TRIPS協議對知識產權執法要求“統一”的規定。這樣整個訴訟程序大大簡化，審判周期也可以明顯縮短，既降低了當事人的訴訟成本，又提高了審判效率。
設立專門的知識產權法院，有利於加大知識產權保護力度，提高我國知識產權保護的國際形象。有利於審判標準的統一並可遏製地方保護主義。施行合案審理，有利於審判標準的統一；有效地遏製由於侵權案件管轄的規定而可能產生的地方保護主義，保證司法審判的公正性，對維護知識產權權利人的合法權益及社會穩定將起積極作用。設立專門的知識產權法院，有利於節約程序，提高審判效率。根據我國目前的知識產權法律，在審理專利案件上，程序繁多，審理周期漫長，不利於知識產權保護。同時，由於維權成本太高、侵權利潤太大的現象存在，導致知識產權保護形勢嚴峻。
設立專門的知識產權法院，筆者認為可以確保知識產權法律的有效統一實施，建立和完善與WTO相適應的運行快捷、保障有力和公正協調的知識產權司法保護機製，解決我國知識產權保護的現行機製與TRIPS協議執法機製的矛盾衝突，提高知識產權司法保護水平，促進自主創新能力的增強和自主創新成果的保護，為建設創新型國家創造良好的法製環境。
參考文獻：
[1]《中國知識產權保護的新進展》白皮書，2005（4）。
[2]吳伯明，《關於在我國設立知識產權法院的建議》，2001.
[3]蔣誌培，《知識產權司法保護若幹問題研究》，中國知識產權司法保護網，2004（10）。