看到希特勒的初期勝利後，墨索裏尼於1940年5月出任了意大利戰時統帥部最高統帥，並於同年6月10日對英、法宣戰，出兵法國南部，並向英屬索馬裏、肯尼亞、蘇丹和埃及發動進攻，企圖建立地中海帝國。10月派兵入侵希臘。1941年4月出兵配合德軍進攻南斯拉夫。6月22日對蘇宣戰並派兵配合德軍進攻蘇聯。1943年7月，英美聯軍在西西裏島登陸成功。在意大利經曆了一連串的軍事失敗後，1943年7月24日大法西斯議會通過了對墨索裏尼的不信任動議，翌日，墨索裏尼被埃馬努埃萊三世國王解職並逮捕，並被監禁在蓬察島，隨後轉到離撒丁島海岸不遠的拉馬達勒納島，他在7月27日被轉移到蓬紮（Ponza），8月7日又被轉移到馬達萊納（La Maddalena）的海軍基地，最後在8月27日被轉移軟禁在大薩索峰（Gran Sasso d'Italia）帝王台（Campo Imperatore）的一間別墅裏。同年9月12日，德國發動橡樹行動，實施突襲行動用滑翔機成功營救出被軟禁的墨索裏尼。9月17日在意大利北部薩洛出任“意大利社會共和國”傀儡政府總理。與南部已被盟軍占領的意大利王國分庭抗禮。
1945年4月9日，盟軍沿戈錫克防線發動總攻。4月21日，防線被攻破，盟軍及意大利部隊遍布巴倫第平原，並越過波河。曾在伯恩與美國特使艾倫·杜勒斯秘密談判的德國將軍卡爾·沃爾夫代表墨索裏尼馮·維廷霍夫將軍指揮的80萬人投降，維廷霍夫將軍是在3月接替陸軍元帥凱塞林的職位的。這些人中包括格拉其亞尼指揮的意大利社會共和國部隊。貝尼托·墨索裏尼及共和國政府成員在拒絕上意大利民族解放委員會提出的投降命令後，於1945年4月25日晚逃往米蘭。上意大利民族解放委員會由維克多·埃姆努埃爾國王設在羅馬的總部管轄，負責指揮並聯合北部的反法西斯主義運動。但墨索裏尼在4月27日去往阿爾卑斯河穀瓦爾泰利納地區時被遊擊隊俘虜，他曾計劃在那裏等候美國人的到來。上意大利民族解放委員會的行動違反了國王和羅馬政府在1943年9月8日與同盟國停戰協議條款中所規定的義務。條款要求墨索裏尼向同盟國投降。但上意大利民族解放委員會決定立刻槍斃墨索裏尼及其部下，並計劃於4月28日下午在關押他們的科莫湖邊的一個村莊執行。1945年4月28日下午，“行刑者”到達那裏時，他們發現有人已經替他們完成了任務。
墨索裏尼及其情婦克拉拉·貝西塔已經被遊擊隊員於當日淩晨處死。他們的屍體隨後在4月29日被運到米蘭，並被倒吊在洛雷托廣場（Piazzale Loreto）的一個加油站頂上示眾。墨索裏尼的屍體在1946年被法西斯主義支持者盜挖，後被意大利政府扣押十年，直到1957年才被交還給他的遺孀雷切爾·墨索裏尼在他的故鄉普雷達皮奧下葬。