第23航空戰隊 （澳北），3個航空隊，168架飛機。
第26航空戰隊 （加羅林、菲律賓）、3個航空隊，240架飛機。
飛機定額，包括其他12架共1644架，但實際備齊的數目是1188架。
隨著敵軍在所羅門方麵開始反攻，第3艦隊的第1及第2航空戰隊，為了加強該方麵的基地航空作戰，自昭和18年（1943年）11月以後，陸續被調去臘包爾方麵，喪失了戰鬥力的大半，而又都是陷於作為航空母艦部隊不能進行海上作戰的狀態。因此，大本營於昭和19年（1944年）2月，以敵軍空襲特魯克為轉機，令兩個戰隊退避到國內和新加坡方麵，加速進行整備訓練。
另外，沒有航空母艦部隊的第2艦隊，開戰以來大體維持原來的狀況。因此，大本營為了便於發揮聯合艦隊海上部隊的綜合威力，於3月1日將第2艦隊和第3艦隊合編為第1機動艦隊（司令長官小澤治三郎中將）。當時該艦隊的編製如下：
第2艦隊
第1戰隊 長門、大和、武藏
第3戰隊 金剛、榛名
第4戰隊 愛宕、高雄、摩耶、鳥海
第5戰隊 妙高、羽黑
第7戰隊 熊野、鈴穀、利根、築摩
第2水雷戰隊 能代、第24、第27、第31、第32驅逐隊
第3艦隊（第1機動艦隊司令長官直接指揮）
第1航空戰隊 大鳳、瑞鶴、翔鶴、第601航空隊（225架飛機）
第2航空戰隊 隼鷹、飛鷹、龍鳳、第652航空隊（135架飛機）
第3航空戰隊 千代田、千歲、瑞鳳、第653航空隊（90架飛機）
第10戰隊 阿賀野 矢矧、第4、第10、第16、第17、第61驅逐隊
第3航空戰隊是僅以小型航空母艦編成的。該戰隊的飛機是，以作為初次嚐試、在零式戰鬥機裏裝上炸彈（250公斤的炸彈一發）的戰鬥轟炸機45架（各艦15架）為主力編成的。
聯合艦隊的計劃與準備——展開
5月2日，新任命的聯合艦隊司令長官豐田副武大將，於第二天（3日），在東京灣的旗艦“大澱”號上，接受上述有關“阿”號作戰的“大海指”，當天下達聯合艦隊“阿”號作戰計劃，並命令當時分散在新加坡、林加停泊地及國內待命和訓練中的第1機動艦隊，於5月20日以前，在菲律賓西南部的塔威塔威停泊地集結，完成作戰準備。
在5月3日下達的聯合艦隊“阿”號作戰計劃中，將決戰海麵指定為帛琉周圍及西加羅林方麵，其方針是對馬裏亞納方麵不使用第1機動艦隊。但後來因為機動艦隊得到了增加油輪的分配，所以又改為對馬裏亞納方麵也使用機動艦隊了。此外，聯合艦隊作戰計劃的另一個特征是，強調並重視將敵軍牽製和引誘到我方希望的決戰海麵的方策。
5月17日，敵軍在新幾內亞西部的瓦克德、沙米方麵登陸，戰局告急，聯合艦隊便於18日命令第1航空艦隊為適應“阿”號作戰進行展開。隨後，根據敵機動部隊前來襲擊南鳥島和通信情報及其他情況分析，認為敵軍正式進攻的時機已經迫近，便於5月20日，下令開始“阿”號作戰。另外，為了便於同南方進行無線電通訊，於5月22日，將其司令部由東京灣移至內海西部的柱島錨地，以備行將到來的決戰。
第1機動艦隊的計劃
機動艦隊根據聯合艦隊的計劃，在“與友軍尤其是與基地航空部隊緊密合作，做到能夠掌握戰機乘勢機動，並與我基地航空兵力的攻擊相呼應，全力以赴地進行猛烈果敢攻擊，一舉殲滅敵軍兵力特別是敵機動部隊，以粉碎敵軍的反攻企圖”的方針之下，製定作戰計劃，其要點如下：
一、機動部隊於5月23日，在菲律賓部隊的待命停泊地，完成決戰準備。並遵照命令，將牽製部隊推進烏利西或帛琉方麵，與友軍合作，努力把敵人引誘到決戰海麵。
二、機動部隊遵照命令出擊，極力隱秘其企圖，進到菲律賓東部海麵，在適當時機與牽製部隊彙合。
三、根據基地航空部隊和先遣部隊等的搜索、接觸，了解敵軍全貌，並嚴加自衛警戒，同時相機向我方計劃的海麵出擊，並與基地航空部隊的作戰相呼應，先發製人地、果敢地攻擊敵機動部隊，及時轉入決戰，予以擊潰。
航空戰以白天強襲為原則，並著重攻擊敵軍的側翼。
四、當機動部隊進攻接觸敵軍時，要嚴加警戒敵軍的側攻戰術和圈套。在基地航空兵力的巡邏警戒不夠嚴密、目前航空母艦兵力又不夠強大的情況下，在搞清敵情以前，可控製一部分進攻兵力。
五、轉入追擊戰以後，要排除萬難，全力以赴，反複攻擊逼近的敵軍，予以殲滅。當利於海上機動戰時，應照舊繼續作戰。並根據情況，今航空隊在地麵基地展開，或令水上戰鬥部隊出動，負責進一步擴大戰果。
第1航空艦隊根據聯合艦隊的計劃而製定的計劃要點如下：
一、將基地航空部隊的兵力編成三個攻擊集團，給每個集團分配各種飛機，使之易於移動與集中。
二、為了掌握準確的敵情，對敵軍前進基地進行挺身飛行偵察。
三、如果肯定了敵軍來攻的方麵，除留下偵察機外，該方麵其餘的攻擊兵力，提前轉移到其他集團配置地區，躲避敵軍的攻擊，然後由該基地向敵軍進行集中攻擊。
四、在敵我機動部隊決戰前，要以基地航空部隊至少擊潰敵機動部隊航空母艦兵力的三分之一，然後與我方機動部隊以及其他部隊協作，殲滅殘存的敵艦隊。