第一、集中我大部分決戰兵力，準備在敵軍主要反攻的正麵，一舉殲滅敵艦隊，以挫敗敵軍的反攻企圖。為此：
一、迅速整備我決戰兵力，大致在5月下旬以後，在從太平洋中部方麵至菲律賓及澳北方麵的海域，捕捉敵艦隊主力，以圖殲滅之。
二、在整備上述決戰兵力以前，除了特定場合外，以避免決戰為宗旨。
第二、決戰海麵的作戰要領如下：
一、5月下旬，待第1機動艦隊和第1航空艦隊的兵力得到整備之後，命令第1機動艦隊在菲律賓的中南方麵待命；令第1航空艦隊在太平洋中部、菲律賓及澳北方麵展開，以保持適應決戰的態勢，並乘有利時機，特別是恰當地運用上述兩個艦隊，全力以赴地去捕捉並殲滅敵軍主力。
二、決戰海麵盡可能選定在接近我機動部隊待命的地點。
第三、在我決戰兵力整備之前，敵軍來攻時，按照下列原則進行作戰：
一、除了確保特定據點和特別有利的情況之外，避免以海上兵力進行決戰，而主要以基地航空兵力與局部地區的防衛兵力，迎擊並殲滅敵軍。關於特定地點另作指示。
二、在這種情況下，關於基地航空兵力的使用，要洞察全麵戰局的演變，除了特別有利於今後決戰確有把握的場合外，盡力防止消耗過多的兵力，以不影響下一步海上決戰為宗旨。
第四、決戰期間其他方麵的作戰，按照下列原則進行：
一、陸海軍緊密合作，大致以所在的兵力，反擊來攻之敵，並盡可能遵照既定方針，確保所規定的重要地區。
二、努力進行奇襲性作戰，以求挫敗敵軍進攻的氣勢。
第五、關於決戰準備，應特別注意下列事項：
一、進行陸海軍一體的作戰準備，以大體上在5月下旬完成為目標，促進自太平洋中部至菲律賓及澳北方麵的地區，尤其是西加羅林諸島、菲律賓中南部、哈馬黑拉及新幾內亞西部方麵的作戰準備。同時加強這些重要地區的防務，爭取盡快確立我在決戰海麵上的有利戰略態勢。
二、優先進行航空作戰準備，努力建設基地和集聚加強防衛必需的燃料和彈藥。特別重視空軍基地的堅固性。
三、航空基地雖已規定區別使用，但應靈活運用，要做到最有利於陸海軍部隊結成一體進行航空作戰。同時，在防衛與集聚燃料、彈藥方麵，兩軍也應同心協力實行之。
第六、按照本作戰方針進行的作戰，稱為“阿”號作戰。
在上述指示中指出，決戰的海麵為自太平洋中部方麵至菲律賓及澳北的海麵。但通過作戰準備那項的內容也可以看出，大本營海軍部所判斷並期待的是，決戰將在帛琉近海發生。
這固然是根據敵情判斷來的，但也相當受到當時能夠分配給我機動部隊的油船數量的影響。就是說，當時的油船情況大大地限製了我機動部隊的行動能力，其行動半徑限於約1000海裏以內。這一事實就意味著，即使我機動部隊的待命地點，推進到最前麵的菲律賓中南部，也很難將這支部隊用於馬裏亞納方麵的決戰上。而這種情況必然使大本營海軍部期望將決戰海麵盡可能選定在接近我機動部隊的待命地點方麵，即帛琉的近海，並為此而努力。
大本營的這種判斷與期望，也強烈影響了聯合艦隊，這是後來美軍進攻馬裏亞納時，致使聯合艦隊遲遲沒有作出發動“阿”號作戰決心的主要原因之一。
再者，當製定“阿”號作戰計劃時的問題之一是，如何處理本作戰的右翼中心的澳北方麵，即，當敵軍不在加羅林、馬裏亞納登陸，而先在澳北方麵登陸時怎麼辦的問題。實際上在下達本計劃的前一天，5月2日，大本營陸軍部在取得海軍諒解之下，把比阿島排除於第2方麵軍應當確保的要線之外。通過這一事實也可以了解，當時海軍部的意圖是，敵軍假如不先進攻馬裏亞納、加羅林，而先進攻比阿島方麵時，不想為了確保比阿島進行決戰。
當時我海軍的實力是，即使隻在馬裏亞納、加羅林方麵進行決戰，也未必充裕。因此，大本營海軍部認為，分散這股本來就不充裕的兵力的一部分，用於比阿島方麵，對在帛琉以北進行決戰極為不利。所以，在最壞的情況下，寧肯忍痛失掉薩雷臘灣附近，也希望避免分散兵力。海軍部正是以這種方針，製定了“阿”號作戰計劃的。
如前所述，第1航空艦隊是大本營於昭和18年（1943年）7月以來，作為將來海上決戰中基地空軍的主要兵力著手組織的部隊。大本營特別注意整備該艦隊，對司令長官角田覺治海軍中將以下的幕僚指揮官及骨幹搭乘人員，配備以能征善戰的人才，而且在器械方麵也盡量供給新的器材。
該艦隊最初預定訓練整備期間約為一年，後因敵軍的反攻比預料開始得早，便在昭和19年（1944年）2月中旬以後，逐次奉命進駐內南洋方麵，協助聯合艦隊作戰。3月15日被編入聯合艦隊。
其編製是逐步擴大的。5月1日當時該艦隊屬下有第61航空戰隊（10個航空隊約670架飛機）及第62航空戰隊（10個航空隊約670架飛機），其中第62航空戰隊訓練尚不成熟。因此，大本營於5月5日，從該艦隊的編製中撤消第62航空戰隊，留在國內，另將訓練有素的第13及第14航空艦隊所屬的航空部隊，編入該艦隊，以加強戰鬥力，便於進行“阿”號作戰。結果從那以後，第14航空艦隊實際上便沒有航空兵力了。
在發動“阿”號作戰之前的6月5日，第1航空艦隊的編製及定額大體如下：
第61航空戰隊 （馬裏亞納），9個航空隊，672架飛機。
第22航空戰隊 （加羅林），8個航空隊，552架飛機。