日本海軍第4艦隊負責馬紹爾群島的防禦，所屬的地麵部隊為2.4萬人。日軍的150架飛機分布在6個小島的機場上，羅伊一那穆爾島上駐有大部分日機。
第4艦隊擁有2個獵潛艇中隊，約有10艘獵潛艇。由於盟軍在太平洋的攻勢越來越強，日軍知道馬紹爾群島的兵力不足，但麥克阿瑟和哈爾西正在南太平洋展開大反攻，使日本的海、空兵力無法支援馬紹爾群島。盟軍占領俾斯麥群島的日軍基地後，日本海、空兵力的機動性受到很大影響。
在盟軍登陸前，日本軍部隻從日本本土和臘包爾調來88架轟炸機和戰鬥機，再也無兵可調，命令馬紹爾群島的日軍死守各島，為加強日本內防禦圈的防禦爭取時間。
日軍的兵力太少，隻能防守米利島、沃傑島、馬朱羅島、誇賈林島、賈盧伊特島和埃尼威托克島。
日本聯合艦隊司令古賀峰一認為，吉爾伯特群島淪陷以後，馬紹爾群島的米利環礁是盟軍的第一個進攻目標，其次是進攻誇賈林。因此，古賀峰一從誇賈林島抽調兵力加強米利環礁的防禦力量，擋住盟軍的攻勢。
古賀還把日本軍部支援海軍的幾千名新兵派往沃傑和馬洛埃拉普兩個環礁。這樣，誇賈林環礁的日軍就隻剩約9000人。誇賈林環礁的日軍分散在南北兩端。