八月初五日，袁世凱向光緒帝“請訓”之後就回到了天津，當夜向榮祿泄露了光緒帝的“朱筆密諭”和維新派策動兵變的機密，出賣了光緒帝和維新派。榮祿如獲珍寶地乘專車直奔北京向慈禧太後密報內情。西太後早已布張羅網，頑固派在紫禁城內外密切注視著光緒帝和維新派的任何舉動，所以袁世凱的密告隻是為他們發動政變提供“口實”，無別的重要價值。此時，慈禧太後認為鎮壓維新運動已經“俟到了時候”，用不著等到“天津閱兵”就可以動手了，所以她匆匆從頤和園趕回皇宮，八月六日（9月21日）發出“訓政”旨令。這天清晨，光緒帝到中和殿閱奏文，一群侍衛太監和一隊“榮祿之兵”闖入殿內，聲稱“奉太後命”，押光緒帝到慈禧太後的便殿。光緒帝跪在西太後麵前，遭到一頓嚴厲的訓斥。
是日，太後禦便殿，召慶王、端王、軍機禦前大臣跪於案右；皇上跪於案左，竹杖於座前。疾聲厲色，訊問皇上曰：“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄為，諸臣者皆我多年曆選，留以輔汝，汝何敢任意不用！乃竟敢聽信叛逆蠱惑，變亂典刑。何物康有為，能勝於我選用之人？康有為之法能勝於祖宗所立之法？汝何昏憒，不肖乃爾！”
在訓斥中慈禧太後和盤托出了她反對新政的理由，就是為了維護腐朽的祖宗大法和保持她在清朝的太上皇地位。訓斥之後，就把光緒帝送至中南海的瀛台看管起來了。
慈禧太後一日間就完成了幽禁光緒帝的宮廷政變，當日以光緒帝的名義發出上諭聲稱：
現在國事艱難，庶務待理，朕勤勞宵旰，日綜萬幾，兢業之餘，時虞叢脞。恭溯同治年間以來……慈禧皇太後兩次垂簾聽政，辦理朝政，宏濟時艱，無不盡美盡善。因念宗社為重，再之籲懇慈恩訓政，仰蒙俯如所請，此乃天下臣民之福，由今日始，在便殿辦事，本月初八日，朕率王大臣在勤政殿行禮，一切應行禮節，著各衙門敬謹預備。
盜用光緒名義發諭旨和用“籲懇慈恩”的借口是慈禧太後控製最高權力的一貫手法，從八月六日起，她由幕後跳到幕前，牢牢地掌握著清朝的統治大權。這一事件發生在光緒二十四年，幹支為戊戌年，故史稱“戊戌政變”。從四月二十三日《明定國是》詔的頒布到八月初六日“戊戌政變”為時103天，這就是“百日維新”的由來。
瀛台風雨
慈禧回宮發動政變後，立即指派了20名親信太監，護送光緒帝往瀛台幽禁。
原來這瀛台，乃是清代皇宮西苑南海中的一片樓台。因它四麵環水，有如蓬瀛，所以名叫瀛台；為明、清兩代帝王後妃遊宴之所。慈禧見它位於海水中央，隻有一麵吊橋與陸地相通，防衛方便，便把光緒帝幽禁在這裏。
這瀛台也有不少宮殿，穿過一座木吊橋，爬上數十級平階，進入仁曜門，門南即為翔鸞閣，東西共九間，左右遷樓回抱，又各十九間。閣上向南的窗檻上，嵌有大理石兩方，圓如明月，碩大光明，傳為稀世之寶。閣後東有祥輝樓，西有瑞曜樓，都是空著的，並未住人。正中為涵元殿也就是瀛台正殿了。殿前左右各有一井，也有井亭遮護。殿後有一些花木，與波光水影相掩映，雖然景象佳麗，隻是隔離宮廷，因此淒涼得很。從現在起，光緒就將在這裏度過一種長期監禁、有如囚徒般的苦悶生涯，以了卻他那痛苦的餘生。
盡管光緒隻是一個囚困瀛台有名無實的皇帝，不過，這種“名”與“實”不相符的情況仍潛伏著危機。載―保有的皇帝名義仍在被某些政治勢力所利用，並可能成為帝黨東山再起的契因。於是，廢帝與反廢帝的鬥爭便成為戊戌政變宮廷鬥爭的焦點。
政變後不久，禦史張仲4、黃桂均率先呈遞密疏：“皇上得罪祖宗，當廢。”1898年9月25日，清廷正式下詔：“朕躬自四月以來，屢有不適，調治日久，尚無大效，京外如有精通醫理之人，即著內外臣工切實保薦候旨，其現在外省者即囑馳送京，勿稍延誤。”該詔意在：一方麵為慈禧複出尋找借口；另一方麵為廢黜光緒預做鋪墊。它以“朝廷聖旨”的形式出現，所關非同小可。從10月18日開始，清廷又逐日公布光緒脈案，渲染病情。誰將是光緒替代者的問題也被提出，引起外間的各種揣測。9月24日，有西文報紙認為“以合法繼承人來說，似乎應該是最近逝世的那位恭親王的兒子”來“繼承大統”。25日，即將離滬出逃的康有為告訴英國外交官班瑞（Baurne）“一位小孩子將要繼皇上登基”，候選人之一是“恭王的孫子”（溥偉）。10月12日，《泰晤士報》駐北京高級記者莫裏循聲稱“光緒皇帝已被謀殺或將被謀殺，選定的繼承人是端王年方10歲的孫子”（按：應為兒子，指溥儀）。顯然，慈禧廢黜光緒的圖謀已不再是什麼秘密。一場替換皇帝的大風波即將來臨，但這卻遭到各種力量的反對。