還在4月底，素以保守著稱的大學士徐桐便出來保奏調張入京。據說，調張入京的建議首先由是張之洞的弟子楊銳提出的，楊銳鑒於當時一些“新學之士”，“言論過激”，新舊兩派衝突形同水火，認為“非得有學術通達時事大臣，居中啟沃，費克匡救。”協助袁世凱在小站練兵的徐世昌也致函楊銳，力主“非南皮入政府不可”。楊銳便“與喬樹木冉說大學士徐桐，並代作疏薦張，得旨陛見。樞府翁同（不悅張，會沙市有教案，乃與張蔭桓密謀中阻。張已至上海，奉旨折回。”
又據陳慶年《戊戌己亥見聞錄》記載，4月29日，他就從錢恂處得知“南皮師入覲，係因徐中堂（徐桐）奏請，並非出於特旨，亦非政府之意。徐不過言國事艱難，南皮公忠，請飭陛見，以備顧問，上亦循例愈允而已。”當天陳慶年又從梁鼎芬處得知“徐中堂奏上，上意未決，呈皇太後乃定，意召南皮陛見。然則南皮師入京以後或有大用，能否回任尚未能必。”
原來，張之洞接到總理衙門來電傳旨“著即來京陛見，有麵洵事許”後，便於5月7日將總督政務交湖北巡撫譚繼洵暫行兼署，然後乘輪起程，5月15日到達上海，即奉旨回任處理沙市教案，於27日返回武昌。終未能入京主政，成為一位“維新宰相”。
據此說來，張之洞之所以未能入京，是由於軍機大臣翁同張蔭桓的反對。而翁同（對張之洞反感似乎由來已久。據張之洞說，當年他為京官時，翁同（之兄翁同書，被問罪下獄時，他曾前往探視；翁同書被發配充軍，他又為之寫詩送行，可以說“與翁氏分誼不淺。”但翁同（為軍機大臣時，卻對他“一意傾陷，僅免於死”。雖然這可能是張之洞的一麵之詞，但是二人存在較深的芥蒂一定是事實。梁啟超在得知朝廷召張之洞入京時，在給夏曾佑的信中預料說：“香帥到京，恐未必大用，位次太末，用亦未必有權”，他還特地注明“幸亦如此，否則以忌刻之夫而當國，亦非所宜。”照梁啟超看法，張之洞入京，並不會受到重用，也不會有多大實權，即使受到重用，也不會對康、梁等有利。張之洞對《時務報》的既支持又幹預的態度，已經使梁啟超對張之洞的為人產生反感，故稱之為“忌刻之夫。”關於張之洞的為人，與翁同（關係甚密的張謇也曾對友人談過這樣的評價：
承問，謇與某公（按：指張之洞）交不深。聞人之言曰：某公有五氣：少爺氣、美人氣、秀才氣、大賈氣、婢姬氣。又雲某公是反君子，為其費而不惠，怨而不勞，貪而不欲，驕而不泰，猛而不威。然今天下大官貴人，能知言，可與言者，無如某公，若好諛不近情，則大官貴人之通病，不足怪。
張謇所說的“聞人之言”，大概可以代表翁同（等人對張之洞的看法。這可能也是翁同（等人不同意張之洞入京的一個原因。張謇辦大生紗廠，曾得到張之洞的支持；到武昌參觀了張之洞辦實業、興教育的成績，對他的印象有所改變，因而才有稍好的評價，“然今天下達官貴人，能知言，可與言者，無如某公。”
張謇所說的張之洞的“五氣”，在當時確有傳聞。據另一類似的記載：
張文襄公初督江南時，朝令暮更，政局為之一變，其時難免有竊竊議之者。一日，賓僚燕集，談論及之，有掌教某公莞然曰：諸君無費詞。以我視之，張公胥一部習氣大全耳。眾請其說，曰：世所謂書生習氣，名士習氣，紈絝習氣，滑頭習氣，與夫近世之新界習氣，張公胥兼而有之，得不謂之習氣大全。
大概張之洞“權衡新舊”的姿態，既為清流名士，又任封疆大吏；既效忠朝廷，又喜交布衣；既維護名教，又熱心洋務：凡此種種便構成了一部亦新亦舊、不新不舊的“習氣大全”。
6月11日，光緒頒布了《明定國是》詔，正式向中外宣布變法。詔書宗旨以“聖賢義理之學”為本，而“博采西學”之用，與張之洞《勸學篇》的路數是一致的。
從頒布《明定國是》詔到9月21日慈禧宣布重新訓政時為止，光緒先後頒布了180多條有關變法的詔令，曆時103天，史稱“百日維新。”百日維新頒行的新政既屬於康、梁所讚同的變法內容，也沒有超出張之洞《勸學篇》所說的西藝、西政的範圍。在變法的這一層麵上，張之洞與康、梁並無多大分歧。
百日維新沒有推出設立議院的舉措，近年發現的故宮檔案證明康有為那篇著名的變法綱領《應詔統籌全局折》中原本沒有製定憲法，實行立憲的內容。人們常把公開讚揚西洋議會政治、主張中國設立議院的言論作為判斷是否“維新派”的重要尺度。其實，在維新運動時期，康有為沒有把設立議院作為出台的變法舉措，而主張設立議會者卻大有人在，設立議院大概已經算不上什麼驚人之論了。如候選郎中陳時政上書主張“上下議院宜亟開設也，泰西議院為立國最良之規模，實有國不易之宏綱。”狀元駱成驤也曾上折諫言：“當今各國，其政治最善者，莫要於議院；其議院之最善者，莫要於公舉執政。”《時務報》上曾發表《開議院論》一文，呼籲：“若不急開議院，則上下之情不通，即門戶之見不化，又安望有富強之一日耶？”出生官宦世家的孫寶王宣也在日記中寫了不少設立議會的言論，如光緒二十三年七月十二日（1897年8月9日）日記寫道：“法非不可變，未造變法之機器耳。變法之機器奈何？曰：開民智，興民學，扶民權。民智奚開？曰：設報館。民學奚興？曰：立學校。民權奚扶？曰：開議院。”可見，開議院已經是當時比較流行的主張了。
康、梁在維新運動中，反倒是不讚成速開議院的。梁啟超在1896年寫的《古議院考》中就曾說：“凡國風氣已開，文學已盛，民智已成，乃可設議院。今日而開議院，取亂之道也。故強國以議院為本，議院以學校為本。”而康有為對於不能速開議院的原因講得更為清楚。1898年1月他在向光緒進呈的《日本變政考》中“力發議院為泰西第一政”，認為“日本變法以民選議院為大綱領。”同時他又指出：“變法之道，必有總綱，有次第”，“吾今於開國會，尚非其時也。”7月16日他又在《國聞報》上發表《答友人論議院書》，強調民眾不能“自主”，“議院”不能“速開。”在康有為看來，議院應該是體現民權的“民選議院”，而當時還不具備開議院的條件：第一，中國民智未開，民權沒有普及；第二，守舊勢力太大，速開議院必然使變法受到阻力。他在《日本變政考》中強調說：“民智未開，遽用民權，則舉國聾瞽，守舊愈甚，取亂之道也。故立國必以議院為本，議院必以學校為本。”所以當內閣學士“上疏請開議院”時，康有為竭力勸阻，“而今守舊盈朝，萬不可行。”