如何革除守舊派呢？楊深秀認為，最主要的是光緒必須及早“定國是，明賞罰。”他從正反兩方麵反複闡述這一措施的意義，指出，守舊開新“互相水火，有如仇仇”，決不能同時並存。他提醒光緒，“理無兩可，事無中立，非定國是無以示臣民之趨向，非明賞罰無以為政事之推行”。雖然守舊派“其人極多，其勢甚大”，又有慈禧做靠山，但他相信整個形勢對光緒及維新派是有利的。“內外臣工”，“多言變法”，在這種形勢下，隻要光緒下決心“定國是，明賞罰”，就能打擊守舊派，掃除推行新政的障礙。正因為光緒既沒有有力地支持維新派，又沒有無情地打擊守舊派，才使守舊派的氣焰十分囂張，以至於公然詆毀光緒的新政詔書。要徹底改變這種局麵，光緒就必須“決嫌疑而去猶豫”，充分運用“人主之大柄”，迅速“查核內外大臣奉行甲午以來新政之諭旨……嘉獎其舉行者，罷斥其廢除者”，“如此而新政不行，未之有也。”為了更徹底地打擊守舊派，楊深秀希望光緒在懲罰守舊派時決不能手軟，行動要快，聲勢要大。因為“時事孔棘，勁敵環伺”，“時局艱危”，又怎麼能因自己猶豫而使“士大夫守舊夢者”繼續為非作歹呢？所以，必須堅決果斷地鎮壓守舊派的破壞活動，“重則立加褫革，輕則薄示罰懲。”這樣就能使“天下悚動，人人皆知我皇上變法之堅，決策之明”，就能大大鼓舞維新派的鬥誌。為了造成更大的聲勢，他建議光緒“大誓群臣”，“令群臣簽名具表，鹹去守舊之謬見，力圖維新。”
此外，還必須改革舊製度。在這方麵，楊深秀認為厘定四書文體非常重要。必須“正定四書文體，以勵實學而取真才。”他認為科舉和文體的革新，都是選拔治國人才的重要途徑。但現在的“取士之法未善”，弊端甚多，突出的是各級考試都“出截上截下無情巧搭等題。”用這類題目考“天下百千萬億生童”，“其才華學識，不能發見於場屋文字之中”，這實際是在“驅天下有用之才，而入於無用之誌”，不是取才而是害才。從這個意義上說，“文體不正”對國家造成的危害甚至比“立法不善”還要嚴重。基於這個認識，他請求光緒“特下明詔，斟酌宋元明舊製，厘正四書文體。”
楊深秀關於革新的思想和行動，特別是他與守舊派的鬥爭，對整個變法運動都有重大意義。其意義就在於，他不僅從理論上，而且在實踐上將康有為已放棄了的“變法須變人”的原則貫徹到底。
本來康有為對守舊派早有認識，在變法之前就曾進行過比較尖銳的揭露和批判，從而得出“若明知冗員而不能更革，是雖有良法而無自推行”的結論。康有為還對光緒說：“變事而不變法，變法而不變人，則與不變同耳。”遺憾的是，當變法真正開始後，改良派在頑固派的反對和攻擊麵前妥協退讓，放棄了變法須先變人的正確主張。六月十六日康有為對光緒說：“勿去舊衙門，而惟增置新衙門；勿黜革舊大臣，而惟薦擢小臣。”這竟成了康有為關於維新變法的根本原則，以此取代了原來變法須變人的宗旨，用“專折奏事”代替了原來“開議院”的奮鬥目標。甚至當譚嗣同、林旭“欲開議院”時，康有為竟“以舊黨盈塞，力阻之”。而這時的楊深秀正在按照他關於“革舊”“明賞罰”的思想，和守舊派進行鬥爭。就在康有為發表上述意見後第四天，他專折上奏光緒，彈劾許應6.
九月初，“奏折繁多，無議不有，汰冗官，廢卿寺之說尤多，上決行之。”“形勢法論，輕則停廩罰科，重則或予斥黜。”這就等於廢除那些通過科舉仕進的舊官僚賴以安身立命的憑借，自然要遭到守舊派的反對。他們把“廢四書文”的主張誣為“過激之說”，而楊深秀則將其斥為“不通之論”。並進一步申明“厘正文體”，“其事為至順，其收效至神”，對於“維持正學，培育真才，必有大裨。”
革除守舊派官僚就必須充實有治國真才的新官吏，靠他們在改革舊製度的同時建立和推行新政。如何造就出這樣的新官吏呢？楊深秀認為派人出國學習及翻譯外國書是較快較好的培養辦法。他建議光緒“飭下總署速議遊學日本章程”，派“妙年聰敏有才誌者，遊曆泰西各國”，“省一炮之費，以舉譯書之事。”其中心思想是學習外國，主要是學習日本明治維新的成功經驗。因為“日本變新之始，皆遣貴族聰敏學生出洋學習”，“故能歸而變政，克有成效。”此外，“盡譯泰西精要之書”也是日本變法成功的經驗之一。所以，還要開譯書局，“將泰西日本各學精要之書盡可譯之”，這樣就能使“人才不勝用矣”。此事不可拖延，要迅速“議行，或年撥數萬金試辦。”
楊深秀對守舊派的分析批判以及關於除舊布新的建議，對光緒接受維新變法的主張起了較大的促進作用，使他認識到“惟國是不定，則號令不行。”在六月十一日下詔定國是，宣布開始實行變法，並批準了有關派人出遊、設譯書局以及厘正四書文體的建議。這是維新派取得重大勝利的標誌，也是變法運動發展到高峰的標誌。這個局麵的出現固然是以康、梁為首的改良派長期努力奮鬥的結果，然而光緒能在這個時間下詔定國是，楊深秀則起了重要作用。