那麼，張元濟的“救亡拯急”“正本清源”的變法主張是什麼呢？他提出了“設議院以總變守之事”“融滿漢之見”“通上下之情”“定用人之格”“善理財之策”等五項建議，而以第一項為關鍵。他說：“泰西各國行政與議政判為兩事，意至良、法至美也。中國則不然。以行政之人操議政之權，今日我議之，明日即我行之，豈能不預留地步，以為自便之計。故政為彼之所僨行者，必不廢，廢則無以抑新進之輩矣。政因彼之所未行者，必不興，興則顯形其前事之非矣。”以致新政詔書雖不斷頒布，而守舊諸臣則多方阻撓，故意延宕，必需統籌全局，設立議政局，“以年富力強，通達事務，奮發有為者充局員”，不能責之“年躋耄耋，精力衰頹”的“樞部諸臣。”“凡今日所應改應增之事，責令各員先期擬定辦法及詳細章程，隨時進呈禦覽，恭候欽定。”對已經頒有新政上諭的，“如學堂、報館、輪船、鐵路、郵政、電報、礦力、工廠、銀行、商會，均不過大略間程，並未垂為國憲。故辦法多不劃一，宜令在局各員詳考西國製度，參酌現在情形，擬具則例，呈請欽定賜行。”也就是說，他要求有一個不要根本改變封建製度而可發展資本主義的憲法，要求參照西方資本主義國家的情況進行政治上的根本改革。
還在“詔定國是”前，康有為就提出了“開議院以通下情”，主張開國會、定憲法。“百日維新”中，上書請求設製度局以推行新政。張元濟也提出了“設議政局以總變法之事”，用以除舊布新，“振已廢之人心，扶將衰之國運”，提綱挈領，確有膽識。他又是在新舊鬥爭極為尖銳、圖窮匕現之時提出，更是難能可貴。
沒有幾天，張元濟又對鐵路礦務總局和農工商局的酌插缺各員上疏奏阻。於是，8月2日，光緒命於京師專設礦務鐵路總局，派王文韶、張蔭桓專理其事；8月21日，命於京師設立農工商總局，派直隸霸昌道端方及候補道徐建寅、吳懋鼎為督理；8月30日，詔裁詹事府、通政司、光祿寺、鴻臚寺、太常寺、太仆寺、大理寺等衙門，外省裁撤湖北、廣東、雲南三省巡撫，河東總督及不辦運務之糧道，各省同、通、佐、貳等官。無地方之責者，並著裁汰。
9月8日，又命鐵路礦務總局、農工商總局酌插各衙門裁缺人員。舊機構裁撤的冗官，安插到新衙門去，濫竽充數，是不會有好結果的。張元濟有鑒於此，於9月18日上折陳述：“現裁各署，其實缺候補各員，大都衰庸猥濫者多，部胥市儈雜出其間，能通曉中國舊學者尚難得一，若令備員充位，從事新政，豈不貽誤國是，騰笑遠人。若專為位置閑員地步，則何如不裁之為愈。”他又進一步指出：過去頒發的上諭，也有“布新存舊”的情況，如“廢八股，則請試四書文”；“改武科，則請留弓刀石”，這些，無非是“同一伎倆，蒙蔽聖聰，使新政不能暢行，且不新不舊，將來必有流弊。可以塞我皇上變法之心，以議我皇上維新之誤。”建議：
一、“凡新政額缺，令中外大臣，不拘資格，切實保薦素習礦路農工商學之人；送部引見，候旨派充”。二、裁缺各員，“其中不諳新政之輩”，“應由吏部嚴加甄別，取其年力精壯、勤慎趨公者，酌量銓選對品外官，以示體恤。”這樣，就不致新舊雜廁，濫竽充數；也不致設的維新局，用的是舊人。
軍機處
清朝的中央政府，是典型的封建專製主義中央集權的機構。各個機構的設置都體現一個總的原則――使權力牢牢掌握在皇帝手裏。
在清朝初年，由滿族貴族組成的議政王大臣會議，曾經是最高的中樞機構。議政王會議，“每五日集朝一次，協助議國政，軍國大事，均於此決之。”為了加強君主專製，皇太極繼位後，於1636年設立內三院，即內秘書院、內國史院和內弘文院。內秘書院負責掌管和起草對外文書和敕諭，並收錄各衙門的奏疏、詞狀；內國史院負責記注詔令，編纂史書；內弘文院負責為皇帝、皇子講經，注釋古今史事，並教諸親王頒行製度。三院官製是：內國史院設大學士1人，學士1人；內弘文院設大學士1人，學士1人；內秘書院設大學士1人，學士2人。內三院實際上是內閣的前身。1658年（順治十五年），清朝政府正式改內三院為內閣。
清朝的內閣有三殿三閣。三殿是保和殿、文華殿和武英殿，三閣是文淵閣、體仁閣和東閣。內閣官員主要有大學士、協辦大學士、學士、侍讀學士。大學士是內閣最高官員。凡內閣大學士照例要冠以殿閣的名稱，如保和殿大學士、體仁閣大學士等。有的大學士還領尚書。大學士中文華殿、武英殿大學士等尊稱為“首揆”“首輔”，協辦大學士稱為“協揆”，不加殿閣銜。
清朝政府表麵上標榜滿漢一體、一視同仁，在中央機構中實行“雙軌製”，即機構任職的高級官員滿漢各半數。清朝內閣也實行雙軌製。進入內閣辦事的官員通常有大學士滿、漢各2名；協辦大學士滿、漢各1名為副職，佐理大學士進行工作。另有學士10人，滿族6名、漢族4名，其實權都掌握在滿人手裏。
內閣雖然名義上是政府的中樞機構，“掌天下之政”，地位崇高，但隨著專製主義皇權的加強，其權力卻比明代下降了。內閣大學士的品階為正一品，“勳高位極”，可是並沒有實權。實際上隻是“係乎宰相之名，而惟視乎人主之威柄以為操縱”。除了根據皇帝的旨意起草詔令之外，不能越雷池一步。乾隆就曾明確宣布：“為宰相者居然以天下之治亂為己任，至目無其君，此尤大不可也。”尤其是在雍正以後，清朝皇帝設置軍機處，機要章奏都下到軍機處，起草詔旨都由軍機大臣擔任，內閣的主要職權僅是負責起草一般政府文告，大學士成為高級官員晉爵的虛銜。號稱“表率百僚”的內閣宰輔，僅“名存而已”。