水軍也要進行戰術訓練，而最重要的還是陣法訓練，“戈船列陣楚江濱”，南宋時期每年錢塘江觀潮：
每歲京尹出浙江亭教閱水軍，艨艟數百，分列兩岸，既而盡奔騰分合五陣之勢，並有乘騎弄旗標槍舞刀於水麵者，如履平地。倏爾黃煙四起，人物略不相睹，水爆轟震，聲如崩山。煙消波靜，則一舸無跡，僅有敵船為火所焚，隨波而逝。吳兒善泅者數百，皆披發文身，手持十幅大彩旗，爭先鼓勇，溯迎而上，出沒於鯨波萬仞中，騰身百變，而旗尾略不沾濕，以此誇能。
正是“出沒聚散，歘忽如神，令人汗下”。這都表明南宋水軍日常訓練肯定包括各種陣法訓練，隻是缺乏史料，難以探究其詳。
實戰中有不少南宋水軍排陣的例子，韓世忠在黃天蕩大戰中，“連艫相銜為圜陣”，阻擊完顏兀術。南宋末年張順入援襄陽之役，也是“結方陣”，1279年，宋元水上決戰，“大兵攻崖山，張世傑不守山門，集舟千餘作一字陣禦之，而大兵入山門，作長蛇陣對之。”
上述“圜陣”、“方陳”、“一字陣”等陣，筆者認為與宋陸軍戰術訓練中采用的陣法大致相同。宋時水軍雖然已經比較發達，但是受到戰略思維、軍事技術等方麵的製約，戰場上起決定性因素的還是陸軍，這樣陸軍戰術訓練很可能被引入水軍訓練之中，所謂“五陣之勢”也或許就是方、圓、銳、直、曲這五種陣法，當然不排除根據水戰特點進行改進的可能性。
既然戰術訓練以陣法為主，水軍士兵也應該熟悉戰場上各種指揮號令，宋代水軍如同陸軍一樣，戰場上的行動全憑借旗鼓等來指揮，李綱詩中就寫道：“習戰樓船章水濱，機輪運轉若無人。旌麾耀日驚飛鷺，金鼓翻波躍錦鱗。”當然每一種旗鼓代表的含義不同：
凡水戰……以金鼓旗幡為進退之節……諸軍視大將軍之旗，旗前亞，聞鼓，進則；旗立，聞金，則止；旗偃即還。若先鋒、遊變等船，為賊所圍，以須外援，則視大將赤旗，向賊點則進。每點，一船進；旗前亞，不舉，則戰船徐退；旗向內點，每點，一船退。若張疑兵，則於浦泥廣設旌旗、帆檣以惑之。此其大略也。
《虎鈐經》則對水戰中的紀律做了嚴格規定：“夫水戰之時，擂一通鼓，吏士皆嚴肅。再擂一通鼓，士伍皆就船，整持櫓棹；戰士各持兵器就船，各一當其所。幢幡鼓角，各隨所戰船。鼓三通，大小船以次發，左不得右，右不得左，前後不得易越。違令斬之。”這都需要士兵在訓練中養成良好習慣，才能在戰時不致混亂。
而難以應用“旗幟金鼓”時，就用傳令船進行命令傳遞。紹興元年（1131）章誼談到水軍船隻：
臣聞古兵法，舟師有三等：其舟之大者為陣腳船，其次為戰船，其小為傳令船。蓋置陣尚持重，故用大船；出戰尚輕捷，故用其次；至於江海波濤之間，旗幟金鼓，難以麾召進退，故用小舟。由此觀之，凡舟之大小，皆可以為守戰之備，不必皆用大船然後濟也。
“旗幟金鼓”都是在白晝需要士兵用目力辨識，而晚上則需要以燈火為號，建炎元年（1127）通州長官郭凝建議在通州建立水軍，“晝以旌旗，夜以明火為號。”在南宋末年二張救援襄陽的戰役中，各船“以紅燈為號”，互相溝通。這些信號都需要士兵在日常訓練中加以熟悉，以免在實戰中發生差誤，影響戰鬥勝利。
將旗鼓等號令與陣法結合，才是戰術訓練的重點所在。據北宋末年孟元老記載，東京開封城每年水軍表演，就顯示了許多旗語，每一種旗語代表的水軍戰船列陣不同：
所謂小龍船，列於水殿前，東西相向；虎頭、飛魚等船，布在其後，如兩陣之勢。須臾，水殿前水棚上一軍校以紅旗招之，龍船各鳴鑼鼓出陣，劃棹旋轉，共為圓陣，謂之“旋羅”。水殿前又以旗招之，其船分而為二，各圓陣，謂之“海眼”。又以旗招之，兩隊船相交互，謂之“交頭”。
這究竟是宋代水軍訓練經常采用的項目，還隻是供達官顯貴娛樂之用，資料所限，已經很難探究詳細。不過乾道四年（1168）宋孝宗茅灘大閱結束後，“步人分東西引拽，馬軍交頭於禦台下，隨隊呈試驍銳大刀武藝，繼而進呈車炮、火炮、煙槍。”此處也提到“交頭”，似可證明水軍戰術訓練與陸軍聯係緊密。
宋代尤其是南宋時期水軍非常發達，再加上部分火器在戰爭中得到使用，水軍訓練相比前代有很大進步，同時從某些史料分析，當時水軍訓練也應有訓練手冊一類基本指導方法，但是今天已經無法得知其詳。隻能從一些實戰材料中看到南宋水軍訓練比較精良，對水軍建設產生非常好的促進作用，並且間接加速了元代水軍（海軍）發展。