考古學家們對瑪雅人的窮兵黷武的新形象有了大概的了解後，就找到了新的原因來解釋瑪雅文明的消亡。有人認為瑪雅文明在各個城邦之間的連綿不斷的戰爭中被摧毀了，從他們在伯利茲的一個地方發現的武器中可以看出這一點。在危地馬拉北部的一次發掘中發現了成堆的人頭，從這些被砍下的頭顱中，考古學家得出了相似的結論，並估計瑪雅人在公元820年前後，其數量就銳減到其以前的5%。還有人從環境學的角度出發，認為是大自然“淘汰”了瑪雅文明。古氣候學家在1995年研究尤卡坦半島中部的奇徹坎努博湖時，發現有大量的沉積物沉澱在湖底。在這些沉澱物中，硫酸的含量在公元800～1000年的沉積物很高。隻有在湖水很少的情況下，硫酸才會沉到湖底，而且通常是在幹旱時期。據此，考古學家認為，滅亡可能是因為有嚴重的幹旱發生在這一時期，瑪雅文明消亡的主要原因就是在幹旱的情況下，莊稼歉收、餓殍遍野、疾病盛行。還有人認為瑪雅人不斷地毀林造田，以得到更多的耕地，但到最後他們將自己的土地都用盡了。還有人則認為地震、台風等自然災害是造成瑪雅文明消亡的原因。也有人認為在西班牙人征服之後，疾病起了很大的破壞作用，虐疾和黃熱病造成了瑪雅文明的消亡更有甚者把瑪雅人同外星智慧生物聯係起來，他們的依據就是瑪雅文明中令科學家難以解釋的“發達科技”，如係統的數學理論、精確的天文計算等。這更給匪夷所思的瑪雅文明的消失蒙上了一層神秘的麵紗。
對於瑪雅人的消亡之謎，美國的艾力克和哥雷克兩兄弟提出了另一個驚人的說法——瑪雅人是外星人，因為在一個星球遇到致命的災難，而逃離到地球。他們的證據有這麼四個方麵：一、瑪雅的“卓金曆”是以一年為二百六十日為周期的曆法，而我們的太陽係中沒一個能適用這個曆法的星球。瑪雅人並非故意編造公轉周期毫無根據的“卓金曆”，而這正是瑪雅人用來表明地球外的自己的故鄉行星的曆法。二、如果“卓金曆”是瑪雅人故鄉行星的曆法，那我們完全可以推知這顆行星就在金星和地球中間，如此，這顆行星將十分溫暖，這和瑪雅人來地球選擇最酷熱的熱帶雨林居住是有原因的。三、文明時代的瑪雅，因拒絕和當時很原始的地球人相接觸。所以建造了高度文明的都市，並且采取了閉關鎖國的政策。四、大部份被視為“奉獻給神的祭品”的宗教儀式，其實是他們對地球人的人體解剖及醫學手術。對於瑪雅人集體消失的原因，艾力克和哥雷克兩兄弟則說，是因為因為墨西哥高原的印地安人發動戰爭，將瑪雅文明占為己有，所以他們在九世紀坐上太空船飛向外太空，關於證據，他們提出今天發現的瑪雅人的雕刻及壁畫中所反映的，都是鐵證。由此再順著兩兄弟的猜想而猜想，如今在地球頻頻出現的UFO莫非就是遠古時候離去的瑪雅人再度歸來？當他們看到今天的地球文明，而一而再再二三的探索？或者他們在尋找那些曾被他們遺棄的親人？
對瑪雅人的去向，還有說法。世界著名的不列顛·哥倫比亞潛水小組在墨西哥東南的尤卡旦半島——曆史上瑪雅古國的所在地考察時，發現了一條結構複雜、洞穴相連的地下河流，據初步估計，該河流約有200多英裏長，有可能是世界上最長的地下河流。而更讓他們目瞪口呆的是，在該地下河的最深處，潛水員們竟然發現了古代瑪雅人砌成的爐灶、石桌以及陶器等物！人們不禁要問：難道古代瑪雅人曾經在水底生活？！隨著探測的深入，潛水員越走越遠，在快到地下河的一半深處時，他們中有人意外地發現了一些早期人類生活過的痕跡！潛水員陸續發現了一些保存完好的砌在石壁邊上的爐灶、石器時代的石桌和其他一些古人類的遺跡。依據發現的遺物，科考小組的科學家們估計，大約在9000至1萬多年前，這些古代人曾經生活在這裏！此外，科考小組還發現了其他一些瑪雅時期的東西，諸如破碎的陶器、瑪雅人的遺骸等。麵對這些意外發現，潛水員們動也沒敢動它們一下，可以說他們十分震驚。瑪雅文明已經夠神秘，但他們怎麼也不會想到，自己竟然會在100英尺深的地下河裏發現古瑪雅人砌下的爐灶、石凳——所有的發現都被原封未動地保留在原來的地方，等待滿懷疑惑的墨西哥國家人類和曆史學會的考古學家們趕來，對這項驚人的發現做出解釋。難道瑪雅人當時在受到侵略時集體遷移到水中？這對並沒有魚類的鰓的瑪雅人顯然不可能。但這又讓科學家提出了新的推論。美國佛州某大學的考古學教授認為，在1萬多年前，墨西哥尤卡旦半島要遠遠高於現在的海平麵，大氣中的二氧化物和雨水混合形成富含碳酸的地下河水，長年累月腐蝕並“雕琢”出了這些洞穴。隨著海平麵繼續降低，這些洞穴漸漸幹燥起來，變得可以住人。隨著冰河時代的結束，海平麵又開始升高，這些幹燥的洞穴又漸漸被水注滿，古代人不得不離開洞穴到陸上生活，但他們居住時留下的遺跡卻仍舊保存在那兒。洞穴和深井在瑪雅人的宗教中占有相當重要的地位，他們將洞穴稱之為“西諾蒂”，意思就是“神的井”，他們把它看作是到達陰間的“地獄走廊”，而不是人類居住的地方。