對蛋殼進行蛋殼和蛋殼膜分離，可分別提高蛋殼和蛋殼膜的利用率，不僅可以變廢為寶，還可以減少環境汙染。
(一)蛋殼的清洗與消毒
蛋殼洗滌可以除去蛋殼上絕大部分汙染物及細菌，但仍會有少量細菌尤其是腸道致病菌不能完全被洗掉。為確保蛋殼產品的質量，對蛋殼應該進行適當消毒處理，使蛋殼上的細菌數降到最低限度。一般蛋殼的消毒方法有漂白粉溶液消毒法、高錳酸鉀溶液浸泡法、抗菌劑處理法及氧化物酶催化消毒法。
(二)蛋殼的分離方法
1.物理分離法
利用機械的方法將蛋殼和蛋殼膜完全的分離開來，能夠保持蛋殼膜內的各種營養成分的含量，使其成分的損失量降到最低。日本機器人製造公司最近開發成功一種試驗裝置，可通過向加以破碎的蛋殼發射超聲波的方法，將蛋殼和殼膜進行有效分離，進而為農業、工業和醫療等領域提供原料。
2.化學分離法
蛋殼是由石灰質外層硬殼和緊貼殼層的蛋白膜組成。硬殼體中的碳酸鈣方解石取向規整，堆集成柱狀結構，殼體外部有一層有機保護膜，殼膜分離的原理是降低石灰質與角蛋白之間的結合能力。酸、堿、酶的作用能使石灰質和角蛋白發生變化，從而降低其結合力，在機械攪拌的作用下，使蛋殼與殼膜得到較好的分離。
一般情況下，酸是較好的蛋殼和蛋殼膜分離劑，堿的分離效果相對較差，主要是蛋殼膜的蛋白質在強堿的作用條件下會分解，不能得到完整的蛋殼膜。酶隻能在一定的溫度及pH條件下發揮作用。即使是用酸作分離劑的情況下，因酸的用量、濃度、攪拌時間和溫度的不同，蛋殼膜的分離效果也會隨之不同。