商業秘密是指歸屬軟件企業所有，具有商業價值的、非公開的所有信息。包括企業的技術秘密、經營管理經驗和其他關鍵性信息，具體內容大約包括：企業現有的以及正在開發或構想之中的產品設計、工具模具、製造方法、工藝過程、材料配方、經驗公式、試驗數據、計算機軟件及其算法、設計等方麵的信息、資料和圖紙、模型、樣品、實物；企業現有的以及正在開發之中的質量管理方法、定價方法、銷售方法等業務活動內容；企業的業務計劃、產品開發計劃、財務情況、內部業務規程以及供應商、經銷商和客戶名單、客戶的專門需求、未公開的銷售網絡等業務活動信息；按照法律和協議，企業對第三方負有保密責任的第三方商業秘密；企業要求職工保密的、同集團有關的其他信息。
那麼，如何對商業秘密進行保護呢？首先要做好防範工作，也就是按照《反不正當法》的規定，采取保密措施。第一，要劃定保密區域，在保密區域內加強保衛措施。確定管理辦法。第二，對企業的重要文件、資料應及時確定其保密級別、加蓋保密章，予以存檔或銷毀，同時應製定出企業的文件管理、借閱、複印、銷毀辦法以及外發文件的審閱辦法。第三，把商業秘密限定在必須了解該秘密的員工以及第三方、合同方範圍之內，對職工限製掌握並加強對員工的保密教育。第四，在合同中約定保密義務，包括：在勞動合同或專門的保密合同中，與員工簽訂書麵保密協議，要求員工保守在工作期間接觸到的一切企業的商業秘密以及企業承拘保密責任的其他企業的商業秘密。同時應該規定，員工在離開企業後的一定期間內不得對外泄漏其所知的商業秘密，不得從事與企業相競爭的工作，但這必須以企業向員工支付保密及不競爭費用為前提；在對外簽訂的經濟合同中，寫明保密條款，要求對方保證不泄漏履行合同時掌握的企業的商業秘密，否則將承擔違約和賠償責任。另外，公司應建立茼業秘密保護製度，並設立監督員，企業領導也應定期檢查保密工作。
其次，在商業秘密被侵犯後，應采取法律措施來保護企業的商業秘密。我國《反不正當競爭法》第十條規定：“違反約定或者違反權利人保守商業秘密的要求，披露、使用或者允許他人使用其掌握的商業秘密”為侵權行為，將會受到1萬到20萬元的罰款。因此，在發現商業秘密被侵犯並受到損害時，應及時向人民法院起訴，以維護自己的合法權益。