盡管他自己很節儉，但對窮困、病難的學生，梅貽琦總是慷慨解囊，予以濟助。學生林公俠在香港中風，貧病交加，梅貽琦聞訊，從美國彙一筆“數目巨大”的款子，幫他渡過了難關，並勉勵他：“好好養病，保留此身，將來為國家出力。”
梅貽琦在1941年曾說：“在這風雨飄搖之秋，清華正好像是一條船，漂流在驚濤駭浪之中，有人正趕上負駕駛它的責任。此人必不應退卻，必不應畏縮，隻有鼓起勇氣，堅忍前進。雖然此時使人有長夜漫漫之感，但吾們相信，不久就要天明風定，到那時我們把這條船好好開回清華園，到那時他才能向清華的同仁校友敢說一句‘幸告無罪’。”梅貽琦以他的智慧、務實精神和果斷的態度，在那非常的歲月，保存了清華的元氣，實現了他的理想。
梅貽琦在學術界享有崇高的聲譽，除了他的“勤政”之外，“廉政”也是一個重要因素。其儉德的口碑極隆。
他在《就職演說》中第一個便談經濟問題。“力圖撙節與經濟”是他用公家錢奉行的原則。他長清華後“刪繁就簡”，盡量減少辦事機構，裁減冗雜人員，多次表示：“當此國難嚴重時期，各事更應力求節省，期以最廉之代價，求得最高之效率。”
最可貴的是身教。梅貽琦一到任，住進清華園甲所(校長宅)，便放棄傳統的校長特權：家裏用工的薪金、電話費，以及學校免費提供的兩噸煤，全部自付。他認為：“雖是款項有限，但這是個觀念和製度的問題。”
西南聯大歲月，他與普通教授一樣租用的是民房，窄小，兩把硬椅子放在階台上算是客廳。學校配給他一部小車，當物價飛漲時，他毅然封存了汽車，辭退了司機，安步當車。外出應酬，則以人力車代步。
那時，他是知名大學校長，官場應酬多，對某些奢華的宴請之感慨，在日記中多有流露：“座中有何本初縣長及呂專員、黃參謀主任。菜頗好，但饢肉餡者太多，未免太靡費爾。”(1941.6.11)
“晚，×請客，在其辦公處，菜味有烤乳豬、海參、魚翅……飲食之餘，不覺內愧。”(1941.10.13)
在現存的清華檔案中，還存有梅貽琦當年用廢紙頭起草的公函、報告提綱等原稿。
某年，他與羅常培、鄭天挺到成都辦事，準備由昆明回重慶。學校本為他買好機票，後他見有郵政汽車可乘，立即退了機票，改乘郵車。雖在途中多遭了一天的罪，但為公家節省了二百多元。
1943年當他獲知老母去世後十分悲痛。原定當天下午由他主持聯大常委會，同人建議暫不開，他仍堅持照常：“不敢以吾之戚戚，影響眾人問題也。”(1943.3.4)並在當天的日記中寫道：“蓋當茲亂離之世，人多救生之不暇，何暇哀死者，故近親至友之外，皆不必通知。……故吾於校事亦不擬請假，惟冀以工作之努力邀吾親之靈鑒，而以告慰耳。”
西南聯大有時為職工謀一點福利，由他主持製定的校規卻明令“沒有三位常委的份”(其時，蔣夢麟、張伯苓另有兼職)。“還有一次，教育部給了些補助金，補助聯大的學生，我們當時有四個子女在聯大讀書，月涵都不讓領取補助金。”他們家的生活極為艱苦，“經常吃的是白飯拌辣椒，沒有青菜，有時吃點菠菜豆腐湯，大家就很高興了。”為了補貼家用，夫人韓詠華與教授夫人們一道繡圍巾、做帽子上街去賣。後來與潘光旦、袁複禮夫人組成“互助組”，自製一種上海點心，取名“定勝糕”(抗戰一定勝利)，由韓詠華跑到很遠的冠生園食品店寄售，來回要一個半小時。夫人又舍不得穿襪子，光著腳穿皮鞋，把腳都磨破了。