陳雲在延安時與王明有過一場紛爭，因矛盾的焦點在“女子大學”學生的分配權，後曾被人有意無意地蒙上一層欲說還“羞”、會心一笑的神秘色彩。其實這純屬陳雲以一身正氣、組織原則立場與霸道行為的一場交鋒，並無上不得台麵的隱情。事情經過是這樣的：
抗日戰爭爆發後，大批女青年（包括黨員與非黨員）陸續奔赴延安。中央組織部把這些青年大部分介紹到“女大”學習，學習畢業後分配到各地、各部門，或做婦女工作、或做其他方麵的工作，當時“女大”的校長是王明。開始兩期學習結業的學員，都是按照規定的原則，由中央組織部分配一部分給中央婦委，請他們分配做婦女工作，絕大部分由中央組織部根據需要情況，分配到黨政軍各部門及地方黨委工作。但是後來這種分配原則行不通了，因為王明決定，在“女大”學習結業的所有黨員與非黨員的革命女青年，都由他直接分配。對這種不合理的事，組織部根據原則與“女大”具體負責的同誌交涉，無效。他們聲稱這是校長王明的決定。情況報告給陳雲後，為此陳雲給王明寫了一封信，請他改變他的決定。而王明堅持己見，聲言他是“女大”校長，他有權對學員的工作進行分配。組織部對王明的無理態度很不滿，因而向陳雲建議：如果“女大”不改變他們的方針，我們就不再介紹女青年去“女大”學習。陳雲經過鄭重思考後說：“我同意你們提的這個意見和辦法，你們再和富春同誌談一下，如果他敢同意，就照此辦理。”李富春聽後完全同意。因此，對到延安學習的黨員與非黨的女青年，基本上就很少介紹去“女大”，而直接介紹到陝公、抗大、魯藝、黨校、自然科學院等院校學習。這樣，“女大”的學員來源就成了問題。因為除了陝北地區的女青年直接由黨的西北局介紹去的以外，絕大部分是中央組織部介紹去的。
這下王明急了，怒氣衝天地指責中央組織部的做法。陳雲於1941年2月13日代中共中央書記處起草了《關於黨中央係統直轄各校學生的使用原則》，主要內容是：
一、馬列學院、中央黨校、陝北公學的全部學生，統由中央組織部分配於黨的各方麵工作。
二、女大、青訓班、魯藝、自然科學院的學生，暫時依各校現有的全部學生人數，在高級班中留50%，低級班中也留50%，作為婦運幹部、青運幹部、文藝工作幹部和自然科學工作幹部。其餘一半，統由中央組織部隨時調動使用於黨的各方麵工作。以後各校新入學的學生，亦照此比例分配使用。
王明2月13日接到這個決定，當天就來信責問陳雲，反對這個決定。陳雲第二天就給王明回了這樣一封信。信中所寫透出陳雲的機智辯才不說，所用之詞也是一般黨史文獻不可能見到的，頗有異趣，披露如下：
二月十三日信收到，答複如下。
（一）中組部依照最近中央多數同誌通過的決定，對女大學生的調動辦法是：不論高級班和低級班，知識高的和低的，身體好的和壞的，有小孩的和無小孩的，陝甘班和軍委幹部的老婆班，我們隻在上述各種人中各要一半，歸中組部隨時調動到各項工作上去。陝甘班和軍委幹部的老婆班，我們可與邊區中央局和軍委政治部具體商討如何抽一半。
你提出女大學生歸中組部隨時調動到各項工作上去的比例，降低為百分之二十五，在現狀下恕我不能同意。因為我們黨已經不完全是秘密黨，而是領導著政權和軍隊的黨，必須根據需要，分配大量幹部到各方麵去工作。例如，最近幾天調馬列學院、中央黨校和陝北公學的女生40名到中央醫院去工作，就是證明。如果沒有各方麵工作的配合，全盤工作是做不好的。因此，我們彼此仍以服從中央書記處多數同誌通過的決定為好。
（二）一九三九年中央書記處決定，在婦女工作係統中，專任婦女領導工作的婦女幹部，中組部在分配她們工作時，需征求婦委意見以外，其他任何幹部的出入，一律均經中組部。據我所知，中央並無各校女同誌歸婦委分配的決定。如果中央有此決定，我個人當然絕對遵守黨紀，個人服從組織，少數服從多數。