王龍傑赤的戰鬥正在進行的時候，成吉思汗及其幼子拖雷則率大軍向阿姆河南部的呼羅珊地區進發。在此之前，者別和速不台為追擊摩訶末，曾行經呼羅珊各地，但他們隻是像一陣旋風刮過這裏，轉瞬即逝，沒有造成太大的破壞。
成吉思汗，特別是拖雷這次對呼羅珊地區的掃蕩，則像雲幕後射出的閃電，把擊中之地變作焦土，使當地居民遭受了駭人聽聞的末日災難。
成吉思汗和拖雷首先抵達阿姆河北岸要塞忒耳迷，今天的烏茲別克斯坦帖爾梅茲，遣使招諭居民投降，要他們拆毀城池，但居民認為他們的要塞城垣有一半聳立在阿姆河中，易守難攻，而且有不少軍隊和武器，因此表示要抵抗到底。
雙方便部豎起射石機，不分晝夜地酣戰苦鬥起來，激戰了十一天，要塞陷落，全城軍民部被趕到野外，照例將他們分配給軍隊，悉數殺死。
在屠殺過程中，有一名老婦呼叫說：“不要殺我，我紿你們一顆大珍珠。”蒙古人向她索珠，她說：“己被我吞下肚子了。”他們立即剖開她的肚子，取走了這顆珍珠。他們懷疑其他人也可能吞下了珠寶，又將所有死者的肚子都剖開。隨後分兵攻打附近諸城寨。
1221年初，成吉思汗渡過阿姆河進入呼羅珊地區，抵巴裏黑城下。在者別、速不台追擊摩訶未經過這裏時，巴裏黑城民已經向他們投降，至此再次出城納款，當時花剌子模新算端劄蘭丁在呼羅珊整頓兵馬，準備與蒙古軍抗爭。
因此成吉思汗不相信巴裏黑城民的誠意，懷疑他們將會響應劄蘭丁，便以清點人數為借口，將城民全部趕到曠野，不分男女老小盡行誅戮，然後縱火焚毀城堡、宮殿、園林等一切建築，這座物產豐富的名城，變成“野獸飽餐死者的屍體，獅狼相安地共同嚼食．鷹隼無爭地從同一餐桌上享用”的無人廢墟。
從這裏，成吉思汗和拖雷父子分兵掃蕩呼羅珊。成吉思汗進圍塔裏寒寨，今天的阿富汗木爾加布河上遊之北，拖雷進至馬魯城下。
馬魯，今天的土庫曼斯坦馬裏，在呼羅珊諸州中地域最為廣闊，“土壤可與天重相曬美”。該城的長官原是抹智兒木勒克，後來摩訶末罷免了他，任命巴哈木勒克為長官。巴哈木勒克是投降派，在蒙古軍到來之前便逃出城去，馬魯的大權又落入抹智兒木勒克手中。
巴哈木勒克幹脆投入蒙古軍中，將馬魯的局勢告訴他們，並表示願意說降該城。他寫信給抹智兒木勒克說：”我們以前關於職位的分歧，現在都巳成過去。
蒙古軍的力量是不可抗拒的，隻有臣服才能免於災難。我為同情心所驅使，希望與你重歸於好，並希望你不要頑抗下去，不致投身於毀滅的旋渦。”
這封信引超了抹智兒木勒克及其他貴族、名紳的意見分歧，有人主張放棄城池、後來他們認為不應當隨便相信敵人的話，便將巴哈木勒克的使者分別拉開，向他們打聽真相。當他們知道前來的這支蒙古軍人數並不多的情況之後，就斬掉來使，派出二千五百人去抵抗。
蒙古軍勸降未成，隻好撤去，途中把巴哈木勒克殺死。不久又有一支八百人的蒙古軍向馬魯進攻，正好有兩名花刺於模將領率軍二千從五龍赤傑前來，他們尾擊蒙古軍，殺死不少人，並生俘六十人，他們將這些俘虜拿到市場上遊行示眾，然後處死了。
但是馬魯守軍並沒有就此同心協力，有一萬二千突厥蠻人因與抹智兒木勒克不和而離開了他，而且力圖占領該城，雙方經常互相爭戰。
正在這時，拖雷率領的大軍開來了。他派遣四百騎兵為先鋒，在夜間抵達突蹶蠻人紮營的河岸、渾然不知的突厥蠻入還在準備爭奪馬魯城，四百騎兵已埋伏在路上，突然襲擊他們的營盤，一萬多突厥蠻人頃刻瓦解，大多數落入河中，慘遭沒頂，隻有少數人逃之夭夭。
隨著拖雷率軍來到馬魯城下，其軍隊如茫茫黑夜，滔滔大海，人數賽過沙粒，拖溜花了六天時間巡視馬魯形勢，得出的結論是，城內的糧草足夠他們之用，城池的堅固經得起攻擊，因此必須發動最猛烈的進攻。
第七天早晨。拖雷把軍隊集合起來發起總攻，有200左右馬魯軍隊從城門衝出接戰，拖雷跳下戰馬，親自高舉盾牌呐喊衝鋒，軍士隨著他前進，凶猛的攻勢把敵人趕回了城內。
又有一支馬魯軍隊從旁門衝出來，也被蒙古軍迎頭擊退，在蒙古軍的層層包圍下，馬魯人隻能被動地防禦，毫無主動進攻的能力，甚至無法把頭伸出城門。天黑以後，蒙古軍在城外通宵保持警戒，任何人也不能從城內脫出。