5月8日，美日雙方航艦的偵察機都發現彼此的正確位置，於是史上首次航艦間會戰正式展開。在一整天的軍事行動中，美國的兩艘航艦都被擊中，包含擊中“列辛頓”號的兩枚魚雷。日軍“祥鶴”號被3枚炸彈擊中，但仍能自力航行；“瑞鶴”號本身無損，但艦上飛行大隊損失嚴重。“列辛頓”號於當天下午因艦內數次嚴重爆炸而被迫放棄，最後由驅逐艦將之擊沉。
美軍在珊瑚海之役中，船艦的損失比日軍大，但日本聯合艦隊司令部決定中止進占摩斯比港，這是從太平洋戰役開始以來，日軍的推進首次被擊退。
中途島之役
由於太平洋艦隊司令部的情報單位破譯出日軍的行動命令，因此美軍很早就開始布署部隊以防衛中途島，並對抗日本的航艦部隊。
1942年5月27日，由南雲忠一中將指揮的第1機動艦隊（“赤城”號、“加賀”號、“飛龍”號與“蒼龍”號）從柱島出發，29日，由山本五十六大將親自指揮的主隊與由近藤信竹中將指揮的第2艦隊（攻略部隊）分別由柱島與威克島出發。而由斯普勞恩斯少將指揮的TF16（轄“企業”號與“大黃蜂”號）與弗萊徹少將的TF17（轄“約克鎮”號）分別在28日與29日從珍珠港出發。
6月2日，美軍兩支特遣艦隊會合，由弗萊徹少將統一指揮。6月4日淩晨，第一機動艦隊抵達中途島西北方，並發動108架戰機攻擊中途島。空中攻擊對島上造成了極為嚴重的傷害，同時也擊落了絕大部分的防禦戰鬥機。當中途島上的PBY-5巡邏機發現第一機動艦隊後，中途島與兩個特遣艦隊也陸續放出超過210架戰機前去攻擊。中途島的轟炸機與特遣艦隊的魚雷轟炸機企圖攻擊第1機動艦隊，卻幾乎全軍覆沒。“大黃蜂”號的俯衝轟炸機沒有找到目標，但“約克鎮”號與“企業”號的俯衝轟炸機在未經安排的情況下，從不同方向卻幾乎同時間找到第1機動艦隊，並癱瘓了“赤城”號、“加賀”號與“蒼龍”號。
依照偵察機的報告，“飛龍”號的俯衝轟炸機發現並擊中“約克鎮”號，但“約克鎮”號在短時間內便恢複行動自由，於是又被“飛龍”號的魚雷轟炸機擊中兩次。這次癱瘓了“約克鎮”號，並使弗萊徹少將將指揮權移交給斯普勞恩斯少將。TF17與中途島的偵察機發現“飛龍”號後，“企業”號與“大黃蜂”號放出俯衝轟炸機將其癱瘓。
6月4日晚間到5日早上，日本4艘航艦先後沉沒。山本大將於4日下午就下令攻略部隊中的第7戰隊的4艘重巡洋艦炮擊中途島，但5日淩晨山本大將下令全麵撤退時，“三隈”號與“最上”號互撞，其中“三隈”號於5日與6日被中途島與TF16的轟炸機連續攻擊所擊沉。“約克鎮”號與提供動力的驅逐艦“海麥恩”號則在6日被日軍潛艦擊中，“海麥恩”號立刻沉沒，“約克鎮”號則於7日沉沒。
日本在中途島之役的損失改變了太平洋戰爭的方向，除了4艘航艦被擊沉，最糟的是損失了絕大部分熟練的飛行員。從此美軍轉守為攻，直到最後。
“瞭望台行動”
“瞭望台行動”是太平洋艦隊第一個轉守為攻的作戰計劃，太平洋艦隊將以海軍航艦部隊與陸戰隊攻擊並占領土拉吉島與瓜達康納爾島。由於之前幾場戰役的功績，弗萊徹於1942年7月15日晉升中將，並由尼米茲上將任命為TF61指揮官。在南太平洋戰區司令羅伯特·哥姆雷中將的節製下，負責兩島的登陸作戰。TF61包含兩個特遣支隊，TG 61.1由雷·諾伊斯少將指揮，包含“薩拉托加”號（弗萊徹的旗艦）、“企業”號與“胡蜂”號等3個航艦戰鬥群。TG 61.2由凱利·屠納少將指揮，為兩棲登陸艦隊（TG 61.2後改編組為TF 62，仍由屠納少將指揮）。
TF61於7月26日於斐濟集結，8月7日陸戰隊第1師開始登陸兩個島，並迅速殲滅兩個島上的日軍。日軍的反應也很迅速，在7日與8日兩天由拉布爾發動一連串的空中攻擊，擊沉1艘運輸艦，並損壞2艘驅逐艦。日軍被擊落36架飛機，美軍損失19架，包含14架戰鬥機。因為擔心戰機的損耗與航艦的燃料狀況，弗萊徹於8日傍晚將TG 61.1撤離瓜達康納爾島海域以補充燃料，留下沒有空中掩護的登陸部隊與兩棲船隻。由於缺乏空中支援，屠納計劃在8日夜間盡量將補給卸下，並於次日離開土拉吉——瓜達康納爾地區。
但在離開之前，日本第8艦隊司令三川軍中將率領5艘重巡洋艦，2艘輕巡洋艦與1艘驅逐艦，於8日到9日夜間衝進薩沃灣，擊沉聯軍4艘重巡洋艦、並重創1艘重巡洋艦與2艘驅逐艦，但攻擊並沒有延伸到運輸船與岸上部隊。此役被稱為薩沃島之役（日方稱第一次所羅門海之役），運輸船則在9日晚間離開土拉吉——瓜達康納爾地區。
之後TF 61持續在瓜達康納爾島東南方巡弋，以保護交通線。但日本偵察機於8月20日發現了TF 61，於是南雲忠一中將所指揮的第3艦隊（含艦隊航艦“翔鶴”號與“瑞鶴”號以及輕航艦“龍驤”號）從特魯克島出發，前往所羅門群島海域。23日，美國PBY巡邏機先發現日軍艦隊，但因為氣候不良，薩拉托加號的攻擊機群並沒有發現日軍，但23號下午“胡蜂”號卻離開戰場去補充燃料，導致美軍是以2艘航艦對抗日軍的3艘。24日，“龍驤”號被分遣出去攻擊瓜達康納爾島，結果被美軍偵察機發現，“薩拉托加”號的攻擊機群找到了“龍驤”號並將之擊沉。同時，日軍的偵察機也發現“企業”號航艦戰鬥群，發動攻擊並讓“企業”號暫時退出戰場。這場戰役被稱為“東所羅門群島之役”（日方稱為第二次所羅門海之役），日軍除了損失1艘航艦，其艦載機也被擊落約75架。之外，在25日的運補行動也被陸戰隊航空隊所阻止，因此美軍獲勝。
第13軍區司令與北太平洋部隊
1942年8月31日，“薩拉托加”號在瓜達康納爾島東方巡弋時，被1艘日本潛艇所發射的魚雷擊中，隻好回到珍珠港整修。弗萊徹也受了輕傷，因此尼米茲讓他放假，而金恩命令他前往華盛頓進行短暫工作，以便“觀察他”。
10月中，弗萊徹申請回到海上，尼米茲支持，但金恩拒絕，並任命他為第13海軍軍區司令與西北海疆司令（總部在西雅圖）。1943年11月，任北太平洋部隊司令，直到戰爭結束。在1944年與1945年，他指揮北太平洋部隊（包含陸軍航空隊與海軍部隊）進行對千島群島的轟炸與岸轟任務。並在日本投降後，於1945年9月，率領60艘北太平洋部隊的艦艇在日本陸奧灣接受日本海軍北方艦隊的投降。他對官兵們所做的演說時曾提過一段話：
回顧日軍在南京的暴行，偷襲珍珠港，巴丹的死亡行軍，以及數不盡的謀殺、酷刑，與讓我們不幸被俘的夥伴們挨餓受苦，但我們不會這麼對日本人。我們已經對日本軍人與世界展示了我們優越的戰力，現在我們要對日本人跟世界上其他地方的人們展現我們為它而戰的民主與法治。