1912年1月28日，成立了臨時參議院，行使中華民國之立法權，其中一項，是確定中華民國國旗。
會上，同盟會方麵的議員，提議國旗采用青天白日滿地紅旗。然議員中相當部分是立憲人士或原清朝官吏，他們並不讚同孫中山先生的革命思想，甚至仇視，聲稱青天白日滿地紅旗係同盟會製定，一個黨派不宜代表全國各方意見，最終議決以五色旗為國旗，請大總統頒行全國各省。
孫中山反對此項決議，未予頒行，於2月12日谘複臨時參議院，說明理由：清國舊製，海軍以五色旗為一二品大官之旗，令黜廢滿清國旗而用其官旗，未免失體；五色旗用意為五大民族，然其成分配代取義不確，如以黃代滿之類；既雲五色平等，而上下排列，仍分階級。
接下來，孫中山申訴以青天白日滿地紅旗為國旗之理由：“國旗之頒用所重有三：即旗之曆史，旗之取義，旗之美觀。青天白日滿地紅施，為漢族共和黨人用之南方起義者十餘年，自陸皓東身殉此旗後，黃花崗、防城、鎮南關、河口，最近如民國紀元前二年廣州新軍反正，前年廣東省城之起義72人之流血皆以此旗，又南洋、美洲各埠華橋同情於共和者，亦已多年升用，外人總認為此為民國之旗。目青天白日取義宏美，中國為遠東大國，日出東方，為恒星之最者，示光明普照自由平等之義。”
權衡參議院中的形勢，孫中山判斷，若發回重作討論，也難以通過以青天白日滿地紅旗為國旗的決議，所以並不要求複議以免形成僵局，而是提出暫擱：“究之革命之際，國旗統一尚非所急，如美國須更改後而定現行所用國旗。故本總統以為，暫勿頒行，而俟諸民選國會成立之後。”
雖然“暫勿頒行”，但孫中山在他的總統府辦公室內，還是懸掛著青天白日滿地紅旗。
後來，孫中山辭去臨時大總統職務，臨時參議院隨臨時政府也於1912年4月下旬遷往北京。6月8日，臨時參議院再次討論國旗事，同盟會方麵議員鄧家彥、居正等雖按孫中山指示據理力爭，無奈參議院中同盟會員不足數，無力回天，眼巴巴看著再次決議以五色旗為中華民國國旗，交由新任總統袁世凱頒行。
見微知著，孫中山先生之民國難也乎哉！孫中山先生之革命難也乎哉！
孫中山雖身處險境，仍日夜縈懷國家的統一富強和人民的快樂安康，絲毫沒有考慮個人的權勢和享受。在刷新吏治方麵，他以身作則，堪為楷模。他廉潔奉公，不講排場，臨時大總統府設在兩江總督衙門（原太平天國天王府），他就在西部一座平房內辦公，在一座簡陋的小樓房內居住。衣著樸素，身穿的是件極粗陋的呢大衣（現保存在翠亨村故居）。他用人唯才是舉，反對用人唯親，拒絕安排鄉親和私人朋友出來做官，並且堅決不同意別人推薦他兄長孫眉出任廣東省都督。他不治家產，不為家謀取特權。在臨時大總統府內，從總統、總長到一般小職員都未規定支付薪金，每人除供給食宿外，隻發給財政部發行的軍用券30元。連教育總長蔡元培也是自己洗衣服。財政總長陳錦濤對人說：“餘為部長，不如前清之司員，此輩華貴多矣。”
孫中山不忘華僑為革命之母，親自電邀美洲洪門大俠、華僑領袖司徒美堂回國擔任總統的監印官。
司徒思及自己支持革命乃出於愛國愛鄉之情，並非為名利，於是寫信婉拒。
接到司徒鴻雁，孫中山對曾在身邊擔任外交官的張猛說：“司徒美堂自從1904年到美國宣傳革命之後，一直支持我們。推翻清朝帝製後，請他回國任職，他卻不回來做官，他是大好人啊。”
在國際上，各帝國主義列強除了向孫中山革命政府製造種種困難外，沙俄還趁中國內部紛爭之際大肆進行侵略中國、分裂中國的陰謀活動。
沙俄侵吞蒙古的野心由來已久。1911年10月18日，沙俄策動外蒙大部分封建王公、活佛宣布“獨立”，12月1日，發表“獨立宣言”，宣布成立“大蒙古國”，以活佛哲布尊丹巴為額真汗（皇帝）。1912年1月1日，孫中山在《就職宣言》中明確指出：所謂“獨立”，必須是脫離清政府和各省聯合擁護民國政府。北京和內蒙各盟、旗的愛國王公和蒙古族人民也紛紛集會通電，要求外蒙古取消“獨立”。
1912年11月3日，沙俄與外蒙古當局悍然非法簽訂“俄蒙協約”和“商務章程”，宣稱“蒙古對中國的過去關係已經終止”，規定俄國政府“扶助蒙古的自治”，不準中國軍隊進入蒙境，不準漢人移居蒙地，不征得俄國政府允許，蒙古不得與“中國或別國立約”，還規定了俄國在外蒙古的種種特權。孫中山致電參議院，要求“否認俄蒙協議，堅持到底”，中國政府也聲明“概不承認”。但沙俄政府以“承從中華民國”為誘餌，對袁世凱政府進行訛詐。1913年11月，袁世凱政府與沙俄簽訂了《中俄聲明》，追認了“俄蒙協議”及其附件。
賣國賊袁世凱又一次賣國求榮，種下了日後外蒙古獨立的禍根。
三、四界常備軍有幾十萬天兵天將的玉帝，對沒有一兵一卒的光明大帝少典反而深度恐懼，不僅李長庚的相位沒有保住，而且要玉帝自己撤銷李長庚的職務，接納自己並不喜歡的包拯為丞相。想去與慈禧廝混，可惡的西王母又是個“妻管嚴”。於公於私，處處不順暢。你要撂桃子，又正中少典下懷。