後金統治集團內部的殘酷政治鬥爭，不會因努爾哈赤率領眾子侄對神設誓而消失。同樣，“懷禮義之心”的諸王貝勒，對於凱覦汗位者，必不能“化導其愚頑”。有汗位，就有激烈的爭奪；有爭奪，就有酷虐的鬥爭。這種為爭奪皇位而骨肉相殘的宮廷鬥爭史，後來一再重演。
努爾哈赤為加強汗權，同其胞弟舒爾齊發生了權力與財富之爭。
早在努爾哈赤起兵之初，舒爾哈齊處於其副手的地位。在明官書中，往往努爾哈赤與舒爾哈齊並稱。舒爾哈齊曾以建州衛都督等身份，多次進京“朝貢”，如：
萬曆二十三年（1595）八月，“建州等衛女直夷人速兒哈赤等赴京朝貢，命如例宴賞”（《明神宗實錄》內閣文庫本，第23卷）。
萬曆二十五年（1597）七月，“建州等衛夷人都督都指揮速兒哈赤等一百員名、納木章等一百員名，俱赴京〔朝〕貢，賜賞如例”（《明神宗實錄》第312卷）。
萬曆三十四年（1606）十二月，“建州衛都督都指揮速兒哈赤等入貢”（談遷：《國榷》第80卷）。
萬曆三十六年（1608）十二月，“頒給建州右等衛女直夷人速兒哈赤等一百四十名，貢賞如例”（《明神宗實錄》第453卷）。
舒爾哈齊多次進京“朝貢”，這在他兄弟五人中，除其長兄努爾哈赤外是僅見的。
另從朝鮮史籍中，也能反映出舒爾哈齊的顯貴地位。如申忠一到費阿拉所繪建州首領住家圖錄僅二幅，即《木柵內奴酋家圖》和《外城內小酋家圖》。他所見舒兒哈齊“體胖壯大，麵白而方，耳穿銀環，服色與其兄一樣”（申忠一：《建州紀程圖記》圖版17）。比申忠一先一月到費阿拉的朝鮮通事河世國，分別受到努爾哈赤和舒爾哈齊的接見與宴賞：
老乙可赤常時所住之家，麾下四千餘名，佩劍衛立，而設坐交椅。唐官家丁先為請入拜辭而罷，然後世國亦為請入，揖禮而出。小乙可赤處一樣行禮矣。老乙可赤屠牛設宴，小乙可赤屠豬設宴，各有賞給。（《李朝宣祖實錄》第69卷）
朝鮮和明朝的史籍記載，都說明努爾哈赤與舒爾哈齊曾是主副配合、相輔相成的。
但是，努爾哈赤與舒爾哈齊之間的矛盾，在萬曆二十三年（1595）已見端倪。申忠一見舒爾哈齊家裏“凡百器具，不及其兄遠矣”；舒爾哈齊也向申忠一力言：“日後你僉使若有送禮，則不可高下於我兄弟。”（申忠一：《建州紀程圖記》圖版20）這表露出舒爾哈齊對已獲權位與財貨的不滿。爾後，萬曆二十七年（1599）建州兵征哈達時，努爾哈赤在哈達城下當眾怒斥舒爾哈齊，他們之間的裂痕加深。萬曆三十五年（1607），努爾哈赤以舒爾哈齊在烏碣岩之役作戰不力，命將其二將常書、納奇布論死，後依舒爾哈齊懇請，二將免死，罰常書銀百兩，奪納奇布所屬牛錄。自此，努爾哈赤“不遣舒爾哈齊將兵”（《清史稿·舒爾哈齊傳》第215卷），削奪其兵權。萬曆三十七年（1609）三月，舒爾哈齊被奪去兵權後，鬱悶不樂，常出怨言，認為活著還不如死了好，遂移居黑扯木。努爾哈赤命收回其弟舒爾哈齊貝勒的財產阿哈，殺了他的兒子阿布什，又將他的部將武爾坤吊在樹上以火燒死。同年，明遼東巡按熊廷弼行“間速酋以斷其手足”之策（《熊廷弼書牘》第1卷）。萬曆三十九年（1611）八月十九日，舒爾哈齊貝勒死。據明人黃石齋《建夷考》載：
酋疑弟二心，佯營壯第一區，落成置酒，招弟飲會，入於寢室，鋃鐺之，注鐵鍵其戶，僅容二穴，通飲食，出便溺。弟有二名裨，以勇聞，酋恨其佐弟，假弟令召入宅，腰斬之。