崇煥乃定規製：高三丈二尺，雉高六尺，址廣三丈，上二丈四尺。大壽與參將高見、賀謙分督之。明年迄工，遂為關外重鎮。桂，良將，而崇煥勤職，誓與城存亡；又善撫，將士樂為盡力。由是商旅輻輳，流移駢集，遠近望為樂土。（《明史·袁崇煥傳》第259卷）
經過袁崇煥親率軍民經營，一度荒涼凋敝的寧遠，變為明朝抵禦後金南犯的關外重鎮。
在“以遼人守遼土，以遼土養遼人”（孫承宗：《高陽集》第19卷）的戰略思想下，天啟四年即天命九年（1624）九月，孫承宗派總兵馬世龍“偕巡撫喻安性及袁崇煥東巡廣寧”（《明史·馬世龍傳》第270卷），曆十三山，經右屯，又由水路抵三岔河，以都司楊朝文探蓋州。袁崇煥等東巡三州兩河，相度形勢，察訪虛實，訓練士卒，增長膽氣，實為熊廷弼雪夜巡邊後的又一壯舉。自孫承宗督師以來，定軍製，建營壘，備火器，治軍儲，繕甲仗，築炮台，買馬匹，采木石，練騎卒，汰逃將，“層層布置，節節安排，邊亭有相望之旌旗，島嶼有相連之舸艦，分合俱備，水陸兼施”（茅元儀：《督師紀略》第6卷），遼東形勢為之一變。到天啟五年即天命十年（1625），孫承宗與袁崇煥議，遣將率卒分據錦州、鬆山、杏山、右屯及大、小淩河，繕城郭，駐軍隊，進圖恢複大計。但是，孫承宗罷去，閹黨分子兵部尚書高第代為經略，遼東形勢急劇逆轉。
明朝統治集團內部的黨爭，直接牽係著遼東的軍事形勢。魏忠賢自擅權之後，貶斥東林，控製閣部，提督東廠，廣布特務，恣意拷掠，刀鋸忠良，禍及封疆，敗壞遼事。客魏擅權，內結宮闈以自固，外納朝臣以淫威。他們恐妃嬪申白其罪孽，矯旨賜泰昌帝選侍趙氏自盡，浸假幽裕妃張氏別宮，設計墮皇後張氏胎，又殺馮嬪，禁成妃，將天啟帝妃嬪女侍盡為控製，以擅權柄，戕害東林。他們為使“內外大權，一歸忠賢”（《明史·魏忠賢傳》第305卷），安插率先附己的顧秉謙和張廣微等入閣，又將東林黨的閣臣、六部尚書和卿貳以及秉憲、科道次第罷黜。天啟四年即天命九年（1624）六月，正當孫承宗、袁崇煥營築寧遠、日複遼土的時候，左副都禦史楊漣劾魏忠賢罪疏奏上。閹黨凶焰更囂，中官聚圍首輔葉向高府第。後逐吏部尚書趙南星等。東林黨首輔葉向高、次輔韓爌（kuàng）等先後罷去，閹黨顧秉謙、張廣微柄政。魏忠賢奪取內外大權。
魏忠賢專權後，因孫承宗功高望重，欲使其附己，令劉應坤等申明意圖，孫承宗剛直不阿，魏忠賢由此銜恨。孫承宗嫉惡如仇。楊漣疏劾魏忠賢二十四大罪，孫承宗詩讚其“大心楊副憲，抗誌萬言書”（孫承宗：《高陽集》第3卷）。禦史李應昇奏疏抨彈閹豎，魏忠賢恚其與孫承宗同黨。十一月，魏忠賢盡逐左副都禦史楊漣、吏部尚書趙南星、左都禦史高攀龍、僉都禦史左光鬥等，孫承宗正西巡薊、昌，想抗疏閹黨，請以“賀聖壽”入朝，麵奏機宜，疏論魏忠賢罪端。張廣微得報，奔告魏忠賢：“樞輔擁關兵數萬清君側，兵部侍郎李邦華為內應，公等為齏（jī）粉矣！”（《孫文正公年譜》第3卷）魏忠賢惶懼，繞禦床哭。天啟帝為之心動，命內閣擬旨。次輔顧秉謙奮筆曰：“無旨離信地，非祖宗法，違者不宥。”（夏燮：《明通鑒》第79卷）午夜，開大明門，召兵部尚書入，命以三道飛騎阻止孫承宗入覲。又矯旨命守九門宦官：“承宗若至齊化門，反接以入！”（《明史·孫承宗傳》第250卷）孫承宗抵通州後，聞命而返。孫承宗在《高陽集》中記載請入覲不果時言：“要人欲並殺予，曰楊、左輩將以某清君側。”（孫承宗：《高陽集》第3卷）
孫承宗返回之後，天啟五年即天命十年（1625）五月，高第為兵部尚書，閹黨控製樞部。七月，魏忠賢誣殺楊漣、左光鬥等於獄。時東林“累累相接，駢首就誅”（《東林紀事本末論》）。正值魏忠賢要借機削奪孫承宗兵權時，八月發生馬世龍柳河之敗。
明山海總兵馬世龍誤信降人劉伯漒言，派魯之甲、李承先率小股之師，自娘娘宮渡河，夜襲耀州，敗於柳河，死士四百人，棄甲六百餘副（《滿文老檔·太祖》第65卷）。這本不是一件兵戎大事，偷襲失利，兵家常事。但是，柳河兵敗報聞，朝議沸騰。諂附閹黨的台省官員章疏數十上，抨劾馬世龍，並及孫承宗。十月，孫承宗罷去，以兵部尚書高第代為經略。
後金汗努爾哈赤知明經略易人，便準備親率大軍，西渡遼河，進攻寧遠。