關於倉央嘉措的歸宿，民間的說法實在太多。《十三世達賴喇嘛傳》中記載說，十三世達賴到山西五台山朝佛時，“曾親去參觀六世達賴倉央嘉措閉關靜坐的寺廟”。有學者據此認為，六世達賴倉央嘉措被押送到內地後，被軟禁在五台山，年壽不詳。不過，這種說法僅存孤證，真正相信的人不多。
相傳倉央嘉措從青海湖畔脫身後，經打箭爐（今四川甘孜藏族自治州）至內地的峨眉山去朝山拜佛，然後，又在前後藏、印度、尼泊爾、甘肅、五台山、青海、蒙古等地雲遊十年，講經說法，廣結善緣，創下無窮精妙業績，最後落腳阿拉善，被多羅郡王阿寶與丹顏公主奉為上師，布教二十餘年，創建規模恢宏的廣宗寺。1746年，倉央嘉措64歲時圓寂，後呼畢勒罕轉世為呼圖克圖，尊倉央嘉措為格根一世活佛。
阿拉善地區長久以來廣為流傳著有關倉央嘉措在那裏弘法的事跡，據說，阿拉善南寺還保留有倉央嘉措的舍利以及佛帽等多件遺物。有人說，南寺本身就是根據倉央嘉措的遺願修建的，人們相信其廟址也是倉央嘉措親自選定。
阿拉善南寺叫黃樓廟的大殿堂裏的鍍金塔內，供奉著六世達賴喇嘛的肉身法體，透過塔門鑲嵌的紅玻璃，可隱約地看見倉央嘉措的麵孔。按照倉央嘉措的遺願，在倉央嘉措生前選定的地點，修建了南寺。南寺始於清乾隆二十一年（1756年）破土動工，次年基本竣工，寺名潘代嘉措林（利樂海寺）。說南寺建於牛年，就是指的這一年，這和《倉央嘉措傳》成書是同一年。關於它成書的地點，在書末明記是潘代嘉措林，應該認為指的就是南寺。阿拉善昭化寺（俗稱朝克圖庫熱廟）在倉央嘉措生前已經建成，當時的寺名也叫潘代嘉措林。南寺建成後把原潘代嘉措林全盤搬到南寺，並襲用原寺名。後來乾隆帝於庚辰年（1760年）賜給南寺以廣宗寺的匾額，從此南寺才有了這個正式名稱。所以便有人說，倉央嘉措圓寂的地點，是在今阿拉善左旗南部沙漠中的門吉林寺（承慶寺）附近。
據阿拉善左旗南寺的僧侶講，寺廟裏過去收藏著許多和倉央嘉措有關的曆史文物。保存它們的目的，當時也不是出於保護文物的考慮，而是把它們當作神物，讓信眾們頂禮膜拜之用。現在，除“文革”前由內蒙古佛教協會收集起來準備辦展覽的一部分物件幸免被毀，歸還南寺以外，其他的都在“文革”中被毀或丟失。
但是以上所提及到的所有關於倉央嘉措下落的消息，都隻是坊間的傳聞。而倉央嘉措的真實歸宿，至今無人知曉。倉央嘉措真會是在川藏卡瓦洛日嗎？答案即將揭曉。