19世紀末至20世紀初，隨著商品經濟的發展，對外交通貿易的擴大，西南各地形成了一些大的商幫，其中不少是少數民族商幫，回族商幫是其中最重要的一支。回族商幫不少有自己的販運隊伍（主要是馬幫），也有一些常年雇傭大型馬幫為他們馱運貨物，馱馬動輒數以千計，馬幫運輸業由此也進入了一個新的發展時期。
1889年以後，蒙自、騰越、思茅先後開辟為商埠，建立了海關。由於雲南享有對緬甸、越南進出口貿易的優惠待遇，因而，對緬甸、越南、老撾等國的進出口貨物增多，從而也刺激了馬幫運輸業的擴大。近代時期，雲南的商業路線可以分為以下四大幹線：
1.東路幹線，這條幹線包括以下3條路線：
昆明—曲靖—平奕(今富源)—貴州普安—安順—貴陽（行程704公裏，約需20天）。
昆明—曲靖—宣威—貴州畢節—四川敘永—瀘縣（行程929公裏，約需25天）。
昆明—會澤—昭通—鹽律—宜賓（行程976公裏，需時24天）。
在上述三條路線中，以昆明至四川宜賓線最為重要，主要從事省際貿易，與川、黔交往比較頻繁。這條路線原為滇銅外運線，後來則是將沱茶、棉紗、匹頭、百貨經昭通轉運鹽律渡(老鴉灘)至橫江下船。每年約有馱馬4萬～5萬匹馱運，回程時是由宣賓運川絲、條絲、紡絲、川煙、絲綢、藥材等至昆明。
2.西路幹線，這條幹線以下關為轉運的中心。
昆明—祿豐—楚雄—下關—永平—保山—騰越—緬甸八莫（共計1173公裏，需要33天）。
騰衝—南甸—遮島—幹崖—弄璋街—蠻線—古裏卡—緬甸八莫。
除了上述主線以外，還有三條支線運輸茶葉、棉紗等商品：
一是下關—風慶—雲縣—臨滄—景東—景穀—雙江；
二是保山—永平—下關—耿馬—鎮康—麻栗壩；
三是下關—四川會理—西昌。
3.南路幹線。1910年滇越鐵路通車前分為兩條主要路線：一是以昆明為起點，經宜良、盤溪、開遠到蒙自、個舊，並以蒙自為中轉站，分三條支線馱運商品，分別至河口進入越南；向東至文山、富寧至廣西；由蒙自向西至臨安(建水)、石屏，往南至江城抵西雙版納。二是以玉溪為起點，經石屏、元江、磨黑至普洱、思茅、景洪，進而到達老撾、緬甸等地。1910年滇越鐵路通車到昆明，1915年，個碧石鐵路(碧色寨到蒙自、個舊、建水、石屏的小鐵路)通車，運輸大錫等業務轉由鐵路。
4.西北路幹線。西北路幹線以下關為起點，經劍川、鶴慶至麗江，其支線有三條。
一是麗江—永勝—寧蒗—木裏—康定(原西康省會)；
二是麗江—中甸—德欽—西藏拉薩；
三是麗江—劍川—蘭坪—怒江各縣。