這些因素，終於誘發了震驚一時的行刺太子的“梃擊案”。
萬曆四十三年五月初四日的黃昏，一個陌生男子，手持棗木棍，闖入慈慶宮。第一道門寂然無人，第二道門隻有兩名老太監把守，這個陌生男子打傷一個老太監，直奔前殿簷下。太子內侍韓本用率七八名太監趕來，將凶犯擒獲，押送東華門守門指揮朱雄處。
巡視皇城禦史劉廷元立即對案犯進行初審，案犯供稱：本名張差，薊州井兒峪人。此人言語顛三倒四，好像瘋子。再三嚴刑審訊，他的供詞仍語無倫次，隻是說些不著邊際的話。消息很快傳到宮外，北京城人情洶洶，紛紛揣測鄭貴妃在背後搗鬼。
刑部郎中胡士相、嶽駿聲等奉旨審理此案。張差供稱：被人燒毀供差柴草，氣憤之餘，從薊州來到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持棗木棍，從東華門直闖慈慶宮雲雲。
胡、嶽二人依照“宮殿前射箭放彈投磚石傷人律”，擬將張差判處死刑。這是一種簡單化處理方式，僅僅以“瘋癲闖宮”論處，不追究是否有幕後主使人，迎合朝廷希望大事化小小事化了的原則。然而外廷的一些正直官員對此抱懷疑態度，非要查個水落石出不可。
經過突擊審訊，張差才招供。他供出了內中的隱情：他的舅舅馬三道、外祖父李守才帶來一個不知名的老太監，對他說：“事成，與你幾畝地種，夠你受用。”然後就跟隨老太監來到京城，住在一個大宅子裏，另一個老太監說：“你先撞一遭，撞著一個，打殺一個，打殺了，我們救得你。”
從張差的供詞可知，他並非“瘋癲闖宮”，而是被宮中太監收買，闖宮梃擊的。這是重大線索。審訊官員立即報告皇上：“太子之勢，危如累卵”，“臣看此犯，不癲不瘋”，“中多疑似情節，臣不敢信，亦不敢言”。所謂“不敢信”“不敢言”的，居然是宮中太監策劃的陰謀。
隻要把這些太監逮捕審訊，幕後主使人即可現形。萬曆皇帝考慮得更為複雜，既然牽連到太監，追查下去，便是他們的主子。這無論如何是宮闈醜聞，必須淡化處理。但是，審訊的情況早已流傳出去，舉朝官員頓時議論紛紛。
人們不約而同地把懷疑的目光投向鄭貴妃及其兄弟鄭國泰身上。但是沒有充分的證據，不敢直犯其鋒。
五月二十一日，刑部右侍郎張問達與有關衙門官員會審張差。張差招供：太監龐保與劉成商量，叫李守才、馬三道對他說：“打上宮去，撞一個，打一個，打小爺（太監稱皇太子為小爺），吃也有你的，穿也有你的。”而龐保、劉成恰恰就是鄭貴妃宮中的太監，人們不能不懷疑鄭貴妃的兄弟鄭國泰是幕後主使人。
然而萬曆皇帝並不想把案情向鄭貴妃方向發展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫於外廷大臣的強大壓力，他不得不表明態度，一方麵說“梃擊案”不僅“震驚皇太子”，而且“嚇朕恐懼，身心不安”；另一方麵仍然堅持給張差定性為“瘋癲奸徒，蓄謀叵測”。言外之意，這是一樁瘋子闖宮的偶然事件，再三強調“毋得株連無辜”，希望此案不了了之。
五月二十八日，萬曆皇帝接見太子，並且有意向大臣們表明對皇太子的愛護之情：“朕思皇太子乃國家根本，素稱仁孝，今年已三十四歲，如此長大，朕豈有不愛之理且諸皇孫振振眾多，尤朕所深喜。奈何外廷紛紛疑我有他意。”然後，舉起皇太子的手，對下麵的群臣說：“此兒極孝，我極愛惜。”
他的談話被大臣打斷後，又繼續說：“朕與皇太子天性至親……小臣恣意妄言，離間我父子，真是奸臣。”這幾句話，他再三重複，臉色顯得嚴厲起來。然後當眾宣布：“瘋癲奸徒張差闖入東宮，打傷內官，龐保、劉成俱係主使。”為“梃擊案”定下調子：凶犯張差是個瘋子，主使人隻追究到龐保、劉成為止。
明眼人一看便知，關於“梃擊案”的處理，已經發生了微妙的變化。皇帝在二十八日召見群臣時，明確宣布：將案犯張差與太監龐保、劉成一並處死。回宮後，突然變卦，要三法司隻處決張差一人，龐保、劉成審明以後再擬罪。