當然，“妖書”是誰寫的並不重要，重要的是它背後透露出來的政治動向。顯然，“妖書案”的出現並不是一個偶發事件，它是政治的晴雨表，反映出朝野上下對於皇太子地位不穩的一種憂患意識，力圖以曲折的形式表明輿論的壓力，迫使鄭貴妃不敢貿然廢太子。這恐怕是朝廷大多數官員的願望，包括一部分參與會審的官員在內，都不願在此案中株連無辜的所謂“主使人”，而鑄成大錯。既然抓住了生光，又有刻字匠為人證，案犯又供認不諱，此案便草草了結，是無奈中的上策。對於皇帝來說，真犯究竟是誰並不重要，把“妖書”輿論壓下去才是當務之急。因此對於生光的處理，他不同意論斬，偏要淩遲以後再梟首示眾，著意要造成一種威懾氣氛，使後人不敢再在鄭貴妃的問題上說三道四。
“妖書案”雖然以這種奇特的方式了結，但是它的政治後遺症，卻長期持續。上層官僚的派係門戶之爭愈演愈烈，沈一貫一派與沈鯉一派的矛盾浮出水麵，由暗而明。此後的“梃擊案”、“紅丸案”莫不如此，拉幫結派，以此為話柄，互相攻擊。
主動為規則揭盅
政治場上的規則，就是謎底總是要保存完好，等到公布的那一天再展現出來。然而，懷疑這個謎底對自己不利的人，則千方百計想要提前知道結果，或者通過自己的行動，影響當權者的決策，讓事情朝著對自己有利的方向發展。要知道，如果一個本來不受支持的人，突然被襲擊了，而襲擊他的人，又是一個十分有希望成為下一任的當權者，那麼，民眾的心情會怎麼樣。人民都喜歡同情弱者，而且是一個處於劣勢的弱者。
顯然，太子朱常洛明白這一點，於是，他自導自演了這出梃擊案。
“妖書案”過後，宮中稍稍安定。萬曆皇帝盼孫心切，鑒於皇太子朱常洛的元配妃子郭氏婚後無子，特地下旨多選淑媛，伺候於太子左右。萬曆三十三年十一月十四日，選侍王氏生了個兒子（就是以後的天啟皇帝朱由校）。朱常洛有了兒子，意味著萬曆皇帝有了長孫，照理境況應該有所好轉，其實不然。
自從朱常洛移居慈慶宮後，與居住於景陽宮的生母恭妃王氏幾乎等於隔離。雖然萬曆三十四年因長孫誕生，恭妃王氏被冊封為貴妃，但王貴妃與鄭貴妃的待遇有天壤之別。等到她病危時，朱常洛才得以前往景陽宮探望母親。
萬曆三十九年九月十三日，王恭妃病逝。死去的王貴妃的境遇，折射出活著的太子朱常洛的境況。王貴妃安葬一年之後，朱常洛遭到心懷叵測者的暗中詛咒，說明他的地位直到此時依然岌岌可危。萬曆四十一年六月初二日，一個名叫王曰乾的武弁（錦衣衛百戶）告發：奸人孔學等人，受鄭貴妃指使，糾集妖人，擺設香紙桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披發仗劍，念咒燒符，又剪紙人三個（皇太後、皇上、皇太子），用新鐵釘四十九枚，釘在紙人眼上，七天後焚化。
萬曆皇帝獲悉後，憤怒不堪，責怪內閣首輔為何事先沒有報告。內侍太監聽到皇上問話，便把早已遞進的內閣首輔葉向高的奏疏交給皇上。其實葉向高已經知道此事，他的奏疏建議：
為皇太子考慮，皇上應該冷靜處理此事：如果大張旗鼓，朝野上下議論紛紛，反而使事態惡化，那麼“其禍將不可言”。萬曆接受了這個建議，因為隻有大事化小，小事化了，是唯一的上策，如果張揚出去，勢必像“妖書案”那樣鬧得滿城風雨。
第二天，葉向高指示三法司嚴刑拷打王曰乾，把這個危險人物打死在獄中。他所告發的案情太嚴重，又真假難辨，隻有以不加追查、不事張揚、消滅活口的方式了結，才能化險為夷，化有為無。葉向高不愧老謀深算，顧全了皇室的根本利益。
不過，這一事件或多或少透露出，宮廷內外圍繞皇太子的爭鬥，雖然悄無聲息，卻處處閃現出陰森的刀光劍影，朱常洛的日子如履薄冰如臨深淵。萬曆四十一年年底，皇太子妃郭氏病故，葬禮一拖再拖，其實是萬曆皇帝不想按照皇太子妃的規格發引。這種事態反映了皇帝對皇太子的冷漠態度。正是由於這種緣故，朱常洛身邊的警衛人員寥寥無幾，慈慶宮一派冷清景象。