佐助在木葉也保持著新人no.1的地位，鳴人的分身依舊在木葉惡作劇。
宇智波鼬和幹柿鬼鮫來木葉調查，但是主角已經走了，也沒有取得什麼結果，所以也就回去複命了。
兩年快過去了，一天在木葉的村口，來了一個身高一米八十以上的金發男孩子，不用說，這就是我們的主角，鳴人了。
鳴人再經過將近兩年的閉關後，終於回來了。在他出關的時候，天劫又一次降臨了，這次的天劫的威力比上一次的大了很多，一下子就把鳴人還沒有滿的經脈給塞滿了，並將鳴人的身體又一次改造了一邊。最終後果就是鳴人“長大了”。
回到了村口，守門的還是以前的那兩個中忍，“站住，你是誰？”“這是令牌。”鳴人將令牌扔了過去，那兩個中忍又是站的整整齊齊：“歡迎回來。”
鳴人一回到村子就馬上到家裏去，他一到家，打開門，發現家裏依舊是幹幹淨淨。“那小子還有良心，知道幫我打掃房子。”說著，就關上門，走向三代火影的辦公室。
“老頭子，我回來了。”“你是誰？”“連我都不記得了？你該退休了。那你該記得這個令牌吧。”“你是鳴人？不會吧，你怎麼長的這麼快？”“你終於記起來了。老頭子，這次回來，有重要的事：大蛇丸的音忍村已經上了軌道，他會在這幾年裏來破壞木葉，我們得早做準備。”
“你打算怎麼辦？”
“先除掉幾個大蛇丸安排在木葉的內奸，在將一些虛假的情報通過已經掌控的間諜透露給大蛇丸，讓他輕敵，在他來的時候，再解決他，一除後患。”
“那大蛇丸安排在木葉的內奸是誰，你知道嗎？”
“現在，我確定的有兩個，一個是中忍水木，另一個是下忍藥師?兜。中忍水木是大蛇丸的棄子，放在木葉總會有危險的。藥師?兜是個危險的角色，實力可能在卡卡西之上，連續幾次都在中忍考試中棄權，這擺明了就是在收集情報。”
“那我就任命你為特別上忍，準備對付大蛇丸。”
“不，特別上忍不是我，而是旋渦鳴丸，四代族人。我還去忍者學校去考試，引出水木。”
“為什麼？”“死在毒蛇嘴下的人遠比死在老虎嘴下的多。”
“佐助，宇智波鼬已經被我們‘曉’殺了，留著你也沒用了，你去找你哥哥吧，”一個穿著火雲袍子的陌生人攔住了佐助。佐助聽到後，立刻打開了萬花筒血輪眼，上來和陌生人拚命。但是幾招就被打翻在地，佐助又一次衝了上去，還是被打翻，……
“好了，停下來，別打了。看看我是誰？”
“你……”陌生人拿下袍子，露出了一頭金發。佐助呆住了。“醒醒，我又不是美女，這麼看我幹嗎？”
“你回來了，鳴人。”“恩。”“那我哥哥呢？”“他沒事，在‘曉’裏麵臥底。”“你怎麼變的這麼厲害？”“又過了一次天劫，功力就自己長起來了，我請你去吃拉麵。很久都沒有遲到一樂拉麵了。也不知道大叔的手藝有沒有變差了。”
在一樂拉麵館裏：“再來一碗，真的太好吃了，大叔的手藝還是那麼好。”鳴人的麵前堆了一疊空碗，佐助的拉麵連一半也沒吃完。佐助躲的遠遠的，生怕別人認出來，因為跟鳴人一起吃飯，真的很丟人啊。
鳴人打著飽嗝，拉著一臉無奈的佐助一起走向三代的辦公室。