緊接著花街戰役，戚繼光率領著戚家軍在浙江沿海各地奔馳。倭寇騷擾到哪裏，戚家軍就打到哪裏，把倭寇一夥一夥地殲滅。在戰爭中，戚繼光了解倭寇的騷擾大都有內線接應，即沿海各地的地痞流氓和不法商人跟倭寇有勾結。他們有的為倭寇傳送情報，有的坐地分贓，行為十分可恥。了解到這個情況後，戚繼光督促地方政府，在倭患嚴重的季節實施戒嚴，清查戶口和來往客商，對有嫌疑的進行監視，發現他們有不軌行動就加以逮捕。又對安分守己的百姓進行教育，要他們組織起來保衛自己的家鄉，遇有可疑的人要及時向官府和軍隊報告，以免壞人乘機搗亂，勾結倭寇。經過這樣一整頓，倭寇失去了內線，行動起來就沒有原先那麼猖獗了。
戚繼光為了擴充隊伍，增強戰鬥力，他又不斷地到金華、義烏去招募士兵。戚家軍從原先的3000人，擴充到了的100人。隊伍擴大了，就有了輪流休整訓練的條件。他常常帶著一部分隊伍四處奔襲，而把另一部分隊伍留在後方進行訓練，增強士兵的作戰能力。這樣一來，戚家軍的素質更加提高了，打起仗來更加所向披靡，戰無不勝了。倭寇被戚繼光和戚家軍的威名所震懾，逐漸地不敢再在浙江沿海施虐，浙江沿海的倭患比以前大大減輕。一部分倭寇開始向南轉移到福建沿海騷擾。
嘉靖四十一年秋天，戚繼光奉命率師南下，到閩北沿海掃蕩倭寇。閩北沿海的地形比較複雜，特別是寧德、霞浦一帶，離海岸線不遠處有許多小島。這些島嶼常被倭寇當作藏身之處。他們平日藏在島上，趁沿海漁民打魚滿載而歸，或者陸地上農村莊稼豐收的季節，就四出打劫騷擾。搶劫得手以後，就把搶來的糧食和財物藏在島上，等船隊到來時運走。
在寧德縣東北約20裏處的海域中有個小島叫做橫嶼，跟大陸隻隔著淺灘，漲潮時，一片汪洋，退潮時，成了泥濘的沙灘，上麵鋪些木板或稻草就能過去。倭寇就利用這樣的地理條件，在橫嶼上安營紮寨，時常到寧德四鄉騷擾。戚繼光帶兵到了寧德以後，察看地形，迅速擬定出了作戰方案。他先派兵占領大陸上正對著橫嶼的張灣，拔除了接應倭寇的據點；又派人運來許多稻草，命令士兵們每個人背著一捆稻草，乘退潮之際，把稻草鋪在淺灘上，匍匐前進。出發前，戚繼光告誡士兵們說：在漲潮之前，必須消滅倭寇，攻克橫嶼，否則，一漲潮，就沒有退路了。士兵們知道這一仗關係重大，如能攻克橫嶼，閩北沿海的倭患就能掃清了。於是他們人人奮勇，個個爭先，很快就登上橫嶼，跟敵人展開白刃戰。倭寇沒有料到戚家軍的士兵能如此不怕犧牲地渡海作戰，嚇得四散奔逃。最先衝到島上的戚家軍士兵，乘倭寇慌亂之時，衝入他們的大本營放起火來。倭寇見自己的大本營被燒，沒有了退路，隻好紛紛放下武器，跪地求饒。這一仗，戚家軍全殲了島上的倭寇，又一次獲得重大勝利。
橫嶼戰役後，戚家軍乘勝又奔襲了盤踞在牛田(今福建省福清縣東南)和興化（今福建省莆田市）的倭寇，把倭寇在福建的三大據點全都連根拔除。
福建的倭寇平定後，戚繼光班師回到浙江，但不久倭寇又侵犯福建，戚繼光又一次奉命拿下，與俞大猷配合作戰，一鼓氣蕩平了倭寇。倭寇殘餘勢力流竄到廣東，戚繼光、俞大猷追趕到廣東。最後終於肅清了倭寇的殘餘勢力。
愛國英雄戚繼光，以其堅強的毅力，經過十多年風裏來雨裏去的艱苦作戰，掃平了東南沿海的倭寇，使那裏的人民得以安居樂業。直到今天，東南沿海各地還流傳著許多戚繼光平倭寇的故事，人們以崇敬的心情懷念這位愛國英雄。許多地方還為他修建了祠堂，供奉著他的塑像或畫像。