兀術在郾城被嶽飛打敗以後，派密使送信給秦檜說：“你天天喊著要跟我們議和，可是嶽飛正從河南向河北進軍，這是什麼道理？你們真的想和，就必須殺掉嶽飛!”秦檜本來就怨恨嶽飛，如今接到兀術的信，他就決意謀害嶽飛。
但是嶽飛是個愛護士兵、愛護民眾的統帥，像這樣一個精忠報國的名將，找什麼理由才能定他的罪呢？奸賊秦檜絞盡腦汁地施陰謀，定詭計。他知道嶽飛有冤仇，就讓他編造一套謊話，上奏章彈劾嶽飛。另外又讓中丞何鑄和侍禦史羅汝楫這兩個奸人編造罪名誣告嶽飛。宋髙宗本來就因為嶽飛口口聲聲說要迎回徽、欽2帝，不喜歡嶽飛，他接到這些誣告的奏章以後，不問真假，就先罷了嶽飛的官。
秦檜一不做，二不休，他聽說嶽飛的部下有個叫王俊的副統製，因為作戰不賣力氣，沒有得到獎賞，非常怨恨嶽飛，於是就想法把王俊收買過去，指使他誣告嶽飛部將張憲和嶽雲謀反。然後把張憲、嶽雲逮捕入獄，嚴刑拷打，硬逼他們招供。張憲和嶽雲被打得皮開肉綻，卻始終不承認謀反的罪名。
這時候，已經被罷官和剝奪了兵權的嶽飛在廬山閑居，秦檜把他騙到臨安，以謀反的罪名逮捕了他。嶽飛向來襟懷坦白，對秦檜的誣告十分憤慨，他長歎道：“如今我落入了奸賊秦檜之手，報國的忠心全都無法實現了！”
嶽飛是抗金名將，這件案子的關係太重大了，沒有人敢審理，秦檜隻好把它交給奸賊萬俟離審判。萬俟卨提出了一些假證據，都被嶽飛用事實一一駁了回去。萬俟離吹胡子瞪眼，拍著桌子大聲嚷道：“你們父子和張憲就是想謀反，不招供就用刑！”他動用了各種刑具，也沒有能迫使嶽飛招供。萬俟離硬說嶽飛、嶽雲和張憲曾經給別人寫信，策劃一起謀反。嶽飛叫他拿出信來對質，萬俟離卻說自己經燒了。就這樣審來審去，連續搞了兩個多月，都沒有辦法定嶽飛的罪名。
轉眼間冬天到了，嶽飛父子和張憲被關在一座叫風波亭的監獄裏，屋裏四麵透風，他們沒有棉衣棉被，日夜挨凍。人們聽說嶽飛父子被捕入獄，不相信他們真的會謀反，都說這是被壞人陷害的。許多人自動地送來棉衣、被褥和食品，請求讓他們見一見嶽飛。可是秦檜下令把人們送來的東西全部沒收，還逮捕了一些來探望嶽飛的人。
萬俟離誣蔑說，嶽飛在一次支援淮西的戰役中行動遲緩，可以定他貽誤軍機的罪。秦檜立即派人查找了皇帝下詔書的日期和嶽飛行軍的日期，沒有發現什麼問題，罪名還是定不下來。萬俟離陰謀施盡，束手無策了，秦檜也沒有了主意。
紹興十一年十二月二十九日上午，秦檜上朝回來，躲進了爐火燒得旺旺的暖閣裏，一邊剝柑子吃，一邊想著如何才能害死嶽飛的壞主意。他想來想去也想不出辦法來，心裏煩惱極了。柑子吃完了，柑子皮也被他撕成了許多碎片。這時候，他的老婆王氏走了進來。這個跟她丈夫一樣陰險毒辣的女人，看到秦檜這個樣子，露出一臉奸笑，陰陽怪氣地說:“我說老頭子，你怎麼越來越傻了。俗話說，捉虎容易放虎難哪!”她這話的意思是把嶽飛偷偷弄死算了。經王氏這麼一提醒，秦檜決定不再審判嶽飛了。他匆匆寫了一張字條給監獄的看守，叫他們在監獄裏害死嶽飛。當天夜裏，嶽飛被害，死時才39歲。接著，嶽雲和張憲也被殺害了。
臨安人民聽說嶽飛被害的消息，痛哭流涕，悲憤異常，都沒心思過年了。有些人在門口擺了香案，把本來預備祭神祭祖的供品用來祭祀嶽飛。
被罷了官的韓世忠聽說嶽飛被害，跑去責問秦檜，問他嶽飛犯了什麼罪？有什麼證據？秦檜回答說：“嶽飛父子和張憲的書信雖然沒有弄明白，但是謀反的事莫須有。”所謂“莫須有”，就是“或許有”的意思。韓世忠聽後十分憤慨地說：“這莫須有的罪名怎麼能使天下人服氣呢!”
嶽飛死後9年，正月裏的一天，一個名叫施全的小軍官，等秦檜上朝走到路上，突然向他行刺。雖然沒有刺中，卻使秦檜受到驚嚇，從此一病不起。紹興二十五年（1155年八這個惡貫滿盈的大奸賊終於病死，結束了他可恥的一生。
不久，金兵又大舉南侵，宋高宗在輿論的壓力下，想恢複嶽飛的名譽，但是遭到繼任宰相萬俟離的反對。直到萬俟離罷相以後，太學生程宏圖上書替嶽飛申冤，宋高宗才下詔書，給嶽飛在西湖邊上修了墳墓。後來到宋孝宗的時候，嶽飛的冤獄得到徹底的昭雪，完全恢複了名譽，並且被追贈“武穆”的封號。從此，人們就稱嶽飛為“嶽武穆王”。明朝時候，有人用生鐵鑄了秦檜、王氏、萬俟離、張俊4個奸賊的跪像，讓他們跪在嶽飛墓前向嶽飛請罪。幾百年來，凡是去瞻仰嶽飛墓的遊人，對嶽飛無限崇敬，對奸賊同聲唾罵。