隆慶三年（1569年）三月，海寇曾一本，勾引倭寇進犯廣東，攻陷碣石、甲子諸衛所。官軍禦之無功。明廷詔總兵郭成進行征剿。海賊、倭寇當時盤踞於平山大安峒，準備進犯劫掠惠州海豐，從鹿境渡河。當時，總兵郭成等剛率兵進剿，而南贛廵撫張翀亦派遣參將蔡汝蘭等率兵到來。於是諸軍一起向大浦、白雲屯進軍，在平山對曾一本進行夾擊。戰鬥持續了一個多月，至五月初，郭成所部和贛南各部明軍共擒斬海賊、倭寇1375人，內生擒真倭酋丘吉所1人、從倭100餘人，奪回了被擄掠的通判潘槐等600餘人，擒獲了叛將周雲翔，斬首以問罪，
隆慶三年（1569年）四月，海寇曾一本引倭寇千餘名劫掠閩、廣間，停泊詔安雲蓋寺、柘林等澳，勢益猖獗。明穆宗命閩廣總督劉燾兼兵部右侍郎往督三省師，會兵驅船進剿，又調總兵俞大猷、郭成、李錫等合兵會閩、廣，聯兵合圍夾剿曾一本。
隆慶三年（1569年）六月，俞大猷及李錫先與曾一本遭遇於柘林澳，戰於柘林澳、銅山洋、廣洋澳（即蓮澳）、雞母澳（即玄鍾澳）等地，三戰皆捷，俘斬甚眾；曾一本遯入馬耳澳，收編整頓殘部再次與明軍交戰。這時，廣東總兵郭成和參將王詔率領廣東兵趕到，與俞大猷及李錫會師萊蕪澳，分三哨向曾一本發動進攻。曾一本勢窮，自駕大舡舟拚命逃竄。六月二十六日，郭成率參將王詔等駕巨艦追擊賊船，一直追到海門外澳（蓮澳），當時曾一本擁有戰船數百艘，聲勢浩大，震動海門城。然而，曾一本賊船多為小船，明軍官船多為大船，且又順風，明官兵乘風勢用炮火轟擊摧毀了曾一本所駕的大船，再一次將他擊敗。王詔與其子一起生擒曾一本及其妻子鄭氏和族黨尾叔等。倭寇和曾一本部眾失去指揮，紛紛潰散，被官兵斬首700餘人，落水和死於火焚者數以萬計。戰鬥結束後，督、撫官向朝廷報捷，兵部認為閩、廣諸將相為掎角，功當並列。是役，潮州推官來經濟為監軍，潮州衛指揮周於體、潮陽知縣黃一龍等按部蓮花峰，協同作戰。“參將王詔子之野以生擒賊首曾一本，升授指揮僉事，世襲。”
隆慶三年（1569年）八月，通倭每海寇頭子曾一本被擒獲後企圖自殺以逃脫法律製裁，但末能得逞，於八月被處以磔刑伏法，其同夥尾叔等也被梟首示眾。至此，勾結倭寇侵擾廣東沿海數十年的吳平、曾一本海寇集團被徹底剿滅。
隆慶三年（1569年），兩廣都督吳桂芳移駐惠州，征討擾惠、潮倭寇，大破倭寇於鐵崗。
隆慶六年（1572年）二月，先是，廣東惠州通倭海寇600餘人破甲子門所，殺千戶董宗儒及軍民200餘人，掠200餘人以去，撫寇朱良寶等遂反；名色把總韓國、李時魁領兵禦之，賊夜襲破國等於程洋崗寨，殺20餘人、虜600餘人。至是，巡按禦史趙焞勘上其事言：“甲子門所城十年三陷，幾為丘墟；而程洋崗等寨切近寇巢，民不安枕。況海倭無歲不來，而撫寇桀驁日甚。乞責督、撫官亟圖善後之策。”
萬曆元年（1573年）初，因嶺東山賊倭患嚴重，明神宗因給事中李學一、禦史陳堂上表呈請，詔提督殷正茂大征嶺東諸寇。殷正茂督廣東，來到惠州。由於他持有葉萼所獻的賊勢地形圖，於是先檄各地巡守官畫地分守，徏遷瀕海謫戍之民於雲南及四川、兩湖，以絕倭寇向導；再令廣東總兵張元勳等往海豐追殺倭寇千餘人，然後移師平山。其時山賊曾仕龍等踞惠州烏禽嶂，阻山而守，負隅頑抗，。張元勳領兵出其不意，襲烏禽嶂賊巢，先後俘獲大賊首61人，次賊首600餘人，破大小寨700餘所，擒斬12000多人。
萬曆二年（1574年），廣東總兵張元勳征討潮州餘賊，平之。進而聯合閩將胡宗仁共平良寶黨、林鳳。是年冬，兩廣提督、兵部右侍郎殷正茂征討雙魚所倭寇，明軍城外設伏，大獲全勝，共計擒斬倭寇812人，少數逃匿倭寇，也被分別搜索抓住，滅無遺類。
萬曆二十六年(1598年)四月，倭寇大艦10餘艘進攻饒平縣柘林、碣石等地。五月十八日，惠潮兵備道副使任可容與勇士陳聰設奇兵伏擊，生擒真倭4名，賊首3名，通事1名，斬賊15名。
萬曆二十九年(1601年)倭寇船隻竄泊南澳。南澳總兵黃岡截擊，斬殺倭寇數十名。
萬曆三十三年（1605年），倭寇入侵廣東錦囊、欽州、南澳等地，為明軍擊所敗。
泰昌元年（1620年），倭寇戰船4艘進犯廣東烏豬外洋，為明官兵廣東水軍擊敗。
五、明代廣東沿海人民與倭寇侵擾劫掠的英勇鬥爭
頻頻發生的倭患倭亂，倭寇的長期侵擾劫掠禍害，給廣東沿海軍民造成了極大的生命財產損失，蒙受了深重的災難，激起了廣大軍民的深仇大恨和無比憤慨。不僅明軍廣大將士在戚繼光、俞大猷、湯克寬、殷正茂等抗倭將領的率領下，奮起英勇抗擊、征剿倭寇，與倭寇展開殊死戰鬥，而且在民間也湧現出了許多抗倭義士、抗倭英雄，以保家衛國為己任，以大無畏的精神，挺身而出，與凶殘貪婪的倭寇展開了殊死戰鬥，用鮮血和生命譜寫下了可歌可泣的抗倭詩篇，為中華抗倭史留下了閃光的一頁，至今仍在民間廣為傳頌。諸如：
據地方文史資料記載，在廣東揭陽市惠來縣靖海鎮，有一個以戎才貴為始祖的戎氏家族，祖孫十幾代前仆後繼世代抗倭，其事跡頗為感人。根據地方文史資料查考，戎氏先祖並非廣東惠來縣靖海鎮人，而是元代時遷移過來的。據惠來縣靖海鎮戎氏宗祠的資料記載，元代時，原居住在江陵郡（治所在今湖北省荊州市區）的一支戎氏，遷徙到應天府上元縣（今江蘇省南京市區）定居。元朝末年，倭寇已開始侵擾中國沿海。元惠宗至正七年（1349年），這支戎姓的後人戎才貴在上元充伍被派遣到當時的江西行省潮州路潮陽縣卵洲戍邊，抗擊倭寇，保衛海防。卵洲就是今天的廣東惠來縣靖海鎮區，在唐宋時已有漁民居住，因村落分布呈卵形，故稱卵洲。元惠宗時（1333一1368年），潮陽縣大坭都後表樓18個鄉裏受到了海寇侵擾，許多村民遷徙至卵洲定居。於是朝廷增派兵力加強潮陽沿海一帶的海防力量。戎才貴即是在此時充伍來到卵洲戍邊的。戎才貴以邊疆為家，在卵州結婚生子定居下來。卵洲地理位置險要，是海防重地，明朝建立後，明太祖洪武二年（1369年），廣東都司為防禦倭寇，在此設置守禦所，隸屬於潮州衛，設千戶總兵，統兵1121名。為平息寇患、安定海疆，取名“靖海千戶守禦所”，簡稱“靖海所”，卵洲這個名字自此便為“靖海”所替代。
雖然明朝已經建立，但倭寇的侵擾不僅並末停止，而且愈演愈烈。為了抗擊倭寇的侵擾，戎才貴的大兒子戎四瑤子承父業，也投軍從戎，扛起了戍邊抗倭衛鄉的重任。但洪武十五年（1382年），在一次奉命出海追擊倭寇的戰鬥中，戎四瑤壯烈犧牲。然而，在大兒子戎四瑤犧牲不幾年，洪武二十三年（1390年），戎才貴為保家衛國，又把二兒子戎佛仔送進了軍隊中去當兵服役。戎佛仔起初在家門口服役，不久就調至贛州衛駐守。洪武二十七年（1394年），戎佛仔被調回靖海所供職。戎佛仔是個力求上進的年輕人，在戍邊抗倭衛鄉上屢有建樹，調回靖海的第二年就“並槍有功升小旗”（每小旗轄10人），至明成祖永樂六年（1402年）時又“有功升總旗”（每總旗轄50人）。後來，戎佛仔退役後又將自己的兒子戎海也送進了家門口的守軍中去服役。永樂二十二年（1424年），戎海“有功，實授總旗官，世襲武略將軍”。自此，戎家開始世襲了靖海所領導職務。戎海年邁後，其子即戎才貴四世戎剛毅繼承了靖海所的領導職務。嘉靖八年（1529年），五世戎茂世襲了靖海所的領導職務，後來在深入粵海與通倭海賊周盛的激戰中英勇犧牲。嘉靖十五年（1536年），六世戎朝衣繼職，調長沙擒斬倭首二級，得賞銀三兩。嘉靖二十八年（1549年），戎朝敘繼職，在追捕山賊黃啟薦中陣亡。萬曆七年（1579年），七世戎文權繼職，任滿後，戎繼襲職，調廣西梧州身故。此後，先後襲職的有八世戎端、九世戎文植、十世戎啟敬、十一世戎鳳。崇禎二年（1629年）以後，十二世戎正、十三世戎衛宸、十四世戎繼葉相繼襲職，直至清朝十五世戎錦堂為止。戎才貴及其直係裔孫，280多年中十五代人世代相繼戍邊抗倭，保家衛國，堅決抗擊倭寇的侵擾，帶領士兵殺敵，家屬、親屬也隨軍出戰，在戰鬥中，許多人為國捐軀，曆史不會忘記他們，人民將永遠懷念他們。
在廣東沿海的抗倭鬥爭中，民間鄉宦士紳中的有識之士紛紛挺身而出，有的為官府出謀劃策，有的率領弟子參加戰鬥，有的籌措經費糧草支援守軍，有的帶領和組織廣大鄉民修寨守城，在抗倭鬥爭所發揮了骨幹作用。其中最為著名的有率領弟子和民眾保衛潮陽縣西臚鳳山寨的陳南野、保衛海陽縣唐湖鎮的劉子興、保衛潮陽縣城的名儒林大春和縣學教諭劉紱、諸生劉應望、義勇莊淑禮、胡世和等人。
廣東潮陽縣西臚鳳山在嘉靖三十九年（1560年）和嘉靖四十二年（公元1563年）先後遭受多次倭寇的侵襲，發生了多次激烈的抗倭戰鬥，留下了許多可歌可泣的抗倭英雄故事，其中最為感人的是陳南野率領子弟、鄉親英勇抗擊倭寇的事跡。陳南野名陳友仁，號南野，係潮陽縣西臚鳳山寨之鄉耆，在曆次鳳山寨的抗倭戰鬥中發揮了重要作用。據《陳南野保障鳳山序》碑文記載，“嘉靖庚申（嘉靖三十九年，1560年）倭夷入寇”西臚鳳山寨，陳南野挺身而出，率領子弟和鄉親與倭寇展開了殊死的戰鬥。“南野先倡子弟登（山寨），等倭寇舟泊（鳳山）下以石擊之，以銃斃倭酋，群矢射殺倭寇無數，逼倭寇連夜逃遁，此為首戰。越一月賊從錢岡渡水襲鳳山，複集鄉子弟擊之，獲賊騎二，奪輜重以歸，此二戰。又一月賊大舉來寇時，鄉人累捷氣益壯，無不一以當百，賊悉甚散去。有頃南野所居室毀於火，眾惻然歎息。南野曰：‘幸吾鄉無恙，家還恤乎!’”在前後三個月中，倭寇連續三次大舉進攻西臚鳳山寨，都被陳南野率領子弟和鄉親英勇擊退，取得三戰三捷的勝利，而他自己家的住房卻在戰火中被燒毀，眾鄉親都為他“惻然歎息”，但他卻說：“幸吾鄉無恙，家還恤乎！”其崇高的精神令人不勝欽佩。然而，倭寇並沒有就此善罷甘休，三年後，嘉靖四十二年（公元1563年）時，倭寇再次進犯潮陽縣時，又再一次來進攻西臚鳳山寨。當時，“倭寇之禍迤潮州潮陽縣北諸村裏，望風披靡”，而“獨鳳山一寨以鄉耆陳友仁賈勇督戰之力，所擊殺倭寇無數”，未被倭寇攻破。“由是倭憤甚，固不肯退”，將鳳山團團圍困了起來。由於相持了很多日子，寨中的鄉民人眾水竭，無法支撐下去，於是便從鳳山寨潰圍而出，結果陷於倭寇的重重包圍之中，鄉民大多被倭寇殺害，寨中房舍大多被焚毀。明隆慶《潮陽縣誌》卷六記載：“(鳳山)後癸亥(1563年)不幸為倭所破，聞者傷焉”。直到後來倭患平息後，鄉人才重新回到鳳山寨，再重建家園。
劉子興是嘉靖時潮州海陽縣唐湖鎮的著名士紳。嘉靖四十二年（公元1563年）一月，倭寇侵擾潮汕沿海，梅嶺海寇林國顯、吳平等引倭寇進犯海陽縣。唐湖是海陽縣的重要市鎮，是倭寇的覬覦目標，麵臨著倭寇侵襲的危險。就在這危急時刻，劉子興在防禦倭寇入侵唐湖鎮中發揮了核心性作用。在得知倭寇將來進犯時，劉子興挺身而出，主動肩負起了動員組織大家抵禦抗擊倭寇的重任。他“謀諸鄉耆老，建堡立甲，置柵設堠，鼓以勇義，申嚴約束，相率捍衛，民賴以寧居”。不久之後，倭寇逼近唐湖，劉子興“乃與鄉人約，視產高下，斂九則之金，以為防守之費”，他“相要害之處，重設柵閘，度可乘之隙，高築戰柵。率其丁壯，各分信地，更番防守”。正是由於在他的組織領導下唐湖鎮全體居民齊心協力嚴密防範倭寇的進犯，“以故倭寇之肆掠於鄰近村落者，警報日至，獨於是鎮迄不敢犯”。在他籌措防守經費時，有些人曾從中作梗，經他“諭以大義”後才“鹹樂信從”。正是由於劉子興富有遠見和擔當精神，及時發動民眾共同抗倭，組織起了鄉勇隊伍，建立了防禦係統，這才使唐湖鎮免遭了倭寇的劫難。
為保衛潮陽縣城不受倭寇侵犯作出貢獻的名儒林大春，係潮陽縣廓都（今汕頭市潮陽區棉城鎮）人，字邦陽，號石洲，世稱“井丹先生”，明朝嘉靖二十九年（1550年）登進士，官至浙江提學副使。嘉靖四十二年（l563年）三月，時任戶部主事的林大春正在家服母喪，倭寇由大海寇頭子吳平等引路，大舉進犯潮陽縣城。倭寇在潮陽城外焚燒民舍，發掘盜竊墳墓，擄掠一空；又造臨衝之車，環城而攻。大敵當前，潮陽縣城隨時有被攻陷的危險，林大春雖服母喪閑居在家，但豈能坐視不管。他立即挺身而出，投入到保衛潮陽縣城的抗倭防禦鬥爭中去。林大春召集鄉親和士紳商議，力倡距守，提議募集精兵協助守城，扼守潮揭古渡口，得到鄉親和士紳們的支持。於是，由縣學教諭劉紱、諸生劉應望等向知縣郭夢得轉達了林大春的建議和拒敵計策。縣令郭夢得采納了林大春的建議，令劉應望募兵。劉應望從達濠招募強悍善戰的義勇莊淑禮、胡世和等400餘人入城協助守城，分守四門。其時，倭寇已至城下圍城3日。劉應望獲悉倭寇分屯於城北蕭氏園一帶，便組織義勇手持藤牌，以鐵鏢、鳥槍與倭寇奮戰，大破倭寇於城北。當晚收兵回城後，為防倭寇反撲，義勇分守四門要害。當晚，倭寇以全部精銳轉從西南進攻縣城，架十道雲梯攀登城垛。義勇莊淑禮、胡世和等奮勇當先，拚死抗擊，多次擊退登城之敵，斬殺倭寇數十人，莊淑禮、胡世和各負傷十餘處，仍跳下城殺敵，再砍倭寇數人，不幸中鳥槍壯烈犧牲。莊淑禮的父親撫其屍說：“兒雖死，而城能保全，還有什麼遺憾呢！”並忍痛令他的幼子也上城參加抗擊倭寇的戰鬥。之後，倭寇改用沙包填壕，用其所造的“臨衝之車”擬再登城。義勇們則以鐵鉤、括囊盛鬆香油蠟焚燒臨衝之車，殺敵一批。縣城南靣臨水，方舟可渡，倭寇置連軸車於船上，鼓噪衝鋒。義勇們便乘夜潛於水中，以亂石塞於船下，使其不能前進，城上義勇再以炮擊之，倭寇車船均被摧毀。城南陳氏有小山，旁有一株高數丈的鬆樹，倭寇結巢於樹梢，居高臨下窺視城中守兵，守兵稍不注意，便被倭寇施放的暗箭所傷，因此，城南一帶行人斷絕。後來義勇發現了這一賊巢，便招了一個少年神槍手，隱蔽於城上，用鳥槍三發三中把鬆樹上守望襲擊明軍的倭寇打死。倭寇攻城屢攻不下，但無計可施。潮陽縣城內的明軍和士民與倭寇對壘，死守40餘天，直到四月，巡海道副使劉存德率領家兵來支援，倭寇才潰退。倭寇圍城40多日一無所獲，心有不甘，便轉而劫掠竹、直兩都，所到之處劫掠一空。潮陽縣城轉危為安，幸免於難，百姓都感謝危急時刻挺身而出的林大春、劉應望和義勇莊淑禮、胡世和等人。