嘉靖三十七年(1558年)十月，禦史王鈁到潮州，適逢倭寇襲擊占據饒平縣黃岡鎮，於是王鈁即從潮州府調兵分數路來援，調集官兵，命副使林懋和知府李春芳、參將鍾紳秀，分路出擊圍剿，大敗倭寇，俘斬倭寇共146人，餘寇倉皇潰逃。
嘉靖三十八年(1559年)一月十八日倭寇騎兵襲擊黃岡城，圍城數日，城內軍民英勇抗敵，挫敗寇兵。
嘉靖三十八年(1559年)十月，倭寇肆掠揭陽鳳山、錢崗諸村。倭寇300餘人自浙、閩由海寇勾引至海門，燒船登岸，進攻廣東揭陽縣城，被守城軍民擊退，遂轉而竄掠竹山都鳳山諸村寨。時揭陽鳳山雖已置寨，但仍人心惶惶，南野挺身而出，號召鄉民子弟行動起來，並身先士卒，背起弓箭登上寨樓，鄉耆也決心死守，莫不率子弟跟隨南野。倭寇戰船停泊於揭陽鳳山山寨之下，南野指揮鄉民居高臨下以石頭打擊敵人，複以火銃、弓箭射擊，斃敵酋，殺死倭寇無數，逼其連夜撤退。
嘉靖三十八年(1559年)十一月，又有倭寇千餘人從達濠河渡門入揭陽牛田洋，會同海寇許朝光侵掠海門、南澳、黃岡、揭陽等地，從錢岡渡水襲鳳山，南野集合鄉民子弟予以迎擊，打退敵人侵犯，繳獲馬兩匹、輜重一批。倭寇、海寇被官兵追殺至石碑澳，下海而逃，遂轉掠和平、赤寮以及棉湖等地。
嘉靖三十八年（1559年）十二月，倭寇進犯潮州辟望港、下外莆都，又竄犯和平橋、赤寮，後抄掠揭陽棉湖寨與惠來甲子鎮，駐守潮州的軍門派遣肇慶同知呂天恩和襝事經彥米率鄉兵合擊倭寇，斬賊首領一人，共俘斬倭寇380多人，倭寇大敗。
嘉靖三十九年(1560年)一月，倭寇又大舉進攻廣東揭陽鳳山，由於鄉耆陳南野指揮有方，屢戰屢捷，鄉民子弟士氣高昂，無不以一當百，殺賊無數，倭寇怨恨撤退，移屯揭陽貴山都貴嶼，都指揮武尚文率領官兵、鄉勇奮勇抵禦，連戰皆捷，俘、斬倭寇390多人，兵，倭寇被擊潰，敗退流劫隆井都古埕。事後，邑紳林大春應鳳山鄉眾之請，為鳳山三戰三捷撰記碑文《陳南野保障鳳山序》。
嘉靖三十九年(1560年)二月，倭寇集結6000餘人，流竄劫掠潮州等處，在大窖橋為官兵奮勇阻擊而潰逃。
嘉靖三十九年(1560年)四月，潰逃的倭寇再次集結流劫潮州，又為官軍會擊，兩次共殲滅倭寇1160多名；
嘉靖三十九年(1560年)六月十六日淩晨，福建省詔安山的鍾大有與倭寇相呼應，帶2000人侵入揭陽縣城，署理縣事的潮州府通判翁夢鯉率府兵及城中軍民抵禦，黎明四方鄉勇來援，擒鍾大有等74人，斬首116級，餘眾潰逃。
嘉靖三十九年(1560年)十一月倭寇犯潮州饒平縣宣化都上裏(今大埕鎮上東村，土舍王真率兵迎敵，不幸中銃陣亡。
嘉靖四十年(1561年)一月初一日，四都（福建詔安縣梅嶺)人海寇吳平，勾引倭寇5000人洗劫潮州饒平縣東裏大城所，盤踞30多天．殺害鄉民難以數計，城內屍體塞道，財物被劫，東裏累世儲積文史、圖籍、家譜、前賢著作均被焚毀。吳平是漳州梅嶺大盜林國顯的侄女婿，林早年去過日本，後猖獗活動於閩、粵、台之間。吳平早年從倭後自立山頭，發展至萬人，與倭寇互相勾結，橫行粵、閩交界處。
嘉靖四十二年（公元1563年）一月，倭寇侵擾潮汕沿海，梅嶺海寇林國顯、吳平等引倭寇進犯海陽，不久入侵揭陽官溪，直逼縣城南關，駐紮於潮尾村，窺城數月。守兵日夜防守，等候援兵，海陽遠近百姓十分驚慌，室如懸磐，直至調大井鄉勇才擊敗賊兵，倭寇轉犯潮陽，搶劫潮州饒平縣宣化都上裏。
嘉靖四十二年（1563年）一月，倭寇進犯廣東惠、潮兩府之黃岡、大澳等處，登岸肆掠。時惠州賊伍瑞等大肆殺掠，特設申威道，以方逢時為申威道副使，巡視惠州。
嘉靖四十二年（1563）三月，倭寇由福建省詔安縣四都人海寇吳平等引路，大舉侵犯潮陽縣城。在家服母喪的戶部主事、邑人林大春倡議募達濠莊淑禮、胡世和等義勇400多人協助守城。知縣郭夢得協同士民守禦。死守40天，殺倭甚多，莊、胡陣亡。至巡視海道副使劉存德率家兵來援，倭寇才潰逃。
嘉靖四十二年（公元1563年），倭寇進犯潮陽縣北諸村裏。由於倭寇人多勢眾，極為凶悍，所到的村裏大多“無堅壘矣”，因此很快就被攻破，倭寇望風披靡。而唯獨鳳山一寨靠鄉耆陳友仁賈勇督戰之力，擊殺倭寇無數，未被倭寇攻破。由是倭寇憤甚，將鳳山團團圍困起來，一直不肯退兵。由於相持日久，寨中的鄉民人眾水竭，無法支持下去，於是便潰圍而出，結果陷於倭寇的包圍中，全部被殺害。
嘉靖四十三年（1564年），三月，歸善海寇伍瑞、溫七作亂，打敗惠州參將謝敕。未幾，俞大猷改鎮潮州，溫七被擒，盜首伍端自縛請降，求殺倭自效，俞大猷乃與總兵受其降。此時，活動在福建的倭寇流竄到潮州地界，到春汛時，又有一萬多倭寇共計20000多人入侵潮州，後來又流竄到惠州等地，大肆燒殺擄掠。由於潮州倭患空前嚴重，為了防禦和消滅這股倭寇，明廷調派俞大猷出任廣東總兵。由俞大猷以統帥的身份與兩廣提督吳桂芳等將領率狼兵45000人和從福建等地調集來的15000餘人，進攻盤踞於鄒堂（今屬揭東縣地都鎮）的倭寇，進行圍剿。，俞大猷派伍端為前驅討倭，官軍繼之，將倭寇團團圍於鄒堂，四麵舉火，一夜連破倭寇三巢，焚斬倭寇400多人，與倭寇初戰便俘斬倭寇1100多名，取得“鄒堂之捷”。倭寇在鄒堂的三大巢被明軍攻毀後，在沿海已無立足之地，便沿揭陽逃往揭陽內地和普寧，占據氵戎水（今屬普寧市軍埠鎮）、烏石和蘆清，為犄角，築剿固守。兩廣提督吳桂芳與南贛汀漳巡撫吳百朋聯手追剿，總兵俞大猷欲先專力進攻氵戎水，又考慮蘆清倭寇出兵相救夾擊，或許會聯合烏石之寇流竄突圍，因此調配兵力，列陣抵擋蘆清之敵，一麵又嚴肅軍紀，命令另外調集兵力進攻氵戎水。此時倭寇死守閉門不出，俞大猷便邊假裝收兵退卻，誘倭寇出巢來追，便又回頭掩殺，結果倭寇敗潰，明軍官兵四麵追殺，斬首1400餘級，取得“氵戎水之捷”。
嘉靖四十三年（1564年）四月，蘆清和氵戎水等處潰敗的殘倭膽戰心驚，日夜拚命奔逃二百多裏路，逃到廣東惠州海豐城東龍山。然而俞大猷已布置狼兵在此堵截，於是殘倭折向甲子、崎沙等島澳，搶奪漁船入海逃竄，途中遇到暴風雨，漁船大都翻沒，僅剩二千多人，留屯於海豐金錫都。俞大猷親自率領官軍四麵圍攻，相持將近二月，倭寇食盡思遁。
嘉靖四十三年（1564年）六月，副總兵湯克寬伏兵於大埔察窖口等待企圖出海逃遁的倭寇，以逸待勞。倭寇到來後明軍伏兵突發，倭寇大驚四奔，湯克寬力斬三個酋首，參將王詔等官兵隨後追殺，倭寇大敗，被擒斬1313名，殘倭從大德港奔潰下海，又陸續被擒斬662名，餘下的殘寇，奪船竄逃出大海，在海上忽遇颶風，三日內船翻沉沒而溺斃殆盡。
嘉靖四十三年（1564年）九月，經過俞大猷與吳桂芳等名將聯手擊倭的數月戰鬥，這股2萬餘人侵擾劫掠廣東潮州、惠州的倭寇終於基本被剿滅。鄒堂、氵戎水、海豐三大捷重創了潮州、惠州的倭寇，從此倭寇由強轉弱，餘倭已無力單獨侵擾搶掠，隻能附庸於潮州海寇吳平、曾一本、林鳳和林道乾等團夥一起為非作歹，雖然繼續為害潮州、惠州，但局勢已變，隨著嘉靖四十四、四十五年重創吳平，隆慶三年擒殺曾一本，萬曆初大敗林鳳和林道乾等，潮州、惠州倭禍漸熄。
嘉靖四十三年(1564年)六月，俞大猷又大破南澳與倭寇勾結的大海寇吳平。吳平被迫投降俞軍，但不久即降而複叛，召集亡命徒及海寇造造戰艦數百艘，聚眾萬餘，攻擊明軍，行劫濱海諸郡，其間曾攻陷梅洲、厚廣土堡，並出動千名武裝圍攻詔安縣城。
嘉靖四十三年(1564年)八月，與倭寇相勾結的海寇頭子吳平糾殘倭流劫惠州海豐，大舉進犯廣東惠州、潮州，率眾竄擾沿海村寨，攻陷神山、古埕等地。巡撫汪道坤命戚繼光征討，戚繼光令部將傅應嘉率水師自浯嶼（今屬福建漳州）至梅嶺外海，自率陸軍自福建漳浦向梅嶺疾進。吳平從海上向廣東流竄。傅應嘉和廣東參將湯克寬合擊吳平於大潭澳，擊沉吳平戰船20餘艘，吳平逃入粵閩海域的南澳島。
嘉靖四十三年(1564年)十二月倭寇自福建雲霄襲占廣東惠州黃岡。黃岡在嘉靖二十七年(1548年)時曾築城，城牆內外用條石砌成，周長1200餘丈，設東、西、南、北四門，但此時被倭寇攻占。
嘉靖四十四年（公元1565年）春，南澳島位於廣東、福建、台灣三省交界海麵，地理條件十分優越，是航運樞紐和軍事要地。海寇頭子吳平被戚繼光、俞大猷擊潰後，便率眾退守南澳島，在此安營紮寨，並用計驅除了島上其他的海寇勢力，獨霸了這個航運、軍事要衝，同時與附近駐屯的倭寇遙相呼應。由於吳平所占據的南澳島位置十分重要，其造成的危害極大，故引起了明廷的關注，嘉靖皇帝“詔閩、廣會師討之”，閩廣兩省奉命會兵圍剿。戚繼光、俞大猷受命收複南澳島，率兵剿滅吳平匪幫。吳平雖出身草莽，但其頗有軍事素養，他在島上選擇了地勢險要、位置巧妙的地方建築城寨工事，企圖與戚、俞兩軍相持。
嘉靖四十四年（公元1565年）八月，俞大猷奉詔率舟師3萬人與閩浙總兵戚繼光率兵5000人前往南澳圍剿吳平。戚繼光令部將傅應嘉率水師自浯嶼（今屬福建漳州）至梅嶺外海，自己則率陸軍自福建漳浦向梅嶺疾進。戚家軍進至詔安地區，時俞大猷所率之廣東軍隊尚未到達。戚繼光征用大批漁船，載石沉塞港口，調戰船環列烈嶼、宰豬、大沙等港口，對南澳島進行封鎖，切斷了吳平的海上逃路。
嘉靖四十四年（公元1565年）9月22日，戚家軍在龍眼沙登陸成功。9月25日，吳平主動進攻龍眼沙，戚家軍一麵迎戰，一麵撒出勸降檄文，吳平黨羽紛紛棄械投降，敵軍陷入混亂，戚家軍乘勢猛攻。此時俞大猷、湯克寬等分乘戰船300餘艘及時趕至南澳島，兩軍會師，聲威更振，此戰大勝。
嘉靖四十四年（公元1565年）十月，戚、俞兩軍水陸夾擊南澳島，俞大猷率領軍隊主力正麵攻打吳平與倭寇。而戚繼光親率3000人，暗中從雲蓋寺出發，砍割叢林草莽，經3天辟通了今雄鎮關一帶山路，直插深澳，布列陣勢，銃炮齊發，以三路分進合擊，直搗敵營，使吳平與倭寇賊眾都以為明軍是從天而降，慌亂成一團，手忙腳亂倉皇應戰，經一日一夜激戰，明軍共俘斬倭眾3000餘人。吳平倉促奪船逃遁入海，又遭俞大猷水師打擊，僅剩800餘殘寇出海而逃。俞大猷、湯克寬、傅應嘉跟蹤追擊，直至廣東雷州、廣西廉州（今合浦）一帶外洋，倭寇海賊一舉被殲，吳平潛遁。
嘉靖四十四年(1565年)秋戚繼光率師入南澳清剿吳平，吳平敗逃入鳳凰山，繼而敗走安南(今越南一帶)。後來在俞大猷部的追剿下投海自盡。翌年（公元1566年）4月，吳平殘部輾轉至安南（今越南）萬橋山，終於被戚、俞所部全部殲滅，南澳戰役宣告結束。廣東惠州、潮州間抗擊征剿倭寇連續的幾大戰役，既重創了倭寇的有生力量，又消滅了與倭寇裏應外合相勾結的海寇山寇，鏟除了引倭的一大禍根，沉重地打擊了倭寇。
嘉靖四十五年(1566年)，大海寇吳平的餘黨海陽人(一作詔安人)曾一本，雖曾與吳平一起受撫，安置於潮陽招收都下澮（今汕頭市河浦區），沒多久又叛亂。吳平死後，曾一本繼吳平之後成為海寇集團主要首領，聚眾數萬，再次占踞南澳。
嘉靖四十五年(1566年)，另一海寇頭目林道乾登上詔安走馬溪岸，進攻山南村堡。海寇頭目曾一本亦統領海船百餘艘在泊浦澳登陸，劫掠港口等村堡。
四、廣東沿海是明代後期倭患倭亂的最後重災區
在“嘉靖大倭寇”基本平息，明朝進入後期後，中國沿海的倭患倭亂出現了一個新的變化。由於“嘉靖大倭寇”暴發時，明軍在江、浙等地對倭寇進行了較大的打擊，浙江、江蘇的的防衛得到了很大的加強，增加了倭寇入侵的難度，因而到明後期隆慶、萬曆時期，江、浙沿海的倭患倭亂開始逐步明顯減少，倭寇轉而將侵擾劫掠重點轉移到了廣東和福建沿海，廣東境內亦商亦寇的海寇船主要停靠在粵閩交界的南澳，粵東的惠州、潮州兩府是海寇最活躍的地方。因而廣東和福建沿海，尤其是廣東沿海，倭患倭亂加劇，數量遠超江、浙沿海，成為中國沿海倭患倭亂的最後重災區。據陳懋恒《明代倭寇考略》中“沿海各省之倭禍”的不完全統計，在隆慶年間，中國沿海地區共發生大大小小倭患倭亂24次，其中有21次發生在廣東沿海；在萬曆年間，中國沿海地區共發生大大小小倭患倭亂24次，其中有9次發生在廣東沿海。諸如：
隆慶元年（1567年）是年，大海寇吳平餘黨曾一本聚眾數萬，引倭寇流劫廣東、福建沿海，搶劫大埕，被參將張元勳打敗。
隆慶二年(1568年)，海寇曾一本勾結餘倭侵犯劫掠廣東饒平和福建詔安。副總兵張元勳領兵由陸路截殺於鹽埕，斬首300餘級；繼又大敗曾一本於大牙澳，斬首300餘級。
隆慶二年（1568年），倭寇分道犯廣東化州、石城縣，攻破錦囊所，殺千戶黃隆，又攻陷神電縣城。一時吳川、陽江、高州、海豐等，並遭焚劫。而山寇黃朝泰等趁機複起，勢甚猖獗，官兵不能禦。廣東提督軍務侍郎殷正茂以聞，自劾待罪，兵部以正茂初至任，宜赦，弗問。為此，明穆宗特下旨說：“廣東舊賊未至，新倭複熾，至陷城池，皆守臣向來怠廢玩愒，守禦無策所致，罪不可宥，通候事寧核治。殷正茂素有才略，茲初任事，其督率將領、司道等官，悉力驅剿，務期蕩滅。其地方機宜，悉聽破格整理，敢有梗撓者，奏聞重治。”
隆慶二年（1568年），廣東倭寇入犯新寧、高平等處，明官兵與倭寇戰於外村島嶼，皆捷，俘斬200餘人，焚、溺死者甚眾。兩廣總督殷正茂奏撫民許瑞出兵攻剿倭寇，生擒78人，斬首25級，請授把總職銜，以示優異。兵部謂廣盜未清，姑厚其賞，令盡剿諸賊，乃並授官。上命如部議。
隆慶二年（1568年）二月，有倭寇200多名，突然闖到外砂南灣，棄舟登岸，想作殊死攻寨劫掠，外砂鄉民群起抵禦阻擊，結果倭寇陷入重重包圍之中，200多人全被擊殺。
隆慶二年（1568年），倭寇流竄進犯廣東惠州海豐，巡撫熊桴到惠州，派遣參將王詔、耿宗先分兵前去抵禦。倭寇到來後，耿宗先部將周雲翔還未與倭寇交戰就先逃遁了。雷瓊參將耿宗元禦下素嚴，及是聲言欲斬敗將；周雲翔、廖鳳、曾德久、廖廷、相雲翔等大懼，乃謀作亂。在耿宗元閱兵於教場時，周雲翔等忽鼓噪躍起，手刃耿宗元，抓了通判潘槐，在夜間率領其三千部眾叛逃去投奔了倭寇，與倭寇合為了一夥。
隆慶二年（1568年），倭寇入侵廣東陸豐甲子所（今陸豐市甲子鎮）。甲子人民同仇敵愾，和守備軍官兵一起共同抗擊倭寇。但因守軍千戶馬壽麻痹大意，輕敵鬆防，以致甲子城被攻陷，甲子居民慘遭殺害，連龍溪都一帶人民也牽連遭殺害。此役馬壽因輕敵失職，終被官府治以失職罪而下獄，不久，死於獄中。