然而痛苦已在叩門，1796年至1800年間，他的耳朵日夜作響，他的內髒也受劇烈的痛楚折磨，聽覺越來越衰退。開始的好幾年中，他瞞著別人，連最親密的朋友也不說；他避免與人見麵，使他的殘疾不致被人發現；他獨自守著這個可怕的秘密。後來，他不能再沉默了，他絕望地告訴了他的兩個朋友--韋該勒醫生和阿芒達牧師：“我的最高貴的一部分，我的聽覺，大大地衰退了。當我們同在一起時，我已覺得許多病象，我瞞著；但從此越來越惡劣……還會痊愈嗎？我當然如此希望，可是非常渺茫；這一類的病是無藥可治的，我得過著淒涼的生活，避免我心愛的一切人物，尤其是在這個如此可憐、如此自私的世界上！……我不得不在傷心的隱忍中找棲身！”
在肉體的痛苦之上，又加了另一種痛苦--愛情的挫折。他對於愛情的神聖抱著毫無假借的觀點，但他一生卻做了愛情的犧牲品，他不斷地夢想著幸福，然而卻不斷幻滅，隨後是悲苦的煎熬。1801年，一個姑娘闖入了他的生活，這就是貝多芬曾題贈著名的《月光奏鳴曲》的琪麗哀太·琪卻爾弟。他們曾彼此相愛，但這段愛情卻使貝多芬付出了很高的代價。愛情使他格外感到自己的殘廢和境況的艱難，以至於他無法娶他所愛的人，而琪麗哀太的風騷、稚氣和自私使貝多芬苦惱，兩年之後，她嫁給了一個伯爵。這打擊是摧殘心靈的，尤其是貝多芬由於疾病而使心靈變得虛弱的時候，狂亂的情緒更有把他毀滅的危險。他一生隻有一次，似乎到了癲狂的關頭。他給兄弟卡爾與約翰寫好了遺囑，注明“等我死後開拆”。他差不多要結束他的生命了。
可是貝多芬並沒有屈服，他頑強地活著，他的剛毅的天性沒有遇到磨難就屈服。他說：“我要扼住命運的咽喉。它決不能使我完全屈服……”
他的愛情、痛苦、意誌，他的時而頹廢時而驕傲的情緒，都反映在他的一係列的作品裏，有《悲愴奏鳴曲》，有附有葬禮進行曲的奏鳴曲，有悲壯慘痛的宗教歌……但是他的心靈並不安於愁苦，他的苦痛時期的作品也有歡悅的樂曲，反映青年人天真、熱烈的愛情。他渴望愛情和幸福。
他的作品中有幾部進行曲，節奏感十分強，當拿破侖大軍兵臨貝多芬居住的維也納城下時，他寫下了《英雄交響曲》，最初的手稿上寫著“波拿巴”這個題目，他把拿破侖當做理想中的革命天才，當拿破侖稱帝的消息傳來時，他說：“他也不過是一個凡夫俗子”。
1806年，貝多芬寫下了《第四交響曲》：一朵精致的、蘊藏在他一生中平靜日子的帶香味的花。這一年5月，他和丹蘭士訂了婚，丹蘭士是琪麗哀太的表妹，當她還是個小姑娘時，跟貝多芬學習鋼琴。他們的愛情十分熱烈而動人，但最後的結局是他們的婚約毀了。
10年後，貝多芬還說：“當我想到她時，我的心仍和第一天見到她時跳得一樣劇烈。”在貝多芬晚年，一位朋友無意中撞見他擁著丹蘭士贈給他的畫像，高聲地自言自語：“你這樣的美，這樣偉大，和天使一樣！”
1814年是貝多芬榮耀的頂點，在維也納會議上，他被看做是歐羅巴的光榮，他在慶祝會上非常活躍，親人們向他致敬，而他則聽任他們追逐。
在此榮光之後，接踵而來的是最悲慘的時期，他的耳朵完全聾了。從1815年冬天起，他和人們隻有紙上交談。1822年，貝多芬要求親自指揮最後一次預奏，顯而易見，他完全沒聽見台上的歌唱，他把樂曲的進行延緩很多。當樂隊跟著他的指揮棒進行時，台上的歌手自顧自地匆匆向前，結果全局都亂了。平時的樂隊指揮不得不提議休息一會兒，重新開始後，同樣的混亂又發生了，沒有人忍心對他說出真相；大家默不做聲，他的好友在他的談話手冊中寫道：“懇請你勿再繼續，回去後再告訴你理由。”
他一口氣跑回家，倒在便榻上，直到晚飯時分。用餐時，他一言不發，保持著深深痛苦的表情。然而，頑強的貝多芬並沒有屈服。
在痛苦的深淵中，貝多芬更加執著於歡樂，他要把歡樂作為他作品的結局，直到他生命的最後日子，在《第九交響曲》中，終於完成了這樁心願。在這沸騰的樂章裏，我們可以聽到貝多芬的氣息，他的呼喊，活現出他在田野間奔馳，如醉如狂，激情鼓動，仿佛整個人類都向天空張著手臂。
1827年3月26日，他在暴風雨和一聲響雷中，永遠地離開了這個世界。