公元前197年九月，陳希舉兵反，劉邦禦駕親征，命蕭何協助呂雉留守長安，淮陰侯韓信試圖與陳豨裏應外合，在長安舉事。翌年正月，蕭何幫呂雉擒殺韓信，然後派人北上，報告遠在邯鄲前線的劉邦，劉邦誇讚了蕭何一番，接著派人趕回長安，宣布他的嘉獎令：晉升蕭何為相國；益封五千戶；增派五百名衛士，由一名都尉率領，加強對相國的保衛。與丞相相比，相國的職權沒有什麼變化，所不同的隻是印綬不一樣，相是金印紫綬。相國是金印綠綬，從名稱上說，相國更尊貴一些。加上新封的五千戶，總數已達一萬五千戶。經過長期的戰亂，漢初人口銳減，曲逆(今河北完縣)昔日有數萬戶，卻後餘生者僅五千戶，劉邦見了還驚歎不已，說除了洛陽，就數曲逆富庶了。蕭何的食邑，至少在三四個縣。相府有衛士，人數不詳，現在又加派五百人，對一個臣子來講，這是難以想象的殊榮。
消息傳出，留在京城的大小官員紛紛來道賀。
就在相府一片喜慶時，召平卻前來吊唁，此君秦時是東陵侯，富貴一時，秦亡，他的侯爵也沒了，以種瓜為生，種的瓜很有名，人稱“東陵瓜”。蕭何活得好好的，為何卻來吊唁？他解釋說：“相國大難臨頭了！您想一想，皇上征戰在外，您留守京城，沒有槍林矢雨，卻給您增加衛士，這是何故？那是因為淮陰侯謀反，皇上對您也放心不下。增派衛士，不是來保護您的，是來監視您的。如果相國上書辭謝封賞，再把家產全部捐出來，以助軍用，皇上就會轉憂為喜。”
蕭何依言而行，果然博得劉邦的歡心。
不過，僅僅過了七個月，蕭何又遇上了一次“信任危機”。
這年七月，淮南王英布舉兵造反。消息傳到長安，劉邦正在病中，此時他已六十一歲了，多年的戎馬生涯，使他的健康受到了損害，這次他不打算禦駕親征，準備讓皇太子劉盈掛帥。此時的劉盈，地位不穩，劉邦最寵愛的戚夫人大吹枕邊風，要劉邦立他的兒子劉如意為皇太子。有人告訴呂雉，劉盈掛帥出征，一旦失利，便會給戚夫人以可乘之機。呂雉便跑到劉邦病榻前，說那英布乃一代梟雄，太子豈是對手，必須皇上親自出馬才行，皇上龍體欠安，可以躺在車上指揮作戰。她一邊哀求訴說，一邊痛苦流涕，哭得劉邦心煩，遂決定禦駕親征，讓蕭何和呂雉留守長安。車駕東進，劉邦越來越擔心蕭何：此番抱病出征，凶多吉少，他會不會趁機搞些小動作？果真如此，劉氏江山就危如累卵了。劉邦越想越後怕，隻好不斷地派人回去偵探蕭何的動向。
不久，蕭何就發覺有密探在監視他。為了取信於皇上，蕭何隻好加倍小心，努力工作，安撫百姓，又像上次一樣，捐獻家產助軍。“相國離滅族不遠了。”一個慕僚對蕭何說，“您位居相國，勳臣第一，還能再往上提升嗎？相國一入關中，就得人心，如今已十多年了。百姓都擁戴您，而您還在做一些爭取民心的工作。皇上之所以多次派人探視，就是怕您有什麼動作。您為什麼不買地買房放高利貸，自己搞臭自己？如此，皇上才能放心。”確實，蕭何越克盡職守，名望就越高，劉邦就越不放心。
蕭何采納了這個幕僚的高見，用低價強買百姓田宅數千萬畝，價格之低，如同強取豪奪，百姓大罵“貪官”，怨聲載道。
劉邦鎮壓了英布的叛亂，回到闊別十多年的故鄉。他的車駕一過漳關，就不斷有人攔駕告狀，說蕭何如何如何強奪他們的田宅，懇請皇上嚴懲那個大貪官。劉邦越聽越高興，蕭何來迎駕，他大笑著說：“相國這樣做才是有利於百姓。”說完，把那一大捆百姓控告蕭何的竹簡都交給蕭何，讓他自己去處理。
蕭何“自汙”，暫時讓劉邦放寬了心，君臣相安無事。
過了兩個月，蕭何看到長安周圍地區人多地少，民生艱難，就奏請劉邦把上林苑中的空閑土地分給無地少地的農民耕種，免收租稅。本來，這是一樁既對貧苦百姓有利，又對穩定劉氏皇朝統治有益的建議，作為當國丞相，蕭何提出這樣一個建議是職權內的一件小事。誰知，劉邦聽後大發雷霆，指著蕭何大罵：“你收受了商人的賄賂，竟然來替他們要我的花園！”當即下令逮捕蕭何。