這部巨著開始寫作到付榨問世曆時三十年。其間，顧祖禹享述甚勤，處己極嚴，每天自定寫作進度，若因故有所耽擱，必之而後安。為了激勵自己，他在居處自題一聯：“夜眠人靜後，異起鳥先啼。”康熙四年顧柔謙病逝，死前他念念不忘成書之誌，叼祖禹於病榻前，勉勵他不必計較“道時不遏”的處境，專力於完成他的未競之誌。最後長歎道：“餘死，汝其誌矣”顧祖禹伏迅嗚咽而答；‘子雖不敏，絕不敢忘記父親的教誨。”這年顧祖禹三十五歲，由於貧賤憂戚交加，大病了三年。病愈，他不忘父訓，吮筆台毫又繼續投入了寫作。
顧祖禹後半生依然過著“既無負廓之產，又乏中田之廬，寄食底下”的貧困生活，繼續以教書為業，“問籍資於請教”。寫作所雷的大量書籍，主要靠借問。每當他“遊曆所至”親朋好友處，“惟有借書，隨時抄纂。”經濟的拮據，使他難以有更多的實地考察機會，他常歎息自己“上不能涉江逾河，登五嶽探禹穴，窮天下形勢：次不能訪求故者，參稻博識。咽但他還是利用一切出門的機會，進行野外考察。凡舟車所經，“必覽城郭，按山川，稽裏道，問津關，”並且不恥下問，常與外埠商人、遠歸的戍邊兵士“從容談論y考核異同，吧開展調查研究。他以自己的勤奮，通過博覽群書，仔細考訂來彌補不能野外考察的不足，經常獨身閉一室之中，心周行大地九萬旦之內外，別真偽，察秋毫，手畫口宣，軍事史的重要參考文獻。
該書共一百三十卷，首叔曆代州域形勢，再及明末清初省、府、州、縣疆域、沿革、名山、大川、關隘、古跡等。著重考訂古今行政區劃的變遷和地理形勢的戰守利害。其寫作特點是不同於徐霞客、顧炎武等地理學家著重於進行廣泛的野外實地考察，而主要依靠大量的曆史文獻資料。遠追《禹貢》、《職方》，近考春秋曆代之文，旁及稗史野乘之說，參考了二十一史和百餘種地方誌，可謂廣稻博采。過固然與顧祖禹因經濟原因，不具備進行更多的野外考察機會有關，也與他研究地理的方法論有關。他認為一個人不可能走遍天下每一個角落，所見所聞總有局限，有時還可能出現“不識廬山真麵目”的情況。他利用文獻考核糾正了不少前人的錯誤記載。例如：遼代二百餘年間都城有一次遷徒，隻因末正式宣布過遷都，記載多有忽略，顧祖禹昏決賽五過來。他還糾正了認為金沙江是龍川江別名、把滇池當洱海的錯誤記載。
《讀史方輿紀要》的最大特點，是講求輿地學的經世致用。他像當時很多學者一樣，深感空言誤國，主張務實治學。該書總敘明確指出了著述目的在於“垂之後世，俘覽者有所考鏡。上可助君臣治國安邦，下可為士農工商經營與行旅提供指南。使讀者不分貴賤，都能有所榨益。他很具體地分析道：“天子因內撫萬民外撫四夷”，固“枝幹強弱之分，邊腹重輕之勢”不可不知；宰相佐天子，於“邊防利病之處，兵戎措置之宜”不可不院；百司為天子綜？，萬物，不可不知“財賦之所出”；監司守令等地方官，更應了解所屬地區疆域形勢、山澤桑田水利和風俗民情各種情況；就是百姓四民，也應知水陸行旅形勢，以避險趨夷。這樣，既可作到“世亂則由此佐折衝，鋤強暴；平時則以此而經邦國，理人民。他待別痛惜地總結了明亡的教訓：“任國事者”於“憫然無所適從中”，將宗廟社程“束手而隻於他人。”
《讀史方輿紀要》一書特別突出了軍事地理的地位，不重名山！和名勝古跡的記敘，而重地理形勢對戰守攻取難易的分析，不論隕一卷都明確貫穿著軍思想。每省卷首都論及疆域山川形勢在軍事上的重要性，每敘入；！城鎮、山川、關隘、橋、捍也都少不了論及軍事上的地位。他十分強調直隸在護衛京師方麵的重要性。這些大都被後來的戰爭史所一一證明。
顧祖禹地學觀點的另一特點是能比較好證地認識人與地理的關係，沒有盲目地陷入地理決定論。他認為，從根本上看，地理條件的作用是從屑的，起決定作用的因家是人和社會。他以函穀關和劍閣為例指出，秦國人員韌利用函穀關抗拒六國很成功，而秦末農民起義中卻難以拒“群盜”；諸葛亮可以出劍閣而震秦嚨，劉撣有劍閹卻不能保成都。這都是人的因素所致。在那時，能用這種辯證觀點來看待人地關係，實屑難能可貴。
顧祖禹一生若述很多，除了《讀史方輿紀要》，還有《方輿書、《四書正、《經書正旨》、《宛模詩文遺稿》等。可以肯定，隨著歲月的流逝，不僅他的著述將會代代相傳，而且他堅守氣節以成絕作的精神也將受到子孫後代的仰慕。