國際奧委會為了保持自己的獨立性，在承認奧林匹克運動與政治不可分割的同時，堅決反對把奧運會作為各國政府的政治工具，對各種政治幹擾采取了有效的對策，如1992年聯合國安理會通過757號決議，對南斯拉夫進行製裁，要各會員國禁止南斯拉夫運動員進人他國領土參加比賽。而國際奧委會並沒有簡單服從，經過一係列策略外交，使南斯拉夫運動員以個人身份參加了比賽。此外，像美國對中國申辦2000年奧運會的幹涉，國際奧委會對此也給予了批評。這些都表現出國際奧委會的獨立性。
三大支柱間矛盾的挑戰：國際奧委會、國際單項體育組織和國家奧委會是奧林匹克運動發展的基石，三者之間的團結協作是極為重要的。國際奧委會曾一度忽視了對三者關係的處理。1973年恢複了自1930年中斷的奧林匹克代表大會，在此次大會上，特別討論了三者團結的重要性。目前三者之間的關係，總的來說是融洽的，但也有潛在的危機，主要表現在權力和經濟利益的分配上。
奧運會主辦城市：國際奧委會認為遴選主辦城市是國際奧委會的權利，但現實情況是，國際單項體育組織負責奧委會的一切技術問題，如比賽規則、運動員及格標準、每個國家參加每個單項的運動員人數等，是否允許職業選手參賽也屬其權限範圍。國家和地區奧委會負責參加奧運會的運動員，參加哪些項目、派多少人，均由國家和地區奧委會自己決定。基於上述理由，國際單項體育組織和國家奧委會認為，遴選主辦城市也與它們密切相關，希望改變現行的遴選主辦城市由國際奧委會獨家投票決定的狀況。
委員製：國際奧委會委員是由國際奧委會直接遴選的。根據《奧林匹克憲章》規定，這些委員是“國際奧委會在他們各自國家的代表，而不是他們國家在國際奧委會的代表”。奧林匹克運動一切問題的討論都是在國際奧委會內部進行，而國家奧委會，隻有很少一部分決策權。目前國際奧委會共有180多個成員國，而現任國際奧委會委員僅91人，且有些國家有兩名委員。一些國家奧委會對此持有異議，要求改變現行的組織結構，製為各國奧委會的代表製，一國一票，使自己在奧林匹克運動發展中擁有更多的發言權。
上述問題由來已久，但隨奧林匹克運動的發展而日益突出，有待於國際奧委會、國際單項體育組織和國家奧委會三方協商解決。
商業化的挑戰：利用商業手段尋求發展已經成為當代奧林匹克運動的一個重要趨勢，從1984年洛杉磯奧運會開始，奧林匹克運動的資金來源主要依靠商業活動。商業化使奧林匹克運動擺脫了經濟上進退維穀的困境，極大地促進了自身的發展，但商業化也會幹擾奧運會競技運動的正常進行，如漢城奧運會的許多比賽應在下午或晚上進行，但為滿足電視廣播權最大買主美國電視廣播公司的要求，組委會將比賽移到早晨以適應美國東部電視的黃金播出時間，這種改變顯然會影響運動員水平的正常發揮。國際奧委會為使商業化按照有利於奧林匹克運動發展的軌道前進，對商業化進行了控製，堅持在奧運會比賽場地及其上空不準進行任何形式的廣告宣傳的原則，在世界各種國際體育大賽中，奧運會是惟一沒有商業廣告的運動會；擴大經濟來源，降低電視轉播權收入在總收人中的比例，以減少對電視廣播公司的依賴；設立奧林匹克團結基金，加強對發展中國家的援助。
職業化的挑戰：業餘原則一直是奧林匹克運動理想的基本原則，業餘主義被視為奧林匹克運動的基石和生命線。堅持業餘的原則，其目的是為了純潔奧林匹克精神。但是業餘主義又與奧林匹克運動所追求的“更快、更高、更強”的目標相矛盾，因為許多優秀選手是由國家花費大量資金培養的，固守業餘主義的原則就會將許多優秀選手排斥在奧運會之外，從而損害了奧林匹克運動的本身。國際奧委會在1980年從憲章上取消了關於業餘的規定，從1992年開始，實際上取消了業餘的原則。但為使奧林匹克精神不受損害，國際奧委會堅持將決定運動員參賽資格的控製在國際單項組織手中，而將那些受控於經紀人、不為國際體育組織所控製的職業選手，如職業拳擊運動員排斥在奧運會之外。
濫用興奮劑的挑戰：從20世紀60年代以來，在奧林匹克運動中使用與反對使用興奮劑的鬥爭始終沒有停止過。利用興奮劑提高運動成績是一種欺騙行為，是對奧林匹克運動的教育價值和“更快、更高、更強”的口號的嘲弄。國際奧委會在禁止使用興奮劑方麵態度十分堅決。漢城奧運會對運動員的藥物檢查耗資多達300萬美元，國際奧委會對違禁者的處罰也不斷加重。但是由於在現代社會中，國際大賽的運動成績往往與巨大的經濟利益和其他利益聯係在一起，因此使用興奮劑的現象不會在短時期內消失，而且使用興奮劑的手段會越來越隱蔽，這就對檢測興奮劑的手段提出更高的要求。
奧運會超大規模的挑戰：二次大戰前，參加奧運會人數不多，參加的國家和地區也不到50個。二次大戰後，奧運會的參賽運動員、國家和地區的數目急劇增加，1992年巴塞羅那奧運會參賽運動員為9368人，國家和地區為169個，此外，還有數量可觀的教練員、裁判員、新聞記者、保安人員和服務人員，總數達7萬多，再加上幾十萬甚至上百萬的旅遊觀光者，這勢必給舉辦城市帶來沉重的負擔。這種規模超過了許多城市在食宿、交通、通訊、安全等方麵的承受能力，使得許多國家和地區的城市望而生畏。國際奧委會采取了限製奧運會的人數、提高新項目進人奧運會的標準、削減奧運會比賽項目等措施，控製奧運會的規模。
展望未來，現代奧林匹克運動在迎來它100周年紀念日的時候，將進入一個相對平穩的發展階段。一方麵奧運會向職業運動員開放，意味著奧運會將成為世界上第一流運動員的競技場，集中地表現出世界運動的最高水平，比賽場麵將更加激烈和扣人心弦。另一方麵，奧林匹克運動將進一步均衡發展，以奧運會為代表的高水平競技運動將與大眾體育相結合，並促進大眾體育的發展。國際奧委會通過成立群體委員會，讚助世界群體大會、舉辦奧林匹克日慶祝活動等措施，使大眾體育成為奧林匹克運動的有機組成部分。
此外，奧林匹克運動在文化、教育、體育科學研究等方麵的活動也日益活躍，奧運會的文化色彩將更加豐富，各項文化藝術活動會達到更高的水平，將有更多的城市，包括發展中國家的城市申辦奧運會，使更多的人認識奧林匹克運動的內涵和作用，奧林匹克運動將更加具有廣泛性。已經開始的奧林匹克運動改革將繼續進行下去，奧林匹克運動將更加充滿活力，在不斷地迎接挑戰和不斷地滿足社會需要的過程中走向未來，在人類社會的發展中發揮更加重要的作用。