NK細胞通過和CTL相似的方式非特異性地殺傷靶細胞，並介導ADCC作用。而細胞因子通過參與細胞的分化成熟和直接發揮效應功能（如TNF），參與對靶細胞殺傷。巨噬細胞殺傷靶細胞的機製包括：ADCC、直接殺傷、釋放炎症介質導致急性炎症反應以及分泌細胞因子等。
CTL和NK細胞對靶細胞的直接殺傷主要有兩種方式：顆粒胞吐和凋亡。前者通過穿孔素和粒酶的釋放，引起靶細胞損傷；後者通過表達FasL，啟動Fas介導的死亡信號轉導誘發凋亡，其中半胱氨酸蛋白酶（caspase）起重要作用。
4.免疫調節
免疫調節是機體為了維護自身內環境的穩定，在進化過程中形成的製約免疫應答質和量的機製，它存在於免疫應答的不同階段和不同水平。抗原的性質、劑量、引入方式以及和MHC分子的親和力，都會影響免疫應答的性質。Th1和Th2的調節在免疫應答中起重要作用，它們的分化受抗原遞呈細胞及T、B細胞的調節。
免疫細胞表達兩類功能相反的受體，受體分子胞內段分別帶有酪氨酸激活基序和抑製基序。T、B、NK、肥大細胞各自以相應的抑製性受體阻斷激活信號的傳遞，調節免疫細胞的激活和功能。激活誘導的細胞死亡主要由Fas-FasL介導，參與特異性免疫應答的反饋性抑製。獨特型網絡在免疫應答中起著非常重要的調節和平衡作用，抗原內影像具有潛在應用價值。神經、內分泌和免疫係統三者之間有著廣泛的聯係，其物質基礎主要是某些神經遞質、激素、細胞因子以及相應的受體。
二、免疫器官和組織
免疫係統（immune system）是人和高等動物中識別自我的危險信號，引發免疫應答、執行免疫效應和最終維持自身穩定的組織係統。免疫係統是在生物種係發育、進化過程中逐步建立和完善的。無脊椎動物的防禦功能表現為吞噬細胞的吞噬作用和炎症反應；軟骨魚已有胸腺和淋巴細胞以及特異的細胞免疫應答；鳥類具有法氏囊，出現了B淋巴細胞，可產生特異性抗體；哺乳類動物已能產生IgM、IgG和IgA；人類則可產生5類免疫球蛋白。在長期的物種進化過程中，最早出現的免疫器官和組織並未被新出現的免疫器官和組織所代替，而是與新的更高級的免疫器官和組織協調發揮作用。人類個體發育是種係發育的重演：胚胎肝在第9周出現早期B細胞；胚齡20周時部分B細胞發育成熟，開始產生IgM；出生後不同年齡階段才產生IgG、IgA、IgD和IgE。免疫係統包括免疫器官、免疫細胞、免疫分子。免疫器官主要為中樞免疫器官（central immumne organ）和外周免疫器官（peripheral immune organ）。
（一）中樞免疫器官
中樞免疫器官是免疫細胞產生、發育、接受抗原（主要是自身抗原）刺激和分化、成熟的場所，並對外周免疫器官的發育起主導作用。中樞免疫器官包括骨髓、胸腺，鳥類還有法氏囊。目前發現，T細胞和B細胞都存在著胸腺外和骨髓外發育的情況，這些發育場所（如肝髒和腸道黏膜免疫係統）是否屬於中樞免疫器官尚未定論。
1.胸腺（thymus）
胸腺是一個雙葉器官，位於前縱隔。每葉可由纖維隔膜分割成多個小葉，而小葉有外周的皮質和中內的髓質構成。皮質中T細胞致密聚集在一起，而髓質中淋巴細胞則呈稀疏分布。胸腺內還有一些非淋巴細胞性的上皮細胞（epithelial cell）及樹突狀細胞和巨噬細胞，呈散在分布。在髓質內還可見Hassall小體，由致密排列的內皮細胞環繞而成，其功能不詳。胸腺內還有豐富的血液供應和輸出的淋巴管。
胸腺內的淋巴細胞亦稱為胸腺細胞（thymocyte）。胸腺細胞即為處於不同階段的T細胞。T細胞前體經血管進入皮質。大多數未成熟的胸腺細胞不表達TCR、CD3、CD4及CD8。未成熟細胞由皮質遷移至髓質，並與上皮細胞、樹突狀細胞及巨噬細胞接觸。某些大的上皮細胞通過其細胞突起（內含胞漿）將胸腺細胞包繞起來，這些上皮細胞被稱之為撫育細胞（nurse cell）。進入髓質後，胸腺細胞開始表達TCR、
CD3及其他表麵輔佐分子而發育成為成熟的T細胞。這些成熟的T細胞離開胸腺後進入血液、淋巴液和外周淋巴組織。
許多胸腺細胞因對自身抗原有識別和反應能力而死亡，隻有其表麵TCR對外源抗原有特異性的胸腺細胞才有成熟的可能。
2.胸腺外的T細胞發育場所
T細胞主要在胸腺中發育成熟，但也能在其他組織器官發育成熟。已發現，肝髒、小腸上皮內淋巴細胞（intra-epithelial lymphocyte，IEL）組織中存在不同於胸腺發育來源的T細胞。
（1）肝髒中的非胸腺T細胞：肝髒內T細胞前體來源於骨髓中Thy-1+CD3－細胞，其在肝髒中分化發育的過程尚不清楚。分化成熟的肝髒內非胸腺T細胞定居在肝竇中，與庫普弗細胞、肝竇內皮細胞緊密接觸，後兩種細胞對骨髓來源的前體T細胞在肝髒中的分化成熟可能具有重要作用。肝髒非胸腺T細胞的特點為：表麵TCR密度低於胸腺來源的成熟T細胞；靜止時亦高表達IL-2R β鏈；主要由CD4－CD8－細胞（＞30%）和CD4+或CD8+SP細胞組成，無CD4+、CD8+細胞，屬成熟T細胞。肝髒中非胸腺T細胞，可能與自身免疫性疾病、感染免疫、腫瘤免疫有關。
（2）小腸上皮內淋巴細胞（IEL）：IEL主要來源於T細胞，在胸腺發育並分布於集合淋巴結（Peyer patch，PP），經抗原刺激而增生分化，通過小腸淋巴網絡到達腸係膜淋巴結，然後循環定位於腸黏膜，此部分約占IEL的40%；還有60%的IEL直接來源於骨髓，它們在腸上皮微環境中分化為主要表達CD3、CD8α和TCRγδ的T細胞。
IEL主要分布於小腸絨毛上皮細胞之間，正常成人每100個腸上皮細胞中有6～40個IEL，其中90%以上是CD3+T細胞，6%為SmIg+B細胞，極少數是裸細胞。
IEL的功能為：①抑製腸黏膜的超敏反應。飲食中蛋白質經腸道酶消化降解後被腸上皮細胞吸收，並優先遞呈給CD8+T細胞，誘導對食物蛋白質的特異性免疫耐受；②對腸道病原體的防禦功能。IEL具有自發性胞毒作用、絲裂原誘導的胞毒作用和ADCC作用；能抑製痢疾杆菌和沙門菌生長（存在SigA時作用更強）；寄生蟲感染可促進IEL活化和增生；IEL也可通過清除被感染的腸道上皮細胞而發揮抗病毒作用；此外IEL能分泌多種細胞因子，如IL-2、TNF-5和IFN-γ；急性排斥反應中IEL可被激活，導致腸上皮壞死。