正文 第九章 骨及軟骨分子生物學基本實驗技術(三)(3 / 3)

2.隨機引物法采用隨機組合的六核苷酸片段混合物作為DNA合成的引物。這些混合的寡核苷酸總可以在DNA模板上找到能夠互補配對的區段,基本上適用於所有的DNA模板。於100℃使DNA模板變性後,將模板與引物混合,由於引物很短,很容易與模板DNA結合,在Klenow酶的存在下,合成新的DNA鏈,在此過程中,將帶有標記物的dNTP摻入的新合成的DNA鏈中。標記的DNA探針經Sephadex G-75柱除去遊離核苷酸後,就可用於分子雜交實驗。使用放射性核素探針時可通過對X線片曝光確定雜交反應的結果。使用非放射性核素探針時,則可通過酶連免疫反應或免疫熒光法確定雜交反應的結果。加入的隨機引物越多,探針合成的起點越多,得到的探針會越短。

(二)主要儀器、材料和試劑

1.主要儀器和材料

放射性核素廢物箱、冰箱(4℃)、真空泵、真空幹燥器、液體閃爍計數器、有機玻璃(如Lucite)防護屏、已矽化的1ml Tip頭、普通Tip頭、Eppendorf管、Eppendorf管架、微量加樣器(0~20μl和0~200μl)、保溫瓶、Parafilm膜、記號筆、鑷子、剪刀、塑料手套。

ApoAⅠDNA探針(DNA片段)。

2.試劑

DNA聚合酶Ⅰ稀釋液:100mmol/L磷酸鈉(pH7.2),10mmol/L DTT,50%甘油。

DNaseⅠ稀釋液:50%甘油,150mmol/L NaCl,10mmol/L Tris-Cl(pH7.5),1mg/ml牛血清蛋白(BSA)。

DNaseⅠ、DNA聚合酶Ⅰ、[α-32P]dATP(New England Nuclcar)、dGTP,dCTP,dTTP。

10×切口平移反應緩衝液:0.5mol/L Tris-Cl(pH7.5),0.1mol/L MgSO4,1mmol/L DTT,500μg/ml BSA。

(三)操作步驟

切口平移法

1.標記反應混合下列反應液(於矽化的Eppendorf管中):0.5μl探針DNA(ApoA Ⅰ基因)、5μl[α-32P]dATP(10μmol/μl)、5μl dGTP(100μmol/L)、5μl dCTP(100μmol/L)、5μl dTTP(100μmol/L)、4μl DN aseⅠ(100μg/ml)、20μl ddH2O加入5單位的DNA聚合酶Ⅰ,搖勻,14℃保溫2~4小時後加入2μl 0.5mol/L EDTA,終止反應。

2.層析分離已標記的DNA與遊離的[α-32P]dATP

(1)在一支已矽化的Tip頭(1ml)底部(尖端)塞上已矽化的玻璃纖維或棉花。

(2)用浸泡於TE緩衝液的Sephadex G-75裝柱,裝柱時應小心操作,避免產生氣泡。用TE緩衝液平衡該柱,注意應壓緊凝膠。

(3)將切口平移反應液(50μl),加入溴酚藍溶液(1μl),混勻。快速地將樣品加到凝膠柱床上。用TE緩衝液洗脫後立即開始組分收集,每管收集7~8滴,約250μl,共收集15管,采用手提式小型監測器測定每管的放射活性。

(4)合並前導峰的放射活性組分,將Eppendorf管放入液閃瓶內,不加閃爍液,置液閃計數器中計數(測定cpm值)。將標記探針置-20℃冰箱內貯存。

(5)以各管號為橫坐標,每管的cpm值為縱坐標,作圖畫出曲線。

隨機引物標記法

(1)將16μl含1μg模板DNA(線性化或超螺旋的)的雙蒸水加入到1個1.5ml Eppendorf管內。再將DNA置沸水浴中10分鍾,然後迅速置冰上冷卻。

(2)加入4μl標記試劑(地高辛)。每一標記試劑中含:0.35mmol/L X-dUTP(X=DiG),5×隨機引物混合物,dATP、dCTP和dGTP(均為1mmol/L),0.65mmol/L dTTP,5×反應緩衝液,50%甘油,1U/μl Klenow聚合酶(標記純)。將試劑混勻後短暫離心,使反應混合物聚集在管底即可。

(3)在37℃溫育1小時以上(溫育的時間越長,標記DNA的產量越高)。

(4)將2μl 0.2mol/L EDTA(pH8.0)加入到反應管中,或在65℃加熱10分鍾,使反應終止。

(5)按下列步驟沉澱標記的探針:①在2.5μl 4mol/L LiCl和75μl在-20℃預冷的無水乙醇中加入DNA標記物。混勻後置-20℃2小時,使DNA沉澱。②於4℃離心(14000r/min)15分鍾,棄上清。③用預冷的70%乙醇50μl漂洗沉澱物。④於4℃離心(14000r/min)5分鍾,棄上清。⑤將沉澱物抽真空進行幹燥。將沉澱物幹燥十分重要,因為如果雜交混合液中混有葡聚糖硫酸脂時,痕量的乙醇會引起沉澱,也會使背景太深。

(6)用小量的TE緩衝液(pH8.0)溶解DNA沉澱。將探針溶液貯存在-20℃冰箱中。