（三）洗滌、脫水和透明
1.洗滌組織
在固定後一定要把滲入裏麵的固定液洗去，否則留在組織中的固定液有的可以妨礙染色，有的可以引起沉澱或結晶影響觀察，但衝洗有一定原則，要根據看固定劑的種類不同而定：
（1）固定劑為酒精或酒精混合液，一般不要求衝洗。用甲醛溶液固定也不需衝洗，但長久固定於甲醛溶液的標本應充分水洗，否則會影響染色。
（2）凡是含有鉻酸、重鉻酸鉀的固定劑，必須用流水衝洗，衝洗時間應與固定時間相同，或多於固定時間。
（3）含有苦味酸的固定液，最好用70％的酒精衝洗後脫水。苦味酸的黃色在70％酒精中能自行脫去。或加入碳酸鋰飽和水溶液以除去之。
（4）如固定液中含有氯化汞，應根據溶液的性質用水或酒精衝洗，衝洗完畢後必須在70％酒精中加碘液去汞，去汞後再用5％硫代硫酸鈉除去碘的黃色。
（5）用鋨酸及含有鋨酸的固定液，必須用流水衝洗，因鋨酸使組織發黑影響染色，經酒精時還會生成沉澱。
（6）衝洗時間視固定液的種類而異，最少者1小時以上，或半日、多日、一般10～24小時。
衝洗的方法：將組織塊放入廣口瓶中，用繩縛牢瓶口罩紗布，將此瓶置於自來水龍頭下，龍頭上可接橡皮管一段，並將另一端插入瓶底，調節水的流量，使水從瓶底緩緩流出，過激的水流能使標本受損，甚至發生流失，必須注意。
2.脫水組織
經固定及水洗後含有多量水分，此時不能直接投入到石蠟或火棉膠等支持劑中去，因水不能和它們混合，組織內部隻要有極少量的水分存在，就會妨礙這些支持劑的滲入，所以必須先把組織中的水分徹底驅除，這一步驟稱為脫水。
脫水的方法應逐步地進行，且不能操之過急，否則引起組織強烈的收縮，或使組織發生變形，得不到滿意的切片。一般把脫水劑配成各種濃度，自低濃度到高濃度循序漸進，材料經各級濃度的脫水劑脫水使其中所含的水分逐漸減少而代之以脫水劑。
脫水劑必須是與水在任何比例下都可混合的液體，一般有兩種類型。其中非石蠟溶劑的脫水劑如：酒精、丙酮等，組織在脫水後必須再經二甲苯透明才可浸蠟。而脫水兼石蠟溶劑的脫水劑如：正丁醇、叔丁醇等，組織在脫水後即可直接透蠟，不需經過中間溶劑二甲苯之類的藥品透明。
（1）乙醇（酒精）：為最常用的脫水劑，由於高濃度酒精（95％以上酒精）對組織有強烈的收縮及脆化缺點，組織在水洗後不能立即投入高濃度酒精中。骨組織可從70％酒精開始，經80％、95％、100%酒精，使其逐步脫水。脫水的時間按照組織的種類、體積大小和厚度而定，一般來說應與組織塊的體積成正比例。骨、軟骨等堅硬組織不超過3～4小時。
（2）丙酮：可以代替酒精作脫水劑，其作用和酒精相似，脫水能力比酒精強。不與樹膠、石蠟相混合，所以仍需經透明劑處理後才能包埋，它不適於較大塊材料的脫水。
（3）正丁醇：脫水能力弱，但組織收縮少，可與水及酒精混合，能溶解石蠟，可不經透明劑直接浸蠟。脫水程序為經過各級酒精後換入純正丁醇中更換一次新液，最後投入正丁醇石蠟中。
（4）叔丁醇：溶點25℃（故須保存於溫箱內），可與水、酒精、二甲苯等混合，目前單用，或與酒精混合，是一種很廣的脫水劑，比正丁醇更好。此液不會使組織收縮或變硬，不必經過透明劑，可直接浸蠟，電子顯微鏡術上近年常用此劑作為中間的脫水劑。
3.透明在石蠟切片技術中“透明”是個非常重要的步驟，在製片過程中有兩次透明，第一次是在透蠟前脫水以後組織塊的透明，第二次是在染色以後切片的透明。組織塊透明的目的是便於透蠟包埋，切片的透明目的是有利於光線的透過便於顯微鏡的觀察。
透明劑都是石蠟溶劑（大都是揮發性的油類液體），絕大多數都不能與水混合，最常用的透明劑有：二甲苯、苯、甲苯、氯仿、香柏油、丁香油、蓖麻油、苯酚等等。
（1）二甲苯：是目前應用最廣的一種透明劑，價格比較便宜，易揮發，為無色透明液體。易溶於酒精又能溶解石蠟，能與封藏劑樹膠混合，不能和水混合，透明力強，作用較快。最大的缺點是容易使組織收縮變硬變脆，所以組織不能在內停留過久，同時必須完全脫水後才能應用，在封固前使用不易使已染色的切片褪色。通常在製片進入二甲苯以前先經過1／2純酒精和1／2二甲苯的混合液，可以避免材料收縮。
（2）甲苯：性質同二甲苯，價格亦較便宜，可作二甲苯的代用品，但透明較慢，組織在內留置12～24小時，不變脆是其優點，故優於二甲苯。
（3）苯：性質近似二甲苯，揮發較快，對組織收縮較少，久浸也不像二甲苯對組織產生硬脆現象。
（4）氯仿：其優點是組織在其中浸存較久收縮也不太厲害，亦不會變脆。又因它很易揮發，在透蠟時滲入材料中的氯仿，經高溫時比二甲苯容易揮發去。缺點是滲透力稍弱，比二甲苯、苯還慢，故透明時間應比二甲苯延長約2～3倍的時間。適於透明大塊組織，用於透明病理組織較好。
（5）香柏油：香柏油具有高度透明作用，對組織的收縮及硬化比任何透明液（二甲苯、苯、氯仿等）均小。缺點是透明慢，小塊組織一般需12小時以上，不易被石蠟所替代，不能與樹膠相混合，經香柏油透明後需再浸苯或二甲苯。使用時由95％酒精入95％酒精香柏油混合液中，再入純香柏油中透明。
（6）鬆脂醇：鬆脂醇多用於經酒精或Cornoy液固定的組織，因用此作固定的組織如經二甲苯透明切片易破碎。鬆脂醇吸水性強，但作用慢，一般用1：4二甲苯鬆脂醇混合液，對某些不易切片和易碎的組織如早期胚胎效果效果優於香柏油。組織脫水至95％酒精，入鬆脂醇透明一般需數小時，稍稍加溫可縮短脫水時間。
（四）透入與包埋
組織經過脫水、透明後要讓石蠟、火棉膠、碳蠟、明膠等支持劑透入內部，使它變硬並將組織包埋進去，以利於切片和觀察，這個過程稱為“透入”和“包埋”。
1.透入
石蠟切片的透入即“浸蠟”，它的目的在於除去組織中的透明劑（如二甲苯等）而代之以石蠟，使石蠟滲入組織內部後把軟組織變為適當硬度的蠟塊，以便切成薄片。
石蠟是生物切片技術中極重要並且運用最廣的包埋劑，石蠟根據熔點的不同有軟蠟和硬蠟之分，軟蠟熔點低，硬蠟熔點高。一般切片所用的軟蠟熔點為42～45℃、45～50℃，硬蠟熔點為52～54℃、56～60℃，也可在使用時根據具體要求配製各種熔點的石蠟，選用石蠟的熔點應與切片時的室溫條件和組織類型結合起來考慮：